El 29 de julio de 2021, fue nombrado y posesionado por el presidente [[Pedro Castillo]], como [[ministro de Vivienda, Construcción y Saneamiento del Perú]].<ref name=":0" />
El 5 de agosto de 2022, nuevamente fue nombrado y posesionado por el presidente Castillo, como [[Ministerio de Transportes y Comunicaciones (Perú)|ministro de Transportes y Comunicaciones del Perú]].<ref name=":1" /> El 15 de agostosetiembre, el [[Congreso de la República del Perú|Congreso]] aprobó su censura con 94 votos a favor.<ref>{{Cita web|url=https://elperuano.pe/noticia/191841-congreso-aprueba-mocion-de-censura-contra-ministro-geiner-alvarado|título=Congreso aprueba moción de censura contra ministro Geiner Alvarado|fechaacceso=2022-09-17|sitioweb=elperuano.pe|idioma=es}}</ref> Al día siguiente, presentó su renuncia como ministro de Estado.<ref>{{Cita web|url=https://www.infobae.com/america/peru/2022/09/16/geiner-alvarado-censurado-titular-del-mtc-presento-su-carta-de-renuncia-al-presidente-pedro-castillo/|título=Geiner Alvarado, censurado titular del MTC, presentó su carta de renuncia al presidente Pedro Castillo|fechaacceso=2022-09-17|apellido=de 2022|nombre=16 de Septiembre|sitioweb=infobae|idioma=es-ES}}</ref>
