脊髄液を抜かれて殺される事件が発生した。フリンジ･チームが捜査を開始するが、被害者は増え続ける。やがて捜査線上に、ある科学者の名前が浮上する。それは、テロリスト組織との関係が疑われる人物だった。チームは、犯人の正体と殺人の動機を知り、衝撃を受ける。さらに同様の殺人が次々と起こり、一刻を争う事態に。オリビアたちは何とか犯行を食い止めようとするのだが…。
あるセレブのスキャンダルをきっかけに、複数の殺人事件が起きる。一方、ホームズに探偵生命を脅かす病気が発覚し苦悩する。同じ頃、かつてホームズに救われたと語るマイケルが彼に近づいてくる。
サラとルークの結婚式が近づくにつれて計画は大きく狂い、ウォーカー家は家族の本当の意味についていくつも驚くべき教訓を学ぶことになる。
匿名の情報提供者からタレコミがあり、チームは緊急を要する死刑囚の事件を調査することになるが、ザパタはそのためにおとり捜査を行うことにする。“モグラ狩り”の最中に捕まりそうになったジェーンは、FBIのもとを去ることを考え始める。
カートはメンバーとジェーンの不仲やナズ･カマルの対応に悩みつつ、チームをまとめようとしていた。一方、麻薬取締局の押収した銃を麻薬カルテルが密かに入手していたことが明らかになる。スティンガーミサイルが麻薬カルテルの手に渡るのを防ぐために、チームとジェーン、そしてカマルがついに結束する。
