オリヴィアが事故にあったと連絡が入り、ニューヨークに駆けつけるピーターたち。だが、現場にはオリヴィアの姿が…。
車のセールスマンが死亡し、その周りにべたつく液体が残されるという事件が発生。他の州でも同様の殺人事件が起こっていた。ビショップ博士はその液体が脳の構成成分と関係していることに気づく。次々と犠牲者が増えるなか、人間の脳を液化した方法を突き止めようとする3人。そして、ついに被害者の共通点を見出す。一方、オリビアは、大切な人が危険にさらされ、恐怖を感じていた。
フリンジ・チームは、新たに起きた国際線旅客機の事件を調査していた。旅客機での墜落現場では奇妙な残留物がはっけんされ、またしても謎のウイルスが原因かと思われた。ある人物の記憶から、有力な手がかりを得るチームだったが、事件の全体像や脅威の核心に迫ることができない。限られた選択肢と情報不足という苦しい状況で、オリビアとピーターは潜入捜査を余儀なくされる。
ある過激派グループが大富豪の令嬢を誘拐し、大企業の経営者である父親を脅迫。しかしその父親は、娘を助けるために容疑者と交渉することを拒む。
脊髄液を抜かれて殺される事件が発生した。フリンジ・チームが捜査を開始するが、被害者は増え続ける。やがて捜査線上に、ある科学者の名前が浮上する。それは、テロリスト組織との関係が疑われる人物だった。チームは、犯人の正体と殺人の動機を知り、衝撃を受ける。さらに同様の殺人が次々と起こり、一刻を争う事態に。オリビアたちは何とか犯行を食い止めようとするのだが…。