인간은 나약하고 고질라는 위대하다! 16년만에 부활한 초대형 재난 블록버스터 God질라! 1999년 일본 잔지라 원자력 발전소 부근에서는 유래 없는 지진파가 감지되고, 이를 심상치 않게 여긴 연구원 조 브로디는 발전소을 확인하기 위해 발전소 관리자이자 아내인 산드라와 기술진을 원자로로 내려보냈다가 사고로 아내를 잃는다. 그로부터 15년 후, 미해군 장교로 성장한 조의 아들 포드는 일본에서 아버지가 경찰에 잡혔다는 사실을 전달받고 비행기에 오른다. 이제는 그만 그 날의 일을 잊으라는 아들 앞에서, 아버지 조는 또 다시 그때의 진동이 감지된다고 하는데...