Jubilee wordt aangevallen door robots die Sentinels heten bij een lokaal winkelcentrum, maar ze wordt gered door Storm en Rogue, en wordt naar het X-landhuis gebracht voor haar veiligheid. De X-Men ontdekken dat een groep die het Mutanten Registratie Programma organiseert de mutanten wil volgen en elimineren. Later ontdekken de X-Men het hoofdkwartier van de Sentinels en infiltreren er om de dossiers over de mutanten te vernietigen. De aflevering eindigt met een cliffhanger waarbij Storm de deur opent naar een kamer waar soldaten zich verstoppen en wachten om de X-men in de val te laten lopen.
Wolverine ruikt de wapenolie van de soldaten en sluit de deur voor de soldaten kunnen schieten. Storm blaast de bewakers weg met haar windkracht. Nadat ze de dossiers over de mutanten vernietigen, ontsnappen de X-Men naar de Blackbird, maar ze worden gestopt door Sentinels. Tijdens het gevecht met de Sentinels wordt Morph neergeschoten en ze denken dat hij dood is. Wanneer Beast tegen een hek wordt geslagen, geëlektrocuteerd wordt en gevangen genomen, trekken de anderen zich terug naar de Blackbird op bevel van Cyclops. Jubilee beslist dat het het beste is om op het X-landhuis te blijven.
Sabretooth eist dat Beast wordt vrijgelaten en spoort de bewakers aan Sabretooth neer te schieten en te verwonden. Cyclops brengt Sabretooth naar de ziekenboeg. Magneto valt een militare raketbasis aan en wil kernraketten lanceren om een oorlog tussen mutanten en mensen te veroorzaken. Cyclops, Storm, en Wolverine nemen het tegen hem op. Storm gebruikt haar wind en bliksem om de raketten te laten kortsluiten, te deactiveren en in het water te laten vallen. Nadat ze een kernoorlog hebben voorkomen gaan de X-Men terug naar het landhuis en beseffen ze de volle kracht van Magneto.
Magneto vernietigt een chemische fabriek om Professor X. te lokken. Cyclops, Rogue, Storm en Professor X gaan erheen, terwijl Jubilee achter word gelaten om Sabretooth te bewaken. Professor X gaat de chemische fabriek binnen om het op te nemen tegen Magneto. Net als Magneto Professor X lijkt te verslaan, dwingt Professor X Magneto met telepathie zich zijn jeugdjaren te herinneren. Op het X-Landhuis gromt Sabretooth vol walging naar de senator op tv. Jubilee maakt de boeien losser en Sabretooth neemt Jubilee gevangen, maar Wolverine springt uit de schaduw en valt hem aan.
Een groep mutanten die de Morlocks heten, vangen Jean en Cyclops. Callisto, de leider van de Morlocks, ontvoerde Cyclops om samen met haar de Morlocks te leiden. Jean vertelt de Professor met haar telepathische krachten dat ze gevangen zijn. Als de X-Men Jean en Cyclops vinden, daagt Storm Callisto uit voor het leiderschap over de Morlocks om Cyclops en Jean te redden. Callisto heeft geen andere keuze dan te aanvaarden. Na een kort gevecht verslaat Storm Callisto en wordt zij de nieuwe leider, maar nu ze Jean en Cyclops heeft gered, maakt ze Callisto leider in haar afwezigheid.
Wolverine vlucht naar Canada om alleen te zijn in de Canadese wildernis. Hij vindt rust bij een groep Baffin Island Inuit, maar ontdekt dat Sabretooth hem stalkte en de dorpelingen gevangen nam en hen wil doden. Wolverine slaagt erin Sabretooth te verslaan en de dorpelingen te redden. Op het X-Landhuis vertelt Gambit de X-Men dat hij hoorde dat de mensen in Genosha mutanten verwelkomen en hij wil dat het team er op vakantie gaat. Professor Xavier stuurt Storm, Gambit en Jubilee naar Genosha als toeristen. In Genosha worden zij aangevallen en gevangen genomen door een Sentinel.
Catherine Disher
Jean Grey
Cal Dodd
Wolverine
Chris Potter
Gambit
Lenore Zann
Rogue
Alison Sealy-Smith
Storm