EMBOSS
Apariencia
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EMBOSS es una suite bioinformática de tipo open source creada por EMBnet que es empleada fundamentalmente en biología molecular y genética. EMBOSS es un acrónimo procedente del inglés «European Molecular Biology Open Software Suite».[1] Se trata de un software versátil que recibe datos en multitud de formatos y que los analiza de múltiples maneras. Contiene multitud de herramientas centradas en el análisis de ácidos nucleicos y proteínas. Si bien se ejecuta en la línea de comandos, existen GUIs que facilitan su manipulación bajo un entorno gráfico.
Aplicaciones de EMBOSS
[editar]Grupo | Descripción |
---|---|
Acd | Utilidades para archivos Acd |
Alignment consensus | Obtiene secuencias consenso |
Alignment differences | Encuentra diferencias entre secuencias |
Alignment dot plots | Comparaciones de secuencias tipo dot blot |
Alignment global | Alineamiento de secuencias global |
Alignment local | Alineamiento de secuencias local |
Alignment multiple | Alineamiento de secuencias múltiple |
Display | Muestra secuencias |
Edit | Edita secuencias |
Enzyme kinetics | Calcula parámetros de cinética enzimática |
Feature tables | Herramientas de anotación |
HMM | Análisis de modelo oculto de Márkov |
Information | Ayuda general e información |
Menus | Interfaz de menús |
Nucleic 2d structure | Estructura secundaria de ácidos nucleicos |
Nucleic codon usage | Uso de codones |
Nucleic composition | Composición de nucleótidos de un ácido nucleico |
Nucleic CpG islands | Detección de islas Cpg |
Nucleic gene finding | Predicción de genes |
Nucleic motifs | Búsqueda de motivos en ácidos nucleicos |
Nucleic mutation | Mutación de ácidos nucleicos |
Nucleic primers | Predicción de cebadores |
Nucleic profiles | Generación de perfiles de ácidos nucleicos |
Nucleic repeats | Detección de repeticiones en ácidos nucleicos |
Nucleic restriction | Análisis de restricción |
Nucleic RNA folding | Análisis del plegamiento de ARN |
Nucleic transcription | Predicción de promotores, terminadores y factor de transcripción |
Nucleic translation | Traducción de secuencias |
Phylogeny consensus | Métodos de filogenia por consenso |
Phylogeny continuous characters | Métodos de filogenia por carácter continuo |
Phylogeny discrete characters | Métodos de filogenia por carácter discreto |
Phylogeny distance matrix | Métodos de filogenia por distancia |
Phylogeny gene frequencies | Métodos de filogenia por frecuencia génica |
Phylogeny molecular sequence | Análisis de secuencias y filogenia |
Phylogeny tree drawing | Dibujo de árboles filogenéticos |
Protein 2d structure | Estructura secundaria de las proteínas |
Protein 3d structure | Estructura terciaria de las proteínas |
Protein composition | Composición de secuencias proteicas |
Protein motifs | Búsqueda de motivos proteicos |
Protein mutation | Mutación de proteínas |
Protein profiles | Búsqueda en perfiles de proteínas |
Test | Herramientas de prueba, no para uso general |
Utils database creation | Instalación de bases de datos |
Utils database indexing | Indexado de bases de datos |
Utils misc | Utilidades varias |
Véase también
[editar]Referencias
[editar]- ↑ Rice P, Longden I, Bleasby A (2000). «EMBOSS: The European Molecular Biology Open Software Suite». Trends in Genetics 16 (6): 276-277.
Enlaces externos
[editar]- Homepage of EMBOSS (en inglés)
- Homepage of EMBnet (en inglés)
- EMBOSS explorer - entorno web para EMBOSS