Mémoire de fin d'études

présenté pour l'obtention du Master 2

Mention : Sciences et technologies de l'agriculture, de l'alimentation et de
l'environnement
Parcours : Sélection et Evolution des Plantes
Méditerranéennes et Tropicales (SEPMET)

Pratiques paysannes de gestion des semences et diversité

génétique du haricot (Phaseolus vulgaris L) à Cayes-Jacmel,
commune du département du Sud-Est, Haïti

par Jourdany CESAR

Année de soutenance : 2017

Organisme d'accueil : MARNDR-HAITI / CIRAD / SUPAGRO-INRA-URM AGAP

 Mémoire de fin d'études

présenté pour l'obtention du Master 2

Mention : Sciences et technologies de l'agriculture, de l'alimentation et de
l'environnement
Parcours : Sélection et Evolution des Plantes
Méditerranéennes et Tropicales (SEPMET)

Pratiques paysannes de gestion des semences et diversité

génétique du haricot (Phaseolus vulgaris L) à Cayes-Jacmel,
commune du département du Sud-Est, Haïti

par Jourdany CESAR

Année de soutenance : 2017

Mémoire préparé sous la direction de : Organisme d'accueil : MARNDR-

Pierre BERTHOMIEU HAITI / CIRAD / SUPAGRO-INRA-
Présenté le : 14/09/2017 URM AGAP

devant le jury :
Maîtres de stage :
Jacques DAVID
Pierre BERTHOMIEU Jean François LACOUTURE
Claire NEEMA Mathieu THOMAS
Christian LECLERC
 RESUME

Le haricot (Phaseolus vulgaris L.) représente l’une des principales cultures vivrières en Haïti.
Son importance est à la fois économique et alimentaire. Cependant, aucune étude de diversité
génétique n’a été faite sur cette espèce à travers le pays. Or, la connaissance des variétés locales
du haricot reste cruciale à la mise en œuvre des politiques agricoles liées à la diffusion variétales,
à la protection et conservation de la diversité locale. Notre objectif a été de caractériser les
pratiques de gestion de la semence de haricot et de comprendre les liens entre ces pratiques et
l’organisation de la diversité génétique du haricot présent dans les parcelles des agriculteurs. Ce
travail a été réalisé à Cayes Jacmel (Sud-Est, Haïti) qui offre la possibilité d’étudier un double
contraste : environnemental (2 zones agro-climatiques) et social (lié à la taille des exploitations).
Nous avons analysé deux jeux de données : le premier issu des entretiens réalisés auprès de 30
agriculteurs et le deuxième du génotypage de 221 échantillons de plantes prélevés dans les
parcelles de haricots de ces 30 agriculteurs, à l’aide de 12 marqueurs microsatellites. Nos
résultats d’enquête ont révélé des différences significatives entre les zones agro-climatiques :
plus de variétés cultivées et plus de conservation des semences en haut. Malgré tout, aucune
différence statistique n’a été observée pour les indices de diversité calculés (Ar, Ho, Hs). Une
très faible différenciation génétique a été observée entre les zones agro climatiques (FST=0,03), et
entre les catégories d’exploitation (FST=0,009). Néanmoins, certains groupes génétiques se sont
révélés être spécifiques de chacune des 2 zones. Les variétés déclarées sont différenciées
(FST=0,21), tout en présentant une forte variabilité intra-variétale ce qui est caractéristique des
variétés de pays. D’autres études seraient nécessaires pour bien comprendre les implications
génétiques des modes de gestion des semences de haricot en Haïti.

Mots clés

Haricot, gestions des semences, diversité génétique, structuration génétique,

Haïti.

3
 ABSTRACT

Title : Farmers’ seed management practices and genetic diversity in common bean
(Phaseolus vulgaris L) in Cayes Jacmel village, South East Haiti

Dry common bean (Phaseolus vulgaris L) is one of most important food crop in Haiti. It
has both economic and food importance. However, no study was carried on his genetic
diversity in this country, although, this is necessary to seed policy, protection and
conservation of common bean landraces. Our work was to characterize the farmers’ seed
management practices of common bean in Cayes Jacmel and to understand their impacts on
plant genetic diversity in this community. This community has two agro-climatic areas
(highland and lowland Cayes Jacmel) with two types of farming in each (Grandons and
Moins pourvues). Two dataset were analyzed: one from interviews with 30 farmers, and
another one from genotyping of 221 common bean plants collected in the field of the 30
farmers with the help of 11 microsatellite markers. Our results indicate that there are two
forms of seed management in Cayes Jacmel. Our investigation showed that significant
different between the two agro-climatic areas: more cultivated varieties and more seed
conservation in. Despite two different seed management practices, no significant difference
was observe for any genetic diversity parameters analyzed (Ar, Ho, Hs). Plants from the
two agro-climatic regions were not differentiated (FST=0,03), nor the two types of farming
(FST=0,01). Nevertheless, specific genetic groups were identified in each area. The declared
varieties of common bean were differentiated (FST=0,21), with within-variety genetic
variability, which is a landrace characteristic. Some others studies should be necessary to
improve our understanding on the influence of farmers’ seed management on common
bean genetic diversity in Haiti.

Key words

Common bean, seed management, genetic diversity, genetic structure, Haiti

4
 REMERCIEMENTS

La réalisation de ce travail n’aurait pas été possible sans la contribution de certaines

personnes. Ainsi,

 Je remercie le maitre de l’univers pour la force qu’il m’a donnée

 Je tiens à remercier et à féliciter le professeur Jacques DAVID, considéré comme le
directeur de ce projet et sans qui ce travail n’aurait pas vu le jour. Je vous remercie
encore Pr Jacques de votre collaboration sans faille.
 J’envoie mes sincères remerciements à mon encadrant Mathieu THOMAS pour avoir
accepté de mener ce projet. Votre disponibilité, vos sacrifices depuis le début du projet
et votre soutien m’ont été d’une valeur inestimable
 Je remercie également mon encadrant Jean Felix LACOUTURE pour sa collaboration,
notamment durant la période de prospection en Haïti
 Mes remerciements vont aux personnes ayant contribué au côté du professeur Jacques
David à la définition de ce projet et qui nous ont suivi jusqu’à la fin. Je veux remercier
particulièrement ici, Jean Louis PHAM, Brigitte GOUESNARD, Sylvain SANTONI
 Je remercie Neldy BERNARD et Muriel LATREILLE qui ont produit les données
moléculaires
 Je me fais le devoir de remercier mon binôme, Jean Christin HENRY. Mon cher, nous
avons formé un duo productif et infaillible
 Je remercie le MAR NDR, le SNS, le projet PTTA et la BID pour avoir financé mes
études
 Je remercie de façon particulière mes parents, Monsieur et Madame Jean Canada
CESAR pour m’avoir guidé depuis mon jeune âge, mais aussi pour leur soutien
pendant la période de prospection en Haïti
 Je veux remercier ma sœur Nadeige CESAR JEANTY pour son support morale tout
au long de mon séjour en France.
 Je veux remercier tous mes camarades de promotions en M2 (APIMET-SEPMET) et
ceux de M1, particulièrement Alexia ORAIN pour son support.
 Enfin, je remercie tous ceux et toutes celles qui ont contribué d’une manière ou d’une
autre à la réussite de mes études ou à la réalisation de ce travail.

5
 TABLE DES MATIERES

1 Introduction ................................................................................................................................... 12
1.1 Contexte du travail ................................................................................................................ 12
1.2 Problématique........................................................................................................................ 15
1.3 Hypothèses ............................................................................................................................ 15
2 Etat de l’art .................................................................................................................................... 16
2.1 Biologie du haricot ................................................................................................................ 16
2.2 Origine, Domestication et Diversité du haricot ..................................................................... 17
2.3 Hybridation du haricot........................................................................................................... 18
2.4 Migration du haricot dans le monde ...................................................................................... 18
2.5 Les marqueurs moléculaires dans les études de la diversité génétique ................................. 18
2.6 Systèmes de gestion des semences ........................................................................................ 19
2.6.1 Impact du système informel de semences sur la diversité génétique ............................ 21
2.6.2 Réseaux de semences des agriculteurs .......................................................................... 22
2.7 Le haricot dans le contexte de l’agriculture haïtienne ........................................................... 22
3 Matériels et méthodes .................................................................................................................... 25
3.1 Cadre biophysique de l’étude ................................................................................................ 25
3.2 Climat des Cayes Jacmel ....................................................................................................... 25
3.3 Stratégie d’échantillonnage ................................................................................................... 26
3.3.1 Visite exploratoire et planification des enquêtes ........................................................... 26
3.4 Données collectées ................................................................................................................ 28
3.4.1 Enquêtes ........................................................................................................................ 28
3.4.2 Prélèvement d’échantillons de feuilles .......................................................................... 28
3.5 Documents de consentement ................................................................................................. 28
3.6 Analyses des données ............................................................................................................ 29
3.6.1 Données d’enquêtes ....................................................................................................... 29
3.6.2 Données moléculaires .................................................................................................... 30
4 Résultats ........................................................................................................................................ 35
4.1 Résultats des données d’enquête ........................................................................................... 35
4.1.1 Facteurs de différenciation entre le haut et le bas des Cayes Jacmel ............................ 35
4.1.2 Taille des catégories d’exploitation ............................................................................... 35
4.1.3 Organisation des exploitations agricoles ....................................................................... 36

6
 4.1.4 Richesse variétale du haricot à Cayes Jacmel ............................................................... 36
4.1.5 Provenance de semences de haricot utilisé par les agriculteurs .................................... 39
4.1.6 Pratiques de conservation des semences de haricot à Cayes Jacmel ............................. 40
4.2 Résultats de données moléculaires ........................................................................................ 41
4.2.1 Diversité génétique du haricot à Cayes Jacmel ............................................................. 41
4.2.2 Régime de reproduction ................................................................................................ 44
4.2.3 Différentiation et structuration des populations .......................................................... 45
4.2.4 Niveau de structuration des populations étudiées ....................................................... 48
5 Discussions .................................................................................................................................... 51
5.1 Organisation sociale de la diversité....................................................................................... 51
5.2 Organisation spatiale de la diversité ..................................................................................... 52
5.2.1 Diversité génétique du haricot ....................................................................................... 52
6 Conclusion et perspectives ............................................................................................................ 55
7 Références bibliographiques ......................................................................................................... 56
8 Annexes ......................................................................................................................................... 62

7
 GLOSSAIRE

Catégorie d’exploitation : Groupe défini dans cette étude pour regrouper Grandons et moins
pourvues

Grandons : Agriculteur qui possède relativement beaucoup de terres dans une

section communale ou à une échelle plus large et qui les travaille. Il n’y
a pas une superficie d’exploitation définie à laquelle un agriculteur est
Grandon, c’est relatif.

Moins pourvues : Noms donnés dans cette étude aux exploitations ayant relativement
moins de terres dans une section communale ou à une échelle plus
large.

Sections communales : C’est la plus petite division administrative en Haïti.

Zéolithes : Produit destiné à la dessiccation et à la conservation des échantillons

de feuilles de haricot.

8
SIGLES ET ACRONYMES

ACP : l’analyse en composante principale

ADN : Acide Désoxyribonucléique
ANOVA : analyses de variance
ATTM : Accord Type de Transfert de Matériel
BIC : Critère d’Information Bayésien
CASEC : Conseil de l’Assemblée de la Section Communale
CIPDSA : Commission Intersectorielle de Production et de Distribution des Semences Améliorées
CNA : Companhia Nacional de Abastecimento
CNSA : Coordination Nationale de la Sécurité Alimentaire
CRS : Catholic Relief Service
DA : ’analyse discriminante
DACP : 3.6.2.4.1 Analyse Discriminante des Composantes Principales
FAO : Organisation des Nations unies pour l’alimentation et l’agriculture
MLG : génotypes multi locus
GPAS : Groupements de Producteurs Artisanaux de Semences
GPS : Géo-positionnement par satellite
IC : Intervalle de Confiance
IHSI : Institut Haitien de Statistique et d'Informatique
MARNDR : Ministère de l’Agriculture des Ressources Naturelles et du Développement Rural
MLH : hétérozygotie multi locus
MSN : Minimum Spanning Tree
ONG : Organisations Non Gouvernementales
ORE : Organization For The Rehabilitation Of The Environment
PCR : Réaction en Chaine par polymérase
PIB : Produit Intérieur Brut
PIC : contenu d’informations de polymorphisme
PVP : protection des variétés des plantes
RGA : Recensement Général Agricole, : Recensement Général Agricole
SAU : surface agricole utile
SNP : Single Nucletid Polymorphism
SNS : service national Semencier
SSR : Short Sequence Repeat
SSSA : Seed System Security Asessment

9
 Liste des Tableaux

Tableau 1:Caractéristiques des marqueurs utilisés........................................................................... 31

Tableau 2-Présentation des espèces cultivées en association avec le haricot, haut et bas des Cayes
Jacmel............................................................................................................................................... 35
Tableau 3: Présentation du nombre de variétés de haricot déclaré par zone climatique, par section
communale et par catégorie d'exploitation ....................................................................................... 37
Tableau 4: Eléments caractéristiques des variétés déclarées............................................................ 37
Tableau 5:Diversité génétique calculées par zone climatique selon plusieurs indices : le nombre de
génotypes multi-locus (MLG), la richesse allélique (Ar), la diversité observée (Ho) et la diversité
attendue sous l’hypothèse d’Hardy-Weinberg (Hs) ......................................................................... 42
Tableau 6: Indices de diversité génétique par section communale : le nombre de génotypes multi-
locus (MLG), la richesse allélique (Ar), la diversité observée (Ho) et la diversité attendue sous
l’hypothèse d’Hardy-Weinberg (Hs) ................................................................................................ 43
Tableau 7:indices de diversité par catégorie d'exploitation: le nombre de génotypes multi-locus
(MLG), la richesse allélique (Ar), la diversité observée (Ho) et la diversité attendue sous
l’hypothèse d’Hardy-Weinberg (Hs) ................................................................................................ 43
Tableau 8: Indices de diversité génétique par variété de haricot déclarée : le nombre de génotypes
multi-locus (MLG), la richesse allélique (Ar), la diversité observée (Ho) et la diversité attendue
sous l’hypothèse d’Hardy-Weinberg (Hs)........................................................................................ 43
Tableau 9: FIS et Taux d'autofécondation (S) par variété déclarée ................................................... 45

10
 Liste des figures

Figure 1-Indication sur la situation géographique de la commune des Cayes Jacmel. Chaque nom
sur la carte correspond à un département. La position des Cayes Jacmel est indiquée par le point
dans le département du sud-Est et elle est représentée par la carte colorée où chaque couleur
représente une de ses 4 sections communales .................................................................................. 14
Figure 2-Fleur du haricot.................................................................................................................. 16
Figure 3-Origines et réseaux de distributions des semences dans les systèmes formel et informel
des semences (adapté par Sperling, 2006)........................................................................................ 21
Figure 4-Diagramme ombrothermique des Cayes Jacmel ............................................................... 26
Figure 5-Dispositif hiérarchisé de la zone sous étude ...................................................................... 26
Figure 6-Carte de la distribution des exploitations agricoles retenues et enquêtées ........................ 27
Figure 7-Variation de la taille des exploitations par zone climatique et catégories ......................... 36
Figure 8-Dénomination des variétés de haricot et leur importance par zone agro écologique ........ 38
Figure 9-Importance des sources d'approvisionnement en semence de haricot selon les zones agro
écologiques....................................................................................................................................... 39
Figure 10-Importance des sources de semences par variété déclarée en haut .................................. 40
Figure 11- Niveau d'hétérozygotie multi locus dans l’échantillon ................................................... 44
Figure 12-Minimum Spanning Tree dérivant de l’analyse MLG. AL : variété Alizaine, BE : variété
Beurre, GP : Variété Gros pois, Li : variété Lianne, SI : variété Sinistré, TA : variété Tamazolapa,
Ti : variété Timina et Wo : variété Rouge ........................................................................................ 47
Figure 13-Arbre de distance génétique entre les individus. A : Entre zone climatique (rouge :
individus du haut, noir : individus du bas). B : entre les variétés (jaune : variété Timina, rouge :
variété Beurre, vert : variété Gros pois, bleu : variété Lianne, bleu clair : variété Sinistré, violet :
variété Tamazolapa, gris : variété Rouge ......................................................................................... 49
Figure 14-Variation du BIC en fonction du nombre de groupes (K) ................................................. 50
Figure 15 Proportion d'individus par groupe pour un nombre de groupe k=8. Information reportée
par zone climatique (bas, haut Cayes-Jacmel) ................................................................................. 50
Figure 16 Résultats de la DAPC réalisée sur la variété Timina ....................................................... 51
Figure 17 Proportion d'individus par zone climatique dans chaque groupe de la DAPC de la variété
Timina (k=10) .................................................................................................................................. 51

11
1 Introduction
1.1 Contexte du travail

Le secteur agricole représente le premier pourvoyeur d’emploi dans le monde. Près de la moitié de
la population active mondiale œuvre dans l’agriculture, alors que ce taux peut atteindre jusqu’à
80% dans les pays en développement. En Haïti, l’agriculture de manière générale constitue la
principale activité économique, bien qu’elle demeure une activité essentiellement paysanne réalisée
généralement sur des petites parcelles de moins d’un hectare. Elle est pratiquée au niveau des
plaines, des vallées et sur des flancs de montagnes (Recensement Général Agricole (RGA), 2011).
Le système agricole haïtien reste un système très peu développé avec un faible usage d’intrants
(semences, fertilisants et pesticides), une absence presque totale de mécanisation et de soutien
technique. Il s’agit des systèmes de jardin créole où sur de petites parcelles (moins d’un carreau, 1
carreau = 1.29ha) sont cultivées plusieurs espèces différentes en mélange ou association. C’est
aussi une agriculture essentiellement pluviale, car seulement 5 à 10% (80 000 et 90 000 ha) des
terres cultivables sont irriguées (Coordination Nationale de la Sécurité Alimentaire (CNSA), 2012).
Toutefois, 70% de la population active du pays œuvre dans l’agriculture avec néanmoins une
autosuffisance alimentaire avoisinante de 50% (MARNDR, 2013). La contribution de ce secteur
dans le Produit Intérieur Brut (PIB) est estimée entre 20 et 25% (RGA, 2011).

Le relief d’Haïti est très accidenté (deux tiers du pays sont montagneux dont la moitié constitue des
zones humides ou très humides), ce qui permet au pays de bénéficier d’une grande variation de
microclimats et conséquemment produire une large gamme d’espèces vivrières : les céréales (maïs,
sorgho, riz…), les légumineuses (haricot commun, haricot de Lima, niébé, pois d’Angole,
l’arachide…), les cultures maraichères (choux, piment, carotte, tomate, poireau, ail…). Parmi les
espèces cultivées, certaines sont plus importantes que d’autres en termes de surface occupée,
d’usage et d’économie. En ce sens, le haricot est l’une des plus importantes cultures vivrières en
Haïti. Il est cultivé dans tout le pays et à toutes les altitudes.

La gestion des semences du haricot et des autres espèces cultivées dans le système agricole haïtien
n’est pas commune à celles des pays développés. Dans ces pays, il y a des systèmes agricoles
intensifs, mécanisés, modernisés où les semences sont produites par des entreprises semencières.
Cependant, en Haïti, les semences sont généralement acquises par des pratiques de sélection
massales. Les agriculteurs choisissent généralement les meilleures gousses/graines, épis ou encore
grappes dépendant de l’espèce en question. Ils bénéficient également des dons provenant d’un
voisin ou des relations familiales. Dans ce système, ce sont les paysans qui produisent le plus
souvent leurs propres semences.

12
Les années récentes témoignent d’autres pratiques comme les achats de semence au marché ou
encore la distribution de semences par les autorités étatiques (Ministère de l’Agriculture à travers
les directions départementales agricoles) ou encore par des Organisations Non Gouvernementales
(ONG) (SSSA Haïti, 2010). Ces pratiques qui peuvent conduire malheureusement à la disparition
des variétés locales intéressantes gagnent du terrain en raison des pertes partielles ou totales de
récoltes causées par les aléas climatiques, notamment les longues périodes de sécheresse et les
catastrophes naturelles (cyclones). Ces introductions sont le plus souvent problématiques compte
tenu de la mauvaise qualité des semences (le plus souvent des grains en lieu et place de semences)
ou pour des questions de mal adaptation (liées aux interactions Génotype*Environnement avec des
variétés exogènes pas adaptées aux conditions pédoclimatiques d’Haïti). Ainsi donc, les
performances des variétés introduites laissent à désirer et ne contribuent pas forcément à réduire la
précarité économique et sociale des agriculteurs.

Les distributions de semences concernent presque toutes les régions du pays et représentent la
principale réponse liée aux problèmes de semences en Haïti (SSSA Haïti, 2010). Cependant, les
agriculteurs qui sont dans des zones plus proches des villes (généralement des zones de plaines) ont
tendance à bénéficier plus facilement des dons venant des organisations ou du ministère de
l’agriculture. Il faut noter que dans ces endroits, ceux qui disposent relativement beaucoup de terres
(Grandons) conservent des graines qu’ils vendent aux moins pourvus lors de la prochaine saison de
culture. Par contre, dans les endroits plus reculés (en montagne), les agriculteurs vivent quasi-
entièrement de l’agriculture et ne reçoivent pas forcément des dons de semences de l’état ou des
ONGs. Ils conservent généralement de leurs récoltes, des semences pour la prochaine saison de
culture.

Les différents modes d’acquisition de semences précités concernent presque toutes les espèces
vivrières et le haricot en particulier. Ils laisseraient croire que la différenciation variétale entre
agriculteurs devrait donc être assez marquée au niveau de la commune des Cayes-Jacmel située
dans le département du Sud-Est d’Haïti. Elle présente deux zones agro climatiques contrastées que
nous appelons dans cette étude Bas et Haut des Cayes Jacmel. Les démarches d’approvisionnement
en semences susmentionnées suscitent des questionnements sur la structuration de la diversité
génétique au travers des variétés locales traditionnelles et donc de leur potentiel agronomique dans
cette commune.

Des travaux sur la diversité du haricot se basant sur des caractères morphologiques (couleurs des
graines en particulier) ont été déjà entrepris en Haïti dans les années 80. Cependant, aucune étude
de diversité génétique utilisant des marqueurs moléculaires n’a été réalisée jusque-là (Dr Jean
Fenel Félix, communication personnelle). Ce travail se basant sur des enquêtes et des analyses
moléculaires des feuilles se propose donc d’étudier les pratiques de gestion de la semence et

13
d’établir le lien avec la diversité génétique du haricot à Cayes Jacmel commune du Sud-Est d’Haïti
(Figure 1).

Figure 1-Indication sur la situation géographique de la commune des Cayes Jacmel. Chaque
nom sur la carte correspond à un département. La position des Cayes Jacmel est indiquée
par le point dans le département du sud-Est et elle est représentée par la carte colorée où
chaque couleur représente une de ses 4 sections communales

14
1.2 Problématique

Dans ce cadre, l’objectif principal de ce travail a été de caractériser les pratiques de gestion de la
semence dans la commune des Cayes Jacmel, notamment l’approvisionnement au niveau des
exploitations agricoles et de comprendre les liens entre ces pratiques et l’organisation de la
diversité génétique du haricot présent dans les parcelles des agriculteurs. Ainsi se posent les
questions suivantes : Est-ce que la richesse variétale est plus importante dans l’une des deux parties
de la commune ? La proximité à la ville a-t –elle un impact sur la diversité génétique du haricot
cultivée Cayes Jacmel ? Existe-t-il un système commun de gestion des semences entre les
agriculteurs d’en haut et ceux d’en bas ? La pratique de conservation des semences est –elle liée à
la taille des exploitations agricoles ? Quels sont les impacts du climat sur les pratiques de gestion
des semences ? Quels sont les impacts des pratiques de gestion des semences sur la diversité
génétique du haricot entre les exploitations? Quel est le positionnement de la diversité génétique du
haricot haïtien par rapport à celle du monde ?

Une analyse combinée des informations recueillies lors des entretiens réalisés auprès d’une
trentaine d’agriculteurs également répartis sur les deux zones agro climatiques de la commune ainsi
que des données génétiques issues d’échantillons de feuilles prélevés dans les parcelles de ces
différents agriculteurs vont permettre d’approfondir ces différentes questions. Les résultats de cette
étude permettront d’avoir une meilleure connaissance des processus de diffusion variétale. Ces
informations pourront être communiquées auprès des acteurs locaux comme les agriculteurs mais
aussi auprès des décideurs politiques afin d’ouvrir une ère nouvelle de conservation et/ou
protection des variétés locales intéressantes dans le pays. De plus, ce travail pourrait contribuer sur
le plus long terme à l’amélioration des variétés de haricot dans le pays.

Il faut noter que les activités ont été faites en binôme avec une autre partie sur le maïs qui est
réalisé par Jean Christin Henry. Ainsi, une comparaison de certains des résultats sur les deux
cultures reste envisageable.

1.3 Hypothèses
 Le contraste agro-écologique entre les deux zones d’étude (Haut et Bas des Cayes Jacmel)
conduit les agriculteurs à développer des pratiques différentes de gestion de semences du
haricot (diversité cultivée différente, pratique de conservation des semences, accès aux
semences)
 Les pratiques de gestion des semences diffèrent selon les catégories d’exploitation
 Les conditions de culture plus favorables dans la partie supérieure devraient conduire les
agriculteurs à cultiver plus de variétés de haricot que dans la partie inférieure
 Des différences de pratique de gestion des semences devraient conduire à une
différenciation génétique entre le haut et le bas de la commune

15
 

2 Etat de l’art
2.1 Biologie du haricot
Le haricot, du nom scientifique Phaseolus vulgaris L est une plante diploïde (2n=2x=22) et
autogame faisant partie de la famille des Fabacées. Le genre Phaseolus dans lequel il se trouve
contient plus de 80 espèces sauvages et cultivées. L’espèce P. vulgaris L est plus largement
répandue (Porch et al, 2013) et est économiquement la plus importante (Freytag et Debouck, 2002).
Les espèces les plus proches de P.vulgaris sont P. albescens, P. coccineus, P costaricensis, P.
dumosus, P. parvifolius et P. persistentus (Chacόn et al, 2005 ; Belluci et al, 2014). La plupart des
espèces de la famille des Fabacées ont une fleur composée de 5 pétales avec la forme distinctive en
papilionacée. Le fruit des Fabacées est la légumineuse (gousse). Le haricot partage toutes les
caractéristiques des Fabacées, mais il possède quelques traits distinctifs. La quille de sa fleur
(Figure 2) se termine par une bobine à deux tours, alors qu’il y a des poils sur les jeunes structures
végétatives et productives (Freytag et Debouck, 2002).

© D.G. Debouck, CIAT

Figure 2-Fleur du haricot

Le haricot comme toutes les légumineuses fait partie des plantes en C3. Il est doté d’un système
racinaire pivotant et possède des nodules dans la partie moyenne et supérieure des racines
secondaires. Ces nodules sont colonisés par bactéries du genre Rhizobium qui fixent de l’azote
atmosphérique et reçoivent en retour de l’hydrate de carbone du haricot (Debouck et al, 1986). La
structure des fleurs contribue grandement au fort taux d’autopollinisation du haricot. En effet,
l’ovaire et le stigmate se trouvent l’un à côté de l’autre. De plus, l’ouverture des ovaires se fait au
moment où les stigmates sont réceptifs, avant l’ouverture complète de la fleur. Bien que le haricot
soit fortement autogame, certains insectes comme les abeilles, les thrips sont capables de provoquer
un faible taux de pollinisation croisée chez les variétés cultivées (Faria et al, 2010). Le taux
d’allopollinisation est généralement inférieur à 3% (Ramalho et Abreu, 2006) avec quelques fois
des valeurs un peu plus grandes (Ibarra-Perez et al, 1997). Ce taux avoisine zéro quand les plantes

16
sont espacées de 3 à 10 mètres, mais il dépend aussi du génotype, des conditions
environnementales et de la synchronisation de la floraison dans le cas de mélange variétale (Ibarra-
Perez et al, 1997 ; Faria et al, 2010). Les hautes températures peuvent retarder ou empêcher la
floraison, alors que celles qui sont trop basses nuisent à la production des gousses ou entraînent des
gousses vides (Liebenberg, 2002). La température minimale du sol nécessaire à la germination des
graines est de 12 °C, mais l’optimum se trouve entre 22 et 30 °C. En fonction des variétés, la
floraison survient six semaines après le semis (Worteman, 2006). Le nombre de jours nécessaires
pour atteindre la maturité des graines est variable. Il va de 50 à 250 jours et dépend du cultivar, de
la photopériode et des conditions environnementales.

2.2 Origine, Domestication et Diversité du haricot

Le haricot est originaire du continent américain. La détermination de l’origine du haricot a fait
l’objet de beaucoup de recherches et a soulevé de nombreux débats dans le monde scientifique.
Dans un premier temps, les scientifiques croyaient à une origine asiatique pour le haricot. C’est à la
fin du 19e siècle qu’ils ont admis que le haricot est originaire de l’Amérique (Gepts et Debouck,
1991).

En termes de domestication, beaucoup d’études ont montré que le haricot a été domestiqué de
manière indépendante en Mésoamérica et dans le sud des Andes (Gepts 1998; Gepts et al, 2008;
McClean et al, 2008; Kwak et Gepts, 2009). L’existence de deux centres primaires de
domestication du haricot résulte en deux (2) pools de gènes majeurs distincts : Le pool andin et le
pool mésoaméricain (Gepts et Debouck, 1991 ; Chacòn et al, 2005 ; Gepts et al, 2008 ; Marília et
al, 2010). Le type de phaséoline, protéine majeur chez le haricot est central dans la détermination
du pool génique. L’existence de deux centres majeurs de domestication du haricot est corrélée aux
deux pools de gènes dans les germoplasms. Le type T (grosses semences) caractérise le pool
génique andin, alors que le type S (petites semences) correspond au pool mésoaméricain (Gepts et
Debouck, 1991).

Dans le pool génique andin sont répertoriées trois races locales : Nueva Granada, Perou et Chili,
alors que dans le pool mésoaméricain il y a 4 races locales : Jalisco, mésoaméricain, Guatemala et
Durango (Beebe et al, 2000) et partagent leurs haplotypes chloroplastiques avec les haricots
sauvages locaux (Chacòn et al, 2005). Gepts et al. (1986) suggérait que la diversité de phaséoline
retrouvée chez les races andines de haricot résulte d’une domestication multiple du pool andin.
Cependant, quelques années plus tard, Cattan-Toupance et al. (1998) ont montré qu’il s’agit d’une
domestication unique faite à partir d’une seule population sauvage polymorphique et un passage
probable par un goulot d’étranglement avant la domestication (Bitochi et al, 2012). Pour le pool
mésoaméricain, le nombre de foyers de domestication reste controversé. Beaucoup de travaux

17
soutiennent l’hypothèse d’une domestication multiple (Beebe et al 2000 ; Chacòn et al, 2005), alors
que d’autres pensent le contraire (Papa et Gepts 2003 ; Bitochi et al, 2012).

2.3 Hybridation du haricot

Les deux pools géniques (andin et mésoaméricain) du haricot présentent un isolement reproductif
partiel chez les populations sauvages ainsi que chez dans les populations cultivées, ce qui engendre
des faiblesses chez les hybrides (Gepts et al, 1992 ; Burle et al, 2010). L’hybridation entre le
haricot (P. vulgaris) et les autres espèces du même genre est bloquée par des mécanismes
d’incompatibilité telle que la différence chromosomique, stérilité des hybrides F1 et l’avortement
des embryons. À ceux-là s’ajoutent d’autres barrières comme la photopériode et la synchronisation
de la floraison (Broughton et al, 2003; Porch et al, 2013). Toutefois, des hybrides résultant de
plantes sauvages entre P. vulgaris L et P. coccineus ont été répertoriés (Escalante et al, 1994).
Considérant l’incompatibilité partielle entre les espèces dans le genre, un sauvetage d’embryon
serait nécessaire lors de l’hybridation (Porch et al, 2013).

2.4 Migration du haricot dans le monde

Les formes sauvages du haricot sont distribuées de façon extensive et discontinue dans les hauts
plateaux mésoaméricains et dans les Andes (Amérique du sud). Son aire de répartition a été
fragmentée naturellement par des régions humides inadaptées et récemment par des activités
humaines (Jones et al, 1997). Après la domestication, le haricot a été dispersé dans toute la région
mésoaméricaine et andine puis en Europe avec la découverte de l’Amérique par les européens
(1492) et en Afrique par la suite (Gepts et al, 1986 ; Kwak et Gepts, 2009). Après la migration en
Europe, les deux pools ont été hybridés donnant ainsi une large gamme de variation génétique
(Kwak et Gepts, 2009). Le continent européen est donc considéré comme un deuxième foyer de
domestication du haricot (Angioi et al, 2010). Le haricot vert reste la principale forme de
consommation du haricot sur le continent européen, alors que c’est le sec qui est plus présent dans
les pays tropicaux.

2.5 Les marqueurs moléculaires dans les études de la diversité génétique

Les perspectives d’adaptation locale et d’amélioration variétale nécessitent des connaissances
approfondies sur la diversité génétique et phénotypiques des plantes. Les travaux de Morgante et
Olivieri (1993) ont montré l’importance des marqueurs microsatellites (Short Sequence Repeat
(SSR) chez les plantes. Depuis ces travaux, beaucoup d’études utilisant des SSRs ont été faites sur
le haricot commun. Les microsatellites sont des petites séquences de 2 à 4 nucléotides répétées
dans le génome. Ils sont des marqueurs uniques, multi-alléliques, codominants et largement
reproductibles (Blair et al, 2009). Ces marqueurs peuvent être isolés directement à partir de l’Acide

18
Désoxyribonucléique (ADN) génomique, de l’ADNc ou à partir de séquences déposées dans
GenBank (Yu et al, 2000 ; Maguire et al, 2000). Les marqueurs microsatellites sont très largement
distribués dans le génome du haricot (Blair et al, 2003) et sont donc des outils très efficaces pour
évaluer le niveau et la structure de la diversité génétique dans les populations de haricot (Blair et al,
2009). Ils sont particulièrement utilisés pour caractériser la diversité dans la région non codante du
génome en raison d’un taux de mutation élevée (Xu et al, 2000). Depuis les années 2000, plus de
400 marqueurs microsatellites ont déjà été développés et cartographiés chez le haricot (Yu et al,
2000 ; Blair et al, 2003 ; Buso et al, 2006). Des marqueurs à Polymorphisme mono nucléotidique
(SNP) peuvent être utilisés dans les des études de diversité génétique. Ces marqueurs SNPs sont
aussi très largement distribués dans le génome et le coût de leur mise en œuvre reste plus faible en
comparaison aux SRRs. Cependant, les caractéristiques uniques des SSRs les rendent essentiels
pour les études de diversité (Cortés et al, 2011).

2.6 Systèmes de gestion des semences

Le processus de sélection et de sauvegarde des semences est la plus fondamentale et la plus
ancienne des pratiques agricoles. Les semences sont donc capitales pour le développement et
constituent tout d'abord la source de toute production alimentaire et agricole. C'est pourquoi les
efforts contre la faim visent particulièrement les systèmes de semences (Lohr et al, 2015). De nos
jours, les semences ont tendances à être apportées comme les autres intrants (engrais, pesticides) en
agriculture (Kraft et al, 2010). Selon les sources d'approvisionnement en semences, on distingue le
système formel du système informel de semences.

Le secteur formel des semences est considéré comme une chaine d'activités clairement définie. Il y
a donc des principes qui régissent ce secteur pour maintenir la pureté variétale, la qualité physique,
physiologique et sanitaire des semences. Le point de départ consiste en la création de nouvelles
variétés, alors que les lieux d'achat sont légalement reconnus (Louwaars, 1994). Le point capital du
système formel de semences est le fait qu'il y a une distinction nette entre semence et grain. Le
système formel de semences est aussi caractérisé par la conservation ex-situ de la diversité
génétique dans des banques de graines ou de ressources génétiques comme Svalbard par exemple
(Kraft et al, 2010 ; Lohr et al, 2015) ; marginalisant assez souvent les processus dynamiques qui
produisent et maintiennent la diversité génétique (Kraft et al, 2010). L'agriculture destinée à une
commercialisation à grande échelle ou à l'exportation est basée sur le schéma du système formel de
semences. Il faut noter qu'il y a des droits sur les ressources génétiques par la protection des
variétés des plantes (PVP) et le brevetage pour la protection des plantes à caractéristiques
innovantes. Ces droits peuvent entraver le système traditionnel de semences des agriculteurs.

19
Le système informel de semences est en revanche une activité locale et concerne l'ensemble des
moyens par lesquels les agriculteurs produisent, diffusent, acquièrent leurs semences (Dominguez
et Jones, 2005) à partir de leurs récoltes, de celles d’un voisin, un ami, un proche ou sur le marché
local. Le plus souvent ce sont les variétés traditionnelles (ensemble de lots de semences maintenus
individuellement par des agriculteurs ; il s’agit des variétés populations) qu'on retrouve dans ce
secteur. Les semences des variétés développées dans le système formel de semences peuvent être
aussi maintenues et distribuées dans le système informel. Le niveau de performance du système
informel de semences dépend des connaissances locales. Dans les pays en développement, les
agriculteurs s'approvisionnent beaucoup en semence provenant du système informel, en raison de la
disponibilité, commodité et le ratio qualité-prix. Il fournit entre 80 et 90% des stocks de semences
dans le monde (Sperling, 2006; Duttfield, 2007). Beaucoup d’exemples illustrent la grande
importance des semences issues du secteur informel dans les lots utilisés dans ces pays (Mellas,
2000). Au Maroc, entre 1999 et 2000, seulement 2,5% des semences de légumineuses proviennent
du secteur formel; au Mexique c’est 25% des semences du maïs qui proviennent du système formel
en 1999, alors qu’au Népal; c’est moins de 3% des semences du riz qui a été fourni par le secteur
formel au cours de l'année 1999.

Au contraire du système formel, le système informel de semences est important dans le maintien de
la diversité génétique au champ. Le nombre de variétés, leur mouvement entre zones et leur
disponibilité dépendent souvent du fonctionnement du système informel de semences (Jarvis et al,
2005) qui est assez dynamique, et peut avoir des impacts sur la diversité génétique. Parmi les
facteurs du système de semences susceptibles d'affecter la diversité génétique, il y a la
disponibilité, l'accessibilité, les sources d'approvisionnement en matériels, les méthodes de
conservation et de sélection et l'étendue des échanges (Hodgkin et al, 2007). Dans ce système, la
multiplication, la sélection et le stockage se fait à petit échelle et est réalisé le plus souvent par des
femmes (Lohr et al, 2015).

Dans beaucoup de pays notamment en Afrique de l'Est, centrale et australe, en Amérique latine, les
deux systèmes cohabitent (Figure 3). Cependant, les avis divergent quant à leur pertinence en
fonction du secteur pour lequel on fait promotion. Les promoteurs du système informel considèrent
que le système formel des semences est une menace pour la résilience et l'agro biodiversité des
systèmes. Ceux qui défendent le système formel voient en lui une condition pré requise à
l'augmentation de la productivité par l'usage de semences de bonnes qualités (Sperling, 2006).
L'analyse des forces et faiblesses du système local de semences (informel) montre que les deux
systèmes sont complémentaires (Almekinders et al, 1994).

20
Figure 3-Origines et réseaux de distributions des semences dans les systèmes formel et
informel des semences (adapté par Sperling, 2006)

2.6.1 Impact du système informel de semences sur la diversité génétique

Dans le système traditionnel de gestion des semences, c’est à travers les forces évolutives (dérive,
migration (flux de gènes et semences), mutation-recombinaison, sélection) que les impacts majeurs
sur l’étendue et la distribution de la diversité génétique se manifestent. La maintenance d’un lot
limité par l’agriculteur ou des catastrophes naturelles peuvent conduire à la réduction de la taille
efficace des populations et donc des pertes d’allèles par dérive génétique. De plus, dans le système
traditionnel, les parcelles sont de petites tailles alors que plusieurs variétés ou espèces y sont
cultivées en même temps.

Les changements de source d’approvisionnement et l’importance du flux de semences de chaque

variété résultent du type de saison et impactent la taille efficace des populations. Quand la saison
est bonne, les agriculteurs arrivent à conserver plus de semences impliquant ainsi plus de sources
d’approvisionnement. Par contre, quand elle est mauvaise, beaucoup d’agriculteurs doivent
acquérir leur variété préférée sur le marché local (Sperling, 2006). Ce qui conduit à une seule
grande source d’approvisionnement et donc une taille plus réduite. Il faut mentionner que la
richesse allélique est plus rapidement affectée que l’uniformité en cas de dérive génétique ou de
goulot d’étranglement (Hodgkin et al, 2007).

La migration est vue comme une force d’homogénéisation et deux types de migration des semences
peuvent être observés : Migration entre populations d’une même variété locale entre parcelles,
agriculteurs ou communautés et migration entre populations différentes résultant de croisements
accidentels ou volontaires. Les échanges de semences se font généralement à l’intérieur des
communautés, exceptées pour certaines cultures, comme le haricot, le maïs, manioc où la distance
peut être importante. L’étendue des mouvements (flux de semences) dépend des facteurs divers
dont l’espèce, le pays et les communautés, les conditions environnementales, les difficultés de
productions, les relations sociales et les conditions économiques. La migration peut conduire à la
perte de variétés locales, à l'hybridation avec les variétés locales ou à l'homogénéisation en une

21
seule population. L'effet de la migration est lié aux modes de gestion agronomique et des pratiques
de sélection des agriculteurs (Hodgkin et al, 2007).

Par la sélection, les agriculteurs influencent la diversité génétique présente sur leurs parcelles en
choisissant des plantes, des parties de récolte ou de surfaces cultivées comme semences pour la
prochaine saison. Dans le système traditionnel, l'effet de sélection continue avec les conditions de
stockage où les semences peuvent être affectées par des pestes, des maladies ou subir des
détériorations physiques. Ainsi, seules les mieux adaptées seront survécues et utilisées pour la
prochaine saison. Il faut souligner que la plupart des fois, le stockage pour la consommation et pour
des semences forment un seul stock.

2.6.2 Réseaux de semences des agriculteurs

Les réseaux de semences des agriculteurs concernent le transfert de matériels de plantation sans
occurrence aucune à la qualité de graine ou de sources particulières. Ces réseaux apportent une
grande contribution au transfert des semences des agriculteurs, des marchés locaux, des stations de
recherche, de la nature ou autres (Coomes et al, 2015). Entre temps, pas mal d'études ont été
consacrées à la compréhension du fonctionnement de ces réseaux (Coomes, 2010 ; Labeyrie et al,
2014). Il a été montré que les marchés locaux jouent un rôle important dans le système informel de
semences et dans les réseaux de semences des agriculteurs. En effet, Ils sont au centre de la sécurité
des systèmes semenciers (principalement dans le cas des plantes autogames) particulièrement pour
les ménages les plus vulnérables (Sperling et al, 2004). Les semences vendues dans les marchés
locaux ont des qualités génétiques acceptables pour les agriculteurs. Elles ont été également
produites dans des zones agro écologiques proches, répondant ainsi aux besoins de l'agriculteur
(Sperling, 2006).

En dépit de son importance avérée, aujourd'hui encore, de nombreuses idées communément fausses
existent autour des réseaux des semences des agriculteurs, à savoir : les réseaux de semences des
agriculteurs sont inefficaces pour la distribution des semences, ils sont des systèmes conservés et
conservateurs qui offrent un accès égalitaire aux semences, les réseaux de semences des
agriculteurs sont appelés à disparaître (Coomes et al, 2015).

2.7 Le haricot dans le contexte de l’agriculture haïtienne

Le haricot sec reste l’une des principales cultures vivrières en Haïti. Il est la deuxième espèce
cultivée en termes de superficie après le maïs. Il faut signaler que ces deux espèces sont cultivées le
plus souvent en association. Pour la campagne agricole de printemps 2009, le maïs a occupé
430 717 carreaux de terre, soit 85 % de la surface agricole utile (SAU) sur une année pour cette
espèce dans le pays. Pour la même saison, le haricot a occupé une SAU de 220 903 carreaux, ce qui
correspond à 69% de sa SAU en une année (RGA, 2009). Si le maïs occupe une plus grande part de

22
la surface agricole utile du pays, le haricot joue un rôle plus prépondérant dans le revenu des
exploitations agricoles et dans la diète alimentaire des haïtiens. En effet, le prix du haricot vaut le
plus souvent 3 à 4 fois de celui du maïs sur le marché haïtien. De plus, il est consommé presque
tous les jours dans les ménages. Il sert entre autres de source de protéines pour les haïtiens, comme
c’est le cas des populations de la plupart des pays en développement d’Amérique latine et
d’Afrique où la consommation de la viande fait défaut (Singh et Jauhar, 2005 ; Fageria et al, 2011).
La consommation moyenne annuelle du haricot par haïtien est estimée à 25 kg alors qu’elle est de
20 kg environ pour le maïs (CNSA, 2012). En comparaison, 17 kg de haricot sont consommés par
année par brésilien (Companhia Nacional de Abastecimento (CONAB), 2006), alors que le Brésil
est le plus grand producteur mondial de cette espèce (Organisation des Nations unies pour
l’alimentation et l’agriculture (FAO), 2009).

En Haïti, le haricot est la plus importante des légumineuses cultivées au niveau des dix (10)
départements du pays. On le retrouve depuis les plaines irriguées, plaines humides, les vallées
jusqu’aux montagnes humides. Le département du centre demeure la plus grande zone de
production printanière du haricot dans le pays (CNSA, 2012). Le département du Sud-Est où se
trouve la commune des Cayes Jacmel arrive en 3e position dans ce classement. Les variétés locales
portent souvent des dénominations relatives à la couleur de la graine (noire, rouge, beurre etc.).
Elles ont tendance à être précoces, non photopériodiques et de fort potentiel pour l’amélioration
variétale (Messiaen, 1992). Les besoins en semences de haricot en Haïti ont été estimés à 7 500
tonnes métriques ™ en 2009 (Seed System Security Asessment (SSSA Haïti), 2010). Le rendement
moyen du haricot dans les conditions paysannes de production est d’environ 0,65 t/ha (CNSA,
2012; FAO, 2013 ; Catholic Relief Service (CRS), 2014). La variété Icta Legeo présent sur le
marché peut donner un rendement compris entre 1.4 et 1.6 t/ha avec assistance technique, mais au
niveau des parcelles paysannes son rendement est limité à 0, 900 t/ha (CNSA, 2012). En dépit du
potentiel de rendement intéressant de la variété Icta Legeo elle n’est pas très cultivée dans le pays,
car elle n’est pas très demandée par les consommateurs.

Le faible rendement du haricot (et les autres espèces) obtenu par les agriculteurs en Haïti est dû
entre autres à des problèmes édaphiques, climatiques (sécheresse, cyclones…) et des stress
biotiques. L’inaccessibilité à des variétés améliorées et adaptées ainsi que l’approvisionnement en
semences de qualités au moment nécessaire constituent des limites elles aussi importantes pour la
production du haricot dans le pays. En effet, il n’existe aucun programme de conservation
génétique ni d’amélioration sur le haricot dans le pays (SSSA Haïti, 2010). Il faut toutefois
souligner la présence de l’ONG ORE (Organization For The Rehabilitation Of The Environment )
qui travaille (après 2010) sur le haricot et le maïs dans le département du Sud et la Vallée de
l’Artibonite, bien que ses semences de base soient importées. Le service national Semencier (SNS)

23
du ministère l’agriculture qui a entre autres, des missions d’appui et de contrôle des acteurs de la
filière semence ne peut pas jouer son rôle. En effet, ce service combien important pour le
développement de cette filière ne dispose que de deux employés, le directeur et son adjoint (SSSA
Haïti, 2010). La création de la Commission Intersectorielle de Production et de Distribution des
Semences Améliorées (CIPDSA) dans les années 90 dont l’objectif était de mettre en place une
filière semencière économiquement autonome a eu des effets positifs. Toutefois, cette structure n’a
pas perduré dans le temps, car elle était basée sur la subvention des semences, ce qui la conduisait à
la faillite. En Haïti, un système formel de semences n’existe presque pas, hormis pour certaines
cultures maraîchères (carottes, choux) dont la production des graines reste quasi-impossible dans le
pays. En effet, 98 % des semences utilisées dans le pays proviennent du secteur informel, surtout
avec la conservation d’une partie récoltes par les paysans dans des conditions généralement non
appropriées (SSSA Haïti, 2010). Le secteur qui pourrait se dire formel, concerne des Groupements
de Producteurs Artisanaux de Semences (GPAS), les semences provenant de dons des pays amis et
distribuées par le Ministère de l’Agriculture des Ressources Naturelles et du Développement Rural
(MARNDR) ou les ONGs.

24
3 Matériels et méthodes
3.1 Cadre biophysique de l’étude

Dans le cadre de ce travail, la commune des Cayes Jacmel située dans le département du sud-est
d’Haïti a été retenue. Cette zone a été retenue parce que : elle présente une configuration
géographique courante en Haïti (haut et bas) ; elle n’est pas très loin de la capitale (Port-au-Prince),
ce qui facilite les déplacements, car le temps de prospection et les moyens disponibles ont été
limités ; elle disposait des parcelles en association maïs-haricot en cours au moment de la
prospection. Cayes Jacmel a une superficie d’environ 79 km2. Cette commune est à environ 10 km
de Jacmel, la plus grande ville et également chef-lieu du département. Cayes Jacmel présente deux
zones agro-climatiques. La première correspond au haut des Cayes Jacmel. Elle est constituée des
sections communales Haut Cap-Rouge et Michinnau dont la superficie respective est de 14,6 et 21
km2 (Institut Haïtien de Statistique et d'Informatique (IHSI), 2015). Cette partie de la commune est
dotée d’une température de montagne, fraîche. Elle est plus traditionnelle en termes de mode vie et
d’agriculture. La deuxième zone agro-climatique correspond au bas des Cayes Jacmel. Elle est
constituée des sections communales de Ravine Normande et de Gaillard dont la superficie
respective est de 16,5 et 26,7 km2. Dans cette partie, il y a une température de plaine et donc plus
chaude. C’est dans cette partie que se trouve le centre de la commune (bourg). Cette zone est
également la plus proche de Jacmel, la grande ville du département. Elle subit donc l’influence de
cette ville en termes d’organisation et mode de vie.

En 2015, cette commune disposait de 8 663 ménages pour une population totale de 40 348
habitants, soit 511 habitants par km2 (IHSI, 2015). Sur le plan agricole, il y a 5 499 exploitations
agricoles. Le nombre moyen de parcelles par exploitation est 2,1, alors que la superficie moyenne
des parcelles vaut 0,31 carreau, soit 0,4 ha. Il faut noter que 73 % des parcelles sont exploitées en
association de cultures, 6,5% en monoculture et 16,9% en culture pérennes (RGA, 2009).

3.2 Climat des Cayes Jacmel

Le climat à Cayes Jacmel est typique du climat tropical dans sa partie basse. En haute altitude la
température est plus fraiche, alors que la pluviométrie est plus abondante. Cependant, les données
climatiques pouvant attester de cette différence entre le haut et le bas, n’ont pas été disponibles au
moment de cette étude. Conséquemment, des données climatiques générales sur la commune sont
présentées ci-dessous (Figure 4). La pluviométrie moyenne annuelle à Cayes Jacmel est de 1400
mm. Les mois les plus pluvieux sont avril, mai, septembre octobre alors que les plus secs sont
décembre, janvier et février. La température ne varie pratiquement pas et vaut en moyenne 29 °C.

25
 Figure 4-Diagramme ombrothermique des Cayes Jacmel

3.3 Stratégie d’échantillonnage

3.3.1 Visite exploratoire et planification des enquêtes

La commune des Cayes Jacmel est formée de 4 sections communales, dont 2 dans chacune des
zones agro climatiques (Haut et Bas Cayes Jacmel). Le nom et la zone climatique d’appartenance
de chacune de ces sections sont présentés dans le dispositif hiérarchisé de notre zone d’étude
(Figure 5)

Figure 5-Dispositif hiérarchisé de la zone sous étude

Avant de commencer avec les enquêtes et le prélèvement des échantillons de feuilles, une visite
exploratoire a été organisée. Cette visite a été l’occasion de faire connaissance avec le milieu et
d’observer la situation agricole présente dans chacune des quatre sections communales : Ravine-
Normande, Gaillard, Haut Cap-Rouge et Michinnau (Figure 6). Pendant les visites, des rencontres
ont été également organisées avec le chef du Conseil de l’Assemblée de la Section Communale
(CASEC) afin de présenter le projet d’étude ainsi que le travail à réaliser dans leur section. Des

26
informations de l’organisation de la section sur le plan agricole (particulièrement l’association
maïs-Haricot) ; sur le nombre, la distribution des localités / habitations et leur importance agricole
dans chaque section nous ont été fournies par les CASECs. L’identification des exploitations
prestigieuses (Grandons) a été également faite par ces derniers. Les discussions avec les CASECs
ont été également portées sur la signature du document de consentement éclairé et de l’organisation
d’une rencontre de retour post étude avec les agriculteurs enquêtés.

Un total de trente (30) exploitations agricoles dont 15 en Haut et 15 en Bas Cayes Jacmel a été
retenu pour mener cette étude. Grâce aux informations fournies par les CASECs et les observations
qui ont été faites pendant la visite exploratoire, le nombre d’exploitations retenu par section
communale a été la suivante : 9 exploitations dans la première section (Ravine Normandes), 6 dans
la deuxième (Gaillard), 8 dans la troisième (Haut Cap-Rouge) et 7 dans la quatrième (Michinnau).
Les Grandons ont été préalablement identifiés par les CASECs avant les enquêtes, alors que toutes
les autres exploitations ont été choisies au hasard en arrivant dans la localité. Les localités et le
nombre d’exploitations ont été choisis de manière à avoir une bonne représentation de chaque
section communale. De ce fait, une seule exploitation agricole a été retenue par localité, sauf pour
Tavette (1ere section), Clemince et Vergeon (3eme section) où deux (2) exploitations ont été
entretenues par rapport à leur importance. Les exploitations agricoles échantillonnées ont été
reparties suivant un ratio de 1/3 de Grandons et 2/3 d’exploitations moins pourvues en terres
respectivement en haut et en bas. Ainsi, 10 Grandons ont été retenus dont 5 en haut et 5 en bas. Ils
sont ainsi répartis : 4 dans la première section et 1 dans la deuxième en bas; 3 dans la troisième
section et 2 dans la quatrième pour le haut. La carte ci-dessous (Figure 6) montre la distribution des
exploitations à travers les 4 sections communales de la commune des Cayes Jacmel (Données
supplémentaires : Annexe 1).

Figure 6-Carte de la distribution des exploitations agricoles retenues et enquêtées

27
3.4 Données collectées
3.4.1 Enquêtes

Les exploitations retenues ont fait l’objet d’une enquête réalisée en créole haïtien et menée
conjointement par Jean Christin Henry et moi-même à l’aide d’un formulaire préalablement élaboré
dans le cadre du projet ARCAD (source Monique DEU) et testé (pour ajustement et évaluation du
temps nécessaire) avec un agriculteur de la zone d’étude (Annexe 2). Ce formulaire a été inspiré
d’un formulaire d’enquête développé dans le cadre du projet ARCAD (étude de la diversité en
Afrique de l’Ouest, source Monique Deu) et adapté pour les besoins de l’étude. Globalement, les
entretiens ont porté sur la description de l’exploitation agricole, la diversité cultivée en associations
avec le duo maïs-haricot, l’approvisionnement en semences de maïs et haricot. Les enquêtes ont été
menées exclusivement avec le chef des exploitations et ont porté sur les pratiques de gestion des
semences au niveau de l’exploitation, les espèces cultivées, les types d’associations, les modes de
conservation des semences, les modalités de récoltes et l’usage des produits récoltés. Chaque
enquête a été systématiquement suivie d’un Géo-positionnement par satellite (GPS) de
l’exploitation (carte ci-dessus), de prélèvements d’échantillons de feuilles de haricot et des photos
de la parcelle de l’agriculteur.

3.4.2 Prélèvement d’échantillons de feuilles

Les échantillons de feuilles ont été prélevés en suivant un transect le long de la parcelle. Ils ont
ensuite été mis à dessiccation et conservation à l’abri de l’humidité, dans la zéolithe. Ainsi, 0,25
gramme de feuille environ a été introduit dans un sachet zip plastique transparent contenant 7,5
grammes de zéolithe. Pour une exploitation ayant plusieurs parcelles d’une même variété de haricot
ou une seule, les échantillons ont été prélevés dans celle de plus grande taille et préférentiellement
en association haricot-maïs. Cependant, quand plusieurs variétés sont cultivées sur des parcelles
distinctes, les prélèvements ont été faits dans chacune d’entre elles. Dans ce cas, le nom de la
variété sert de référence à la parcelle. Pour Bas Cayes Jacmel, 7 échantillons de feuilles de haricot
ont été prélevés par exploitation agricole, sauf pour 2 agriculteurs où plus d’une variété a été
déclarée. En haut, plusieurs variétés cultivées dans des parcelles distinctes ont été déclarées par les
agriculteurs. Dans ce cas, au moins 4 échantillons de feuilles de haricot ont été prélevés pour
chaque variété en raison de conditionnement limité. Ainsi, un total de 287 échantillons de feuilles
(287 plantes) d’haricot a été collecté sur l’ensemble des 4 sections communales.

3.5 Documents de consentement

Un accord de consentement éclairé (Annexe 3) a été élaboré et validé avec les CASECs. Ce
document est une forme d’autorisation pour mener les enquêtes et le prélèvement du matériel

28
biologique (feuilles) dans les parcelles des agriculteurs. Il aurait dû être signé par les agriculteurs
eux-mêmes, mais pour des raisons socioculturelles, il a été préférable de les faire signer par les
CASECs. D’un autre côté, un Accord Type de Transfert de Matériel (ATTM) a également été mis
en place entre le ministère de l’agriculture Haïtien et SupAgro / INRA (version électronique). Ce
dernier sert à assurer la traçabilité du travail effectué et protéger les savoirs locaux des producteurs
haïtiens sollicités par cette étude.

3.6 Analyses des données

3.6.1 Données d’enquêtes

Une base de données a été mise en place sur Excel pour dépouiller les informations recueillies lors
des entretiens. Sur ces données, différentes analyses descriptives (moyenne, écart-type) ont été
faites. De plus, des analyses de variance (ANOVA) ont été faites pour vérifier la significativité des
différences de moyenne observées. Pour la taille des exploitations (mesurée carreau), un modèle
linéaire simple (modèle 1) a été utilisé, alors que pour le nombre de variétés déclarées par les
agriculteurs, c’est un modèle linéaire généralisé (modèle 2) qui a été appliqué. Les logiciels Excel
(2010) et RStudio (version 3.2.3) ont été utilisés pour le traitement de ces données.

Modèle 1

, avec :

: La taille de chaque catégorie d’exploitation agricole en carreau (1 carreau= 1,29 ha)

: La moyenne générale ; l’effet de chaque catégorie d’exploitation ; le terme d’erreur

~ N (0, ) iid

Modèle 2

, avec :

: Le nombre de variétés de haricot de la catégorie des exploitations i dans la zone climatique j

: La moyenne générale; : L’effet de la catégorie d’exploitation i pris dans le groupe j

: L’effet de la zone climatique j ; : L’erreur individuelle liée à chaque individu de la catégorie
d’exploitation i dans la zone climatique j

29
3.6.2 Données moléculaires

3.6.2.1 Extraction d’ADN génomique et génotypage microsatellite

Les échantillons de feuille prélevés et séchés ont été l’objet d’une extraction d’ADN. Cette
opération n’a pas été faite par moi-même, mais par le personnel du laboratoire de biologie
moléculaire de SupAgro-INRA et un stagiaire en M1 (Neldy Bernard). En effet, pour chacun des
individus ayant été collectés, un code a été attribué pour faciliter les expériences conduites au
laboratoire. Pour chaque échantillon, 25 à 35 mg de feuilles pesées à l’aide d’une balance
analytique (METTLER AE 260 DR) ont été introduits dans un tube de 2 ml contenant une bille en
céramique. Les feuilles ont ensuite été refroidies dans l’azote liquide (-196°C) avant d’être broyées.
L’extraction de l’ADN proprement dite a été faite en utilisant le protocole d’extraction PEX-EXT-
002n du laboratoire mentionné ci-dessus. Un total de 18 marqueurs microsatellites a été sélectionné
en se basant sur un précédent rapport (Ramy et al. Pers.comm.) produit dans le cadre du projet
Generation Challenge Program qui a analysé un jeu de données de référence représentatif de la
diversité mondial du haricot (Core collection du CIAT). Ces marqueurs sont une partie de ceux
utilisés dans l’étude de Blair et al. (2009) portant sur la diversité génétique du haricot. En plus du
génotypage des 287 échantillons de feuilles prélevées pour cette étude, 8 échantillons d’ADN de
référence ont été génotypés et ont servi pour le calibrage des allèles. L’ADN de chacun des
individus a été dilué avant la réalisation des PCRs dans une proportion 1/10 correspondant à 1µl
d’ADN pour 9 µl d’eau. Le mélange réactionnel contenait approximativement 20 ng d’ADN
génomique, 200 µM de dNTP, 2 mM de MgCl2, 0,4 pmol de l’amorce M13, 4 pmol d’une amorce
non marquée et d’une queue fluo, 0.5 unité de la Taq polymérase (Taq2.5U) et 12.625 µL d’eau. Le
volume total du mélange réactionnel a été de 20 µL pour chaque échantillon, mais seulement 18µL
ont été distribués pour la Réaction en Chaine par polymérase (PCR). Les conditions de PCRs ont
été les suivantes : 4 minutes à 94 °C et 8 cycles de 45 secondes à 94 °C ; 8 cycles de 1 minute à 50
°C (BM139, BM149, BM172, BM175, BM201, BM205, BMd02), 52 °C (AG01, BM156, BM160,
BM183, BM187, BM200 ), 55 °C (GATS91) suivi de 8 cycles de 1 minute à 72 °C ; 28 cycles de
45 secondes à 94 °C suivi de 28 cycles de 1 minute à 51 °C et 28 cycles de 1 minute à 72 °C ; 30
minutes à 72 °C. Les fragments ont été stockés à 14 °C. Ils ont été duplexés en fonction de la
variation de leur taille et analysés au séquenceur (Applied Biosystems 3500). Le logiciel
GeneMapper (version 5) a été utilisé pour déterminer le génotype de chaque individu à chaque
marqueur.

30
 Tableau 1:Caractéristiques des 18 marqueurs utilisés

3.6.2.2 Nettoyage et filtrage

Avant de procéder aux analyses génétiques des données de génotypage, un nettoyage a été fait.
Cette opération a permis d’homogénéiser les notations des allèles présents et manquants. Ensuite,
un filtre basé sur un seuil de données manquantes a été appliqué aux marqueurs et aux individus.
Les seuils de données manquantes acceptables ont été fixés respectivement à 30% pour les
marqueurs et de 20% pour les individus. Ce seuil est relativement important, mais le choix a été fait
pour garder un jeu de données suffisamment grand, étant donné le manque de temps. En ce
moment, certains marqueurs n’ont pas pu être amplifiés, alors que les individus avec beaucoup de
données manquantes n’ont pas encore pu être repassés pour des raisons techniques. Enfin, un
deuxième filtre se basant sur le niveau de polymorphisme a été appliqué aux marqueurs. Ce dernier
a permis d’éliminer les marqueurs monomorphes.

3.6.2.3 Analyse de la diversité génétique

L’ensemble des analyses sur les données génétiques a été réalisé sous le logiciel R (RStudio,
version 3.2.3).

3.6.2.3.1 Richesse allélique

La richesse allélique appelée encore taux allélisme est le nombre moyen d’allèles par locus (Fouley
et Olivier, 2006). Il s’agit d’un paramètre de diversité important, notamment pour la conservation
de la diversité génétique. Il a été souvent utilisé dans la gestion des collectes et des banques de

semences. Il est défini pour ni allèles au locus i et pour L loci par la formule :

Dans cette étude, les échantillons sont déséquilibrés. Le calcul de la richesse allélique a été fait en
utilisant la méthode de raréfaction de Petit et al. (1998) pour tenir compte de ce déséquilibre. La
fonction permettant son calcul a été implantée dans le logiciel R dans le package hierfstat (Goudet,
2006). La richesse allélique est notée Ar, le nombre d’allèles différents trouvés quand on a r gènes

31
et un échantillon de taille spécifiée au locus en question, si un total de N gènes (N>r) est examiné à
ce locus, la richesse allélique (nombre différents d'allèles attendus) dans un échantillon de gènes

peut être obtenu par la formule suivante : )]

Avec Ni le nombre d’occurrences de ieme allèle parmi N gènes échantillonnés.

3.6.2.3.2 Indice de diversité de Nei

L’indice de diversité génétique (HS) fourni une bonne estimation de la variabilité génétique de la
population. Il est déterminé à l’aide des fréquences alléliques et l’hétérozygotie observée (Ho) avec
laquelle elle est proche sous l’équilibre de Hardy-Weinberg. Pour n marqueurs avec k allèles de
fréquence pi, la diversité génétique (HS) est calculée suivant la formule décrit par Nei et Chesser

(1983) à partir du package hierfstat du logiciel R (Goudet, 2006):

Le test de Wilcoxon été utilisé pour tester les différences observés entre les indices de diversité
génétique pour chaque facteur considéré.

3.6.2.3.3 Analyses des génotypes multi locus (MLG)

L’analyse de génotypes multi locus permet de comprendre l’histoire d’autopollinisation des

populations. Cette analyse est très précieuse pour déterminer le mode de propagation chez les
espèces à reproduction clonale. Un génotype multi locus (MLG) est une combinaison unique
d'allèles à travers deux locus ou plus. Sa détermination est basée sur la matrice de dissimilarité
discrète utilisée par l'indice d'association (Agapow & Burt, 2001). Il s’agit d’une distance qui
reflète le nombre de différences alléliques entre deux individus à chaque locus. Dans cette étude, le
package POPPR implémenté sur le logiciel R a été utilisé pour déterminer les MLGs à tous les
niveaux des facteurs considérés.

3.6.2.4 Régime de reproduction

3.6.2.4.1 Analyses de l’hétérozygotie multi locus (MLH)

L’analyse de l’hétérozygotie multi locus permet de déterminer le nombre de locus hétérozygotes

par individu. La détermination de l’hétérozygotie multi locus (MLH) a été faite en utilisant le
package InbreedR implémenté dans le logiciel R (Stoffel et al, 2016) suivant la démarche de
Coltman et al. (1999).

3.6.2.4.2 Indice de fixation et taux d’autofécondation

32
L’indice de fixation FIS déterminant l’écart à l’équilibre de Hardy-Weinberg à l’intérieur des sous-
populations, c’est-à-dire, la différenciation entre les individus à l’intérieur de chaque sous-
population a été calculé. Il a été déterminé suivant cette formule à partir du package hierfstat du

logiciel R (Goudet, 2006) : FIS = = 1-

Le taux d’autofécondation (s) a été calculé à partir du FIS selon la formule suivante :

3.6.2.5 Etude de la différenciation et de la structuration

3.6.2.5.1 Indice de différenciation FST

L’indice de différenciation (FST) a été calculé suivant la formule décrit par Nei en prenant en
compte le dispositif hiérarchisé de la zone d’étude décrite plus haut. Il est déterminé en fonction
des paramètres HS et HT. Le package hierfstat du logiciel R (Goudet, 2006) a été utilisé pour ces

calculs selon cette formule : FST=

3.6.2.6 Analyse de la structuration des populations

3.6.2.6.1 Arbre de distance génétique

La distance génétique entre 2 individus est le nombre de loci pour lequel ils diffèrent. Si L est le
nombre de locus, la variance associée est de formule d(L-d)/L. Le package APE (Analyses of
Phylogenetics and Evolution) qui est implémenté dans le logiciel R a été utilisé pour déterminer la
matrice de distance entre les individus et les représenter sous forme d’arbre (Paradis et al, 2004).
Le neighbor-joining décrit par Saitou et Nei (1987) a été utilisé comme méthode d’agrégation.

3.6.2.6.2 Analyse Discriminante en Composantes Principales (DACP)

Parmi les méthodes utilisées pour étudier la structuration génétique des populations. J’ai choisi
d’utiliser l’Analyse Discriminante des Composantes Principales (DACP). Celle-ci a été mise en
œuvre et implémentée comme fonction sur R dans le package adegenet par Jombart (2008). Il s’agit
d’une méthode multivariée d’analyse de structure de données, moléculaires ou non. Cette méthode
d’analyse multivariée présente beaucoup d’avantage. Elle n’est pas tributaire d’hypothèses
génétiques a priori (comme l’équilibre de Hardy-Weinberg ou autres). Le temps d’analyse est
relativement court par rapport aux autres méthodes Bayésiennes. En outre, la DACP bénéficie du
double avantage de l’analyse en composante principale (ACP) et de l’analyse discriminante (DA).
A savoir que la première transforme le nombre d’allèles en nombre normalement plus petit de
composantes principales, alors que la seconde définit les axes qui discriminent le plus les groupes
en maximisant la variance entre groupe tout en diminuant celle intra groupe.

33
Un seuil de 0,7 a été fixé pour l’assignation des individus aux groupes. Pour chaque valeur de k, le
nombre d’individus assignés à chaque groupe a été récupéré pour visualiser le niveau d’implication
de chacune des zones climatiques.

3.6.2.6.3 Représentation des MLGs

Les génotypes multi locus ont été projetés sous forme de Minimum Spanning Tree (MSN) (Kamvar
et al. 2014). Seuls les facteurs zone (haut et bas) et variétés ont été représentés.

34
4 Résultats

4.1 Résultats des données d’enquête

L’analyse des données d’enquête a permis de mettre en évidence des éléments de différenciation
entre les deux zones agro climatiques (haut et bas des Cayes Jacmel), de comprendre l’organisation
des exploitations agricoles, de connaitre la distribution de la richesse variétale du haricot dans la
commune, de mettre à jour les sources d’approvisionnement en semences prioritaires pour chacune
des deux zones climatiques.

4.1.1 Facteurs de différenciation entre le haut et le bas des Cayes Jacmel

Avant de procéder aux différents calculs et comparaison sur les 2 zones climatiques, nous avons
regardé en quoi étaient-elles différentes en dehors de l'altitude. Nos résultats d’enquête ont montré
2 autres points sur lesquels le haut et le bas des Cayes Jacmel diffèrent : le nombre de saisons
réalisées par les agriculteurs et les espèces cultivées. Par rapport au nombre de saisons de
production du haricot par année, les agriculteurs du haut en réalisent davantage que ceux du bas. En
moyenne, il y a 1,8 saison de production du haricot par agriculteur en bas contre 2.2 pour ceux du
haut chaque année (p-valeur=0,004).

Si le nombre d'espèces différentes habituellement cultivées en haut et en bas sont proches

(respectivement de 15 et 16 hors maïs et haricot), les espèces ne sont pas toujours les mêmes. Les
espèces telles que carotte, choux, cresson, taro et gingembre ne sont cultivées que dans la partie
haute, alors que le haricot de Lima, le niébé, l'arachide, le gombo ne sont évoqués que par les
agriculteurs du bas (Tableau 2).

Tableau 2-Présentation des espèces cultivées en association avec le haricot, haut et bas des
Cayes Jacmel

Espèces cultivées en haut Espèces communes aux deux zones Espèces cultivées en bas
Carotte, choux, cresson, Banane, canne-à-sucre, giraumont, haricot de Lima, niébé
taro, gingembre igname, manioc, melon, patate, arachide, gombo, tomate
piment, pois d’Angole, maïs

4.1.2 Taille des catégories d’exploitation

Une analyse de variance a été faite sur la taille des catégories d’exploitation (Grandons et Moins
pourvues) dans le but de voir si elles formaient 2 groupes distincts et valider le niveau de
connaissance globale des CASECs sur leur section. Ce test a révélé que les 2 catégories
d’exploitations sont significativement différentes quel que soit la zone agro climatique considérée

35
(p-valeur vaut 0.000 en bas et 0.005 en haut). Ainsi, les hypothèses et les analyses portées sur les
catégories d’exploitation ont du sens. Il faut noter que d’une zone agro climatique à l’autre, la taille
des catégories d’exploitations ne varie pas. Les Grandons du haut ont en moyenne 1,5 carreau de
terre contre 1,4 pour ceux du bas (p-valeur= 0.873). Chez les moins pourvues, les agriculteurs du
bas ont en moyenne 0,52 carreau de terre contre 0,46 carreau pour ceux du haut (p-valeur=0.500).
Une représentation graphique a été réalisée pour visualiser la différence entre les catégories
d’exploitation (Figure 7).

Figure 7-Variation de la taille des exploitations par zone climatique et catégories

4.1.3 Organisation des exploitations agricoles

Les informations recueillies lors des enquêtes ont permis de mettre en évidence l’organisation des
exploitations agricoles au niveau des Cayes Jacmel. En effet, 87% des chefs d'exploitation dans la
commune des Cayes Jacmel sont des hommes. L'âge moyen des agriculteurs est de 54 ans, avec
une grande variation allant de 24 à 76 ans. Soixante-trois pourcents (63%) d’agriculteurs sont
membres d'association de planteurs et de développement, mais seulement 25% d’entre eux ont
l'habitude de recevoir des semences en provenance de l'état haïtien ou des ONGs. Les femmes des
chefs d’exploitations quant à elles, s'occupent principalement de l'achat des semences et de la vente
des produits de récoltes. Toutes les exploitations agricoles consultées ont l'habitude de vendre le
haricot après l'avoir séché. Toutefois, 33,3% d'entre elles vendent également au champ.

4.1.4 Richesse variétale du haricot à Cayes Jacmel

La comparaison des 2 zones climatiques des Cayes Jacmel a été aussi faite par à la richesse
variétale du haricot présente au niveau de celles-ci. Nos résultats d’enquête ont indiqué que le
nombre de variétés de haricots déclarés (cultivés) par les agriculteurs est significativement moins
important dans la partie basse des Cayes Jacmel. Les agriculteurs du bas ont déclarés 1,2 variété
contre 3,0 pour ceux du haut (p-valeur= 0.0005). Parmi les 15 agriculteurs enquêtés dans la partie
basse de la commune, 13, soit plus de 86% cultivent une seule variété de haricot. Les deux autres
agriculteurs cultivent respectivement chacun 2 et 3 variétés. Par contre, en haute altitude, aucun

36
agriculteur ne cultive une seule variété. Plus de 73%, soit 11 des 15 agriculteurs entretenus dans
cette zone agro climatique en cultivent 3 variétés. La proportion d'agriculteurs cultivant
respectivement 2 et 4 variétés est de 13%, soit 2 agriculteurs dans chacun des cas. Le nombre de
variétés déclarées varie significativement avec les sections communales (p-valeur=0,004). La
section de Michinnau est la plus riche avec en moyenne 3,3 variétés par agriculteur. Les deux
sections du bas, Ravine Normande et Gaillard, sont les plus pauvres avec respectivement 1,0 et 1,5
variétés par agriculteur. D'un autre côté, nos données ont montré que la taille de l'exploitation n'a
aucun effet sur le nombre de variétés déclarées par les agriculteurs (p-valeur= 1) (Tableau 3).

Tableau 3: Présentation du nombre de variétés de haricot déclaré par zone climatique, par
section communale et par catégorie d'exploitation

Zone agro climatique Section communale Catégorie d’exploitation

Haut 3,0 ± 0,5 a Michinnau 3,3 ± 0,5 a Grandon 2,1 ± 1,3 a
Bas 1,2 ± 0,5 b CAP_Rouge 2,7 ± 0,5 b Moins_pourvus 2,1 ± 0,1 a
Gaillard 1,5 ± 0,8 c
R_Normande 1,0 ± 0,0 d
Les moyennes ± l’écart-type accompagnées d’une même lettre ne sont pas significativement
différentes au seuil de 5% de probabilité.

4.1.4.1 Dénomination des variétés déclarées et leur représentativité à Cayes Jacmel

Une analyse portée sur les noms des variétés de haricot déclarées a été faite afin de déterminer
celles qui sont spécifiques ou communes aux 2 zones climatiques. Ainsi, nos données d'enquête ont
indiqué que 8 dénominations correspondant à des variétés de haricot étaient présentes dans les
parcelles des agriculteurs lors de la prospection Cayes Jacmel. Ces variétés portent des noms liés au
créole haïtien basés entre autres sur la couleur et la grosseur des graines ou le port de la plante. Ce
sont donc Alizaine, Beurre, Lianne, Rouge, Sinistré, Tamazolapa, Gros pois et Timina. Il faut
signaler que parmi les 30 agriculteurs enquêtés, l’un d’entre eux avait indiqué que les variétés
dénommées Lianne et Rouges étaient identiques. Parmi ces 8 variétés, 3 sont spécifiques du haut
des Cayes Jacmel (Lianne, Sinistré, Tamazolapa). Les 5 autres variétés sont communes aux 2
zones. Aucune variété déclarée n’est spécifique du bas. Certains éléments caractéristiques de
chaque variété ont été également fournis par les agriculteurs. Ils concernent la couleur, la forme et
la grosseur de la graine, la couleur de la tige (Tableau 4).

Tableau 4: Eléments caractéristiques des variétés déclarées

Variétés couleur graine Taille graine Forme graine couleur de la tige

Timina Noire Petite Allongée Pas de
caractéristiques
particulières
Tamazolapa Noire Petite Arrondie Pas de
caractéristiques
particulières
Alizaine Noire Petite Allongée Coloré en mauve

37
Gros pois Noire Grosse Allongée Pas de
caractéristiques
particulières
Beurre Or ou jaune Petite Allongée Pas de
caractéristiques
particulières
Lianne Rouge Grosse Allongée Pas de
caractéristiques
particulières
Rouge Rouge Grosse allongée Pas de
caractéristiques
particulières
Sinistré Rayure sur graine moyenne Allongée Pas de
caractéristiques
particulières

En basse altitude, la variété Timina est la plus représentée. En effet, 11 sur 15, soit plus de 73% des
agriculteurs entretenus ont déclaré cette variété. En haute altitude, ce sont les variétés Rouge et
Beurre qui dominent le classement avec respectivement 8 et 12 agriculteurs qui les ont déclarés
(Figure 8). La variété Timina est aussi bien représentée dans la partie haute avec 7 agriculteurs. La
variété Sinistré a été déclarée uniquement par les 7 agriculteurs enquêtés dans la section de
Michinnau, alors que la variété Tamazolapa a été déclarée par un seul agriculteur dans la section de
Haut Cap Rouge.

Figure 8-Dénomination des variétés de haricot et leur importance par zone agro écologique

38
4.1.5 Provenance de semences de haricot utilisé par les agriculteurs

La comparaison des 2 zones agro climatiques des Cayes Jacmel a été portée également sur l’origine
des semences de haricot utilisées par les agriculteurs. Nos résultats d’enquête indiquent 2
principales sources d’approvisionnement en semences de haricot dans la commune : achat et
ancienne récolte. En basse altitude, l’achat reste la principale source des semences de haricot.
Cependant, dans la partie haute, l’occurrence des provenances est également partagée entre l’achat
et l’usage d’une partie de l’ancienne récolte (Figure 9).

Figure 9-Importance des sources d'approvisionnement en semence de haricot selon les zones
agro écologiques

En basse altitude, les semences de haricot proviennent de l’achat, sauf pour la variété dénommée
Rouge qui a été déclarée par un seul agriculteur. Le marché des Cayes Jacmel (marché principal de
la commune) est le plus important lieu d'achat pour les agriculteurs. En effet, 14 sur 15 (plus de
90%) des agriculteurs entretenus dans cette zone agro écologique ont acheté leurs semences de
haricot dans ce marché. Bien que le lieu d’achat des semences est le même, ces semences arrivent
de partout, notamment de la plaine de Léogane (Ouest Haïti) et d’Anse-à-pitres, zone frontalière à
la République Dominicaine. En haute altitude, l’origine des semences diverge selon les variétés.
Pour la variété de haricot Rouge, l'utilisation des semences provenant d'ancienne récolte est plus
importante, alors que c'est le contraire dans le cas des variétés Alizaine et Sinistré. Sur les 8
agriculteurs produisant la variété Rouge, 87.5%, soient 7, utilisent des semences provenant de leur
ancienne récolte. Parmi les 12 agriculteurs déclarant le haricot Beurre, 6 (50 %) ont utilisés des
semences provenant de leur ancienne récolte. La

Figure 10 montre visuellement l’origine des semences de chaque variété de haricot semé dans la
partie haute des Cayes Jacmel.

39
Figure 10-Importance des sources de semences par variété déclarée en haut

En haute altitude, l'achat des semences se fait pratiquement dans des marchés de section
communale ou de localité (habitation), sauf dans 2 cas où l'achat a été fait au marché communal
(plus de 5 km). Les marchés de section communale se trouvent la plupart du temps à environ un
kilomètre de l'exploitation agricole. Le plus souvent, l'approvisionneur n'a aucun lien avec le
vendeur, même si dans certains cas, ils sont voisins ou habitent la même section communale.

4.1.6 Pratiques de conservation des semences de haricot à Cayes Jacmel

Dans les pratiques de gestions des semences, une attention a été portée également sur la
conservation des semences par les agriculteurs dans les 2 zones climatiques des Cayes Jacmel. Nos
enquêtes ont révélé deux modes opposés de gestion de semences au niveau des deux zones agro
écologiques de la commune. En effet, dans la partie basse de la commune, les agriculteurs ne
conservent pas une partie de récolte du haricot comme semences pour la prochaine saison de
culture. Cependant, dans le cas du maïs presque tous les agriculteurs ont l'habitude de réserver une
partie des récoltes comme semence pour la prochaine saison de culture. En haute altitude, la
conservation d'une partie des récoltes comme semences est la norme, que ce soit pour le maïs ou le
haricot et quel que soit la catégorie d’exploitation (Grandon ou moins pourvue). Dans le cas du

40
haricot, le choix des gousses (semences) se fait généralement après récolte. Ainsi, la récolte d'une
même variété issue de deux parcelles différentes est mélangée avant le choix des semences pour la
prochaine saison de culture. Le haricot est généralement conservé en grain dans des sacs, alors que
ce sont des épis de maïs qui sont gardés sur des arbres. Certains agriculteurs conservent les graines
de haricot avec de la paille issue du battage des gousses, d'autres ajoutent des cendres de bois, du
pesticide, des graines de café ou de ricin pour lutter contre les attaques d'insectes et d'autres
microorganismes. Souvent, le stock qui est réservé à la consommation est le même que pour les
semences. Aucun agriculteur ne conserve des semences jusqu'à deux ans. Quelques jours avant le
semis, un tri des graines est réalisé.

4.2 Résultats de données moléculaires

Pour les analyses moléculaires, 12 marqueurs microsatellites ont été utilisés pour génotyper 221
plantes de haricot après filtrage. Les résultats présentés à ce niveau fait état de l’analyse globale de
la diversité génétique à Cayes Jacmel, d’une analyse de diversité génétique par niveau de facteurs,
de l’étude de la différenciation, de la structuration, et du régime de reproduction. Les facteurs
considérés ont été : zones climatiques (Haut et Bas), sections communales (2 en bas et 2 en haut),
les catégories d’exploitation (Grandon et Moins pourvues) et les variétés de haricot ayant été
déclarées par les agriculteurs.

4.2.1 Diversité génétique du haricot à Cayes Jacmel

4.2.1.1 Diversité génétique globale

En raison du filtrage qui a été réalisé sur les données moléculaires, seulement 12 parmi les 18
marqueurs microsatellites ayant été sélectionnés pour cette étude, ont été retenus dans les analyses
génétiques. De même, sur les 287 individus (plantes) échantillonnés, 221 (72 en bas et 149 en haut)
ont été prises en compte dans les analyses génétiques subséquentes. Un test du Khi-deux a montré
que pour chacun des facteurs étudiés la proportion d’individus échantillonnés par niveau de facteur
après le filtre n’est pas statiquement différente de la proportion initiale. Ce test a été fait pour
chaque niveau de facteurs considérés dans cette étude (zone climatique, section communale,
catégorie d’exploitation et variété de haricot) et a montré qu’il n’y a pas de biais d’échantillonnage
(résultats non-présentées dans le rapport).

Dans les analyses globales de la diversité génétique du haricot à Cayes Jacmel, le nombre moyen
d’allèles, l’hétérozygotie observée (Ho) et le contenu d’informations de polymorphisme (PIC) ont
été prises en compte. Un total de 107 allèles a été détecté avec les 12 marqueurs microsatellites
utilisés pour le génotypage des 221 individus. Le nombre moyen d’allèles par marqueur
microsatellite a été de 9. Le nombre d’allèles le plus élevé a été de 26 (BM200), alors que le

41
nombre le plus faible a été de 2 (BM160). L’hétérozygotie observée (Ho) a été en moyenne 0.03.
Le plus haut niveau de Ho a été de 0.13 (BM200) et le plus faible a été de 0 (BMd02). Le PIC
moyen a été à 0.56. Le plus haut niveau de PIC a été estimé de 0.87. Il a été obtenu avec le
marqueur BM137. Le plus faible niveau de PIC a été de 0.08. Il a été obtenu avec le marqueur
BMd02 estimé à (Annexe 4).

4.2.1.2 Diversité génétique du haricot à Cayes Jacmel par niveau de facteur

Les indices de diversité génétique (Ar, Ho, Hs) ont été calculés à tous les niveaux hiérarchiques
étudiés dans cette étude (zone climatique, section communale, catégorie d’exploitation), mais aussi
pour les variétés de haricot ayant été déclarées. Une comparaison de ces indices a été également
faite pour tous les niveaux de chaque facteur. Ainsi, pour le premier niveau hiérarchique, les zones
climatiques (Haut et Bas des Cayes Jacmel), la richesse allélique moyenne (Ar) a été de 5,62 et
6,19 respectivement dans la partie basse et haute de la commune et ne présente pas de différence
statistique (p-valeur = 0,75). L’hétérozygotie observée (Ho) est identique dans les deux zones
(0.03). La diversité génétique (Hs) vaut 0 ,54 en bas contre 0,56 en Haut et ne présente aucune
différence statistique (p-valeur = 0,721). D’autres analyses ont permis de mettre en évidence le
nombre d’individus MLGs (Génotypes multi locus) dans chacune des zones climatiques. Ces
résultats ont été présentés dans le Tableau 5 avec les indices de diversité. Les statistiques telles que
la diversité génétique de Nei (Hs a été de 0,54 en haut et 0,55 en bas et identiques avec celles
obtenues avec hierfstat), l’indice de diversité de Shannon-Weaver, l’indice de Simpson ont été
également calculées avec les MLGs (Annexe 5).

Tableau 5:Diversité génétique calculées par zone climatique selon plusieurs indices : le
nombre de génotypes multi-locus (MLG), la richesse allélique (Ar), la diversité observée (Ho)
et la diversité attendue sous l’hypothèse d’Hardy-Weinberg (Hs)

Zone Nombre d'individus MLG Ar Ho Hs

Bas 72 65 5.62 ± 4.21 0.03 ± 0.03 0.54 ± 0.3
Haut 149 145 6.19 ± 4.16 0.03 ± 0.05 0.56 ± 0.31

Au niveau des sections communales, la richesse allélique, l’hétérozygotie observée et la diversité

génétique n’ont pas varié statistiquement (p-valeur vaut 1 pour tous les couples de section
communales et quel que soit l’indice de diversité considéré). Dans les deux sections du bas, la
richesse allélique moyenne a été de 4,31 et 4,77 respectivement à Ravine Normande et à Gaillard.
Dans les deux sections du haut, elle a été de 4,53 au Haut Cap Rouge contre 5,07 à Michinnau.
L’hétérozygotie observée allait de 0,02 à Ravine Normande à 0,04 au Haut Cap Rouge. La diversité
génétique a été quasi identique à chacune des 4 sections communales. Elle oscillait entre 0,53 et
0,54 (Tableau 6). Le calcul du nombre d’individus MLGs a été également fait pour les sections
communales et présentés dans le tableau ci-dessous.

42
Tableau 6: Indices de diversité génétique par section communale : le nombre de génotypes
multi-locus (MLG), la richesse allélique (Ar), la diversité observée (Ho) et la diversité
attendue sous l’hypothèse d’Hardy-Weinberg (Hs)

Zone Section Nombre

MLG Ar Ho Hs
climatique communale d'individus
Gaillard 36 35 4.77 ± 3.29 0.03 ± 0.05 0.54 ± 0.3
Bas Ravine Normande 36 32 4.31 ± 2.74 0.02 ± 0.03 0.53 ± 0.3
Michinnau 83 82 5.07 ± 3.08 0.03 ± 0.05 0.54 ± 0.29
Haut Haut Cap Rouge 66 64 4.53 ± 3.1 0.04 ± 0.07 0.53 ± 0.33

Pour les catégories d’exploitation, une richesse allélique moyenne (Ar) de 6,14 a été trouvée chez
les Moins pourvues contre 5,92 chez les Grandons et n’a pas été statistiquement significative (p-
valeur=0,9). Le niveau d’hétérozygotie observée (Ho) a été strictement identique (Ho= 0,04). La
diversité génétique (Hs) n’a pas varié avec les catégories d’exploitation (p-valeur=0,510). Elle a été
de 0,58 chez les Grandons contre 0,56 chez les Moins pourvues (Tableau 7).

Tableau 7:indices de diversité par catégorie d'exploitation: le nombre de génotypes multi-

locus (MLG), la richesse allélique (Ar), la diversité observée (Ho) et la diversité attendue sous
l’hypothèse d’Hardy-Weinberg (Hs)

Catégorie d’exploitation Ar Ho Hs
Grandon 5.92 ± 4.27 0.03 ± 0.04 0.58 ± 0.33
Moins_pourvue 6.14 ± 4.15 0.03 ± 0.04 0.56 ± 0.29

Le calcul des indices de diversité génétique a été également porté sur chacune des variétés de
haricot déclaré. Ainsi, la richesse allélique moyenne entre les variétés est comprise entre 4 et 9,
alors qu’aucune différence statistique n’a été observée (0,838 ≤p-valeur≤1,000). L’hétérozygotie
observée (Ho) est comprise dans une fourchette allant de 0 à 0,05. Les 2 variétés pour lesquelles
Ho diffèrent significativement (p-valeur=0,003) sont Timina (Ho=0,03) et Gros pois (Ho=0). La
diversité génétique (Hs) est relativement importante pour chaque variété. Elle est comprise entre
0,37 pour la variété Sinistré et 0,57 pour celle d’Alizaine. La diversité génétique n’est pas
statistiquement différente d’une variété à l’autre (p-valeur=1). Ces résultats devraient être pris avec
précautions en raison du nombre limité de représentants de certaines variétés. L’analyse des
génotypes multi locus ont montré que presque tous les individus dans chacune des variétés sont des
MLGs (Tableau 8). La diversité génétique (Hs) des variétés n’a pas varié avec cette analyse
(Annexe 6).
Tableau 8: Indices de diversité génétique par variété de haricot déclarée : le nombre de
génotypes multi-locus (MLG), la richesse allélique (Ar), la diversité observée (Ho) et la
diversité attendue sous l’hypothèse d’Hardy-Weinberg (Hs)

Variété Nb d'individus MLG Ar Ho Hs

Alizaine 19 19 8.92 ± 7.17 0.04 ± 0.04 0.57 ± 0.3

43
 Beurre 42 42 4.45 ± 2.39 0.05 ± 0.11 0.46 ± 0.3
Gros Pois 4 4 8.92 ± 7.17 0±0 0.38 ± 0.35
Lianne 8 8 8.92 ± 7.17 0.04 ± 0.1 0.4 ± 0.35
Sinistré 31 30 3.99 ± 2.17 0.01 ± 0.05 0.37 ± 0.31
Tamazolapa 4 4 8.92 ± 7.17 0.05 ± 0.11 0.46 ± 0.34
Timina 92 82 5.62 ± 3.99 0.03 ± 0.04 0.55 ± 0.31
Rouge 21 20 8.92 ± 7.17 0.01 ± 0.03 0.39 ± 0.28

4.2.1.2.1 L’hétérozygotie multi locus (MLH)

Pour déterminer le niveau de l’hétérozygotie de notre échantillon, une analyse de l’hétérozygotie

multi-locus a été faite. Cette analyse a indiqué que le nombre moyen de locus hétérozygotes a été
nul pour 159 des 221 individus analysés. En résumé, le nombre moyen de locus hétérozygotes par
individus sur l’échantillon a été de 3% avec un maximum de 50% dans le cas d’un seul individu
(Figure 11). Ce résultat a mis évidence un faible taux de croisement qui est décrit un peu plus bas.

Figure 11- Niveau d'hétérozygotie multi locus dans l’échantillon

4.2.2 Régime de reproduction

En ce qui concerne le régime de reproduction, la mesure de l’écart à l’équilibre de Hardy-Weinberg

(FIS) a été faite pour chaque niveau de chaque facteur. Le taux d’autofécondation (S) a été déduit du
FIS. Pour les zones climatiques, le FIS a été de 0,95 en bas (0,91≤Intervalle de Confiance (IC)
≤0,97) et de 0,94 en haut (0,89≤IC≤0,97). Ce qui montre un déficit en hétérozygote similaire entre
les 2 zones climatiques. Au niveau des sections communales, le déficit en hétérozygotie n’a pas
non plus varié. Elle (FIS) a été estimé à 0,94 (0,86≤IC≤0,98) dans les 2 sections du bas (Gaillard et
Ravine Normande), à 0,93 (0,88≤IC≤0,98) dans la section de Haut Cap Rouge et à 0, 97 à
Michinnau (0,94≤IC≤0,98). Le taux d’autofécondation a été de à 0,97 dans 3 sections (Gaillard,
Ravine Normande, Haut Cap-Rouge) et de 0,98 à Michinnau. Aucune variation significative du FIS

44
n’a été observé chez les catégories d’exploitation (FIS = 0,95 pour les Grandons et 0,94 pour les
Moins pourvues). Le taux d’autofécondation a été le même dans chacune des catégories
d’exploitation (S=0,97). L’écart à l’équilibre de Hardy-Weinberg et le taux d’autofécondation ont
été également calculés pour les variétés de haricot (Tableau 9). Dans tous les cas, les valeurs
obtenues pour le taux d’autofécondation (S) suggèrent un faible pourcentage de croisement dans les
populations de haricot étudiées.

Tableau 9: FIS et Taux d'autofécondation (S) par variété déclarée

Gros
Alizaine Beurre Lianne Sinistré Tamazolapa Timina Rouge
pois
FIS 0,91 0,87 1 0,88 0,97 0,9 0,95 0,97
S 0,95 0,93 1 0,94 0,99 0,95 0,97 0,98

4.2.3 Différentiation et structuration des populations

4.2.3.1 Différenciation des populations étudiées

4.2.3.1.1 Réseau de distribution des MLGs

Un réseau (Minimum Spanning Tree) représentant la distribution des individus ainsi que leur
proximité génétique a été élaboré. Cette analyse a été faite sur les zones climatiques et les variétés
de haricot déclarées. Elle a montré que la plupart des individus ont été spécifiques de leur zone
climatique (haut et bas). Toutefois, il a eu 2 cas où 2 individus se trouvant des 2 zones climatiques
différentes ont des génotypes communs. Globalement, les individus ont été majoritairement
regroupés autour d’un génotype dominant (nœud constitué de plusieurs individus de même
génotype). Le nœud le plus important est constitué d’individus provenant essentiellement du bas et
de la variété Timina (Figure 12). De plus, les variétés Sinistré et Rouge sont les seules autres
variétés dans lesquelles des individus avec des génotypes communs ont été retrouvés. Un MSN a
aussi été réalisée en considérant le groupe de couleurs des graines (Noire, Rouge, Beurre, Sinistré)
des variétés (Annexe 7). Celle-ci a mis en évidence le regroupement des individus de la même
couleur autour d’un génotype dominant pour les variétés de couleur Sinistré, Rouge. Les individus
de la couleur Beurre ont été majoritairement éparpillés. La couleur noire majoritairement Timina, a
montré plusieurs niveaux de regroupement autour d’un génotype dominant la plupart des fois.

4.2.3.1.2 Estimation de la différentiation ( FST)

Pour analyser le niveau de différenciation des populations, le FST a été calculé. Cette statistique a
été calculée dans un premier temps selon le dispositif hiérarchisé (exploitation localisée dans une
section communale localisée dans une zone agro-climatique Figure 5) de la zone d’étude et dans
un second temps, à tous les autres facteurs non hiérarchisés (type d’exploitation, variétés). La

45
variabilité expliquée par ce dispositif hiérarchisé a été de 65,5% dont 15% par le facteur zone et
46,5% par les sections communales. Pour le facteur de niveau 1 (zones climatiques : Haut et Bas),
le FST a été de 0,03. Ce résultat suggère que le haut et le bas des Cayes Jacmel ne sont pas
significativement différenciés (p-valeur =1). Les sections communales sont de niveau 2 dans la
hiérarchie de la zone d’étude. Le FST globale correspondant à celles-ci a été calculé en considérant
qu’elles sont incluses dans les zones climatiques. Il est de 0,07, indiquant donc un très faible niveau
de différenciation des sections communales. Le FST calculé par paire de sections communales a été
mis en données supplémentaires (Annexe 8). Au niveau des catégories d’exploitations (Grandons et
Moins pourvus), une très faible différenciation a été observée (FST = 0,009). Au niveau des variétés,
le FST globale a été de 0,21 suggérant une différenciation moyenne entre les variétés. La variété
Rouge (Wo) a montré le plus haut niveau de différenciation avec n’importe qu’elle autre variété,
sauf avec Timina (FST par pair entre les variétés en Annexe 9). La variété Timina prise avec
n’importe quelle autre variété a montré un très faible niveau de différenciation (0,02≤F ST≤0,09. Le
FST sur les variétés a été recalculé en considérant les variétés avec un nombre d’individus ≥10. Sa
valeur globale a été de 0,16. Ce qui n’est pas différent du FST obtenu en considérant toutes les
variétés.

46
Figure 12-Minimum Spanning Tree dérivant de l’analyse MLG. AL : variété Alizaine, BE : variété Beurre, GP : Variété Gros pois, Li : variété
Lianne, SI : variété Sinistré, TA : variété Tamazolapa, Ti : variété Timina et Wo : variété Rouge

47
4.2.4 Niveau de structuration des populations étudiées

Des arbres basés sur la distance génétique entre les individus ont été réalisés. Le but a été de
visualiser le niveau de différenciation à chaque niveau de facteur. Toutefois, seuls ceux mettant en
évidence les exploitations agricoles et les variétés ont été présentés (Figure 14). Au niveau global
sur l’arbre des exploitations agricoles (Figure 14A), aucune structuration nette n’a été observée.
Toutefois, on pourrait distinguer 5 sous-groupes, dont un formé exclusivement des exploitations
provenant de la 4e section communale. Dans tous les autres cas, des mélanges d’exploitations de
sections ou même de zones climatiques différentes ont été observées, avec certaines exploitations
plus différenciées que d’autres. Dans le cas des variétés, une meilleure structuration a été observée.
En effet, 3 sous-groupes ont été observés dont un formé uniquement de la variété Beurre (BE).

Nous avons également réalisé une DAPC afin de regarder le niveau de structuration des
populations étudiées. Les résultats de cette analyse ont été complémentaires à ceux des autres
analyses effectuées ci-dessus (arbre de distance génétique, FST, réseau de distribution des MLGs).
En effet, quel que soit le facteur considéré pour la DAPC, il a été difficile de choisir un nombre de
groupes (K) structurant bien les données en se basant sur les critères de BIC (Critère d’Information
Bayésien, Figure 13).

Figure 13-Variation du BIC en fonction du nombre de groupes (K)

48
.

A B

Figure 14-Arbre de distance génétique entre les exploitations agricoles en A (chaque branche est une exploitation agricole, S1 : exploitation de section
1, S2 : exploitation de section 2, S3 : exploitation de section 3 et S4 : exploitation de section 4) et entre les variétés en B : entre les variétés (Ti: variété
Timina, BE : variété Beurre, GP : variété Gros pois, Li : variété Lianne, SI : variété Sinistré, TA : variété Tamazolapa, Wo : variété Rouge

49
Ainsi, plusieurs valeurs de k ont été testées (k=2 jusqu’à k=12). Avec K=2, aucun regroupement
d’individus n’a été spécifique de l’une des deux zones climatiques. La même observation a été faite
avec k=3. A partir de k= 4 et avec un seuil d’assignement de 0,7, certains groupes ont été constitués
d’individus spécifiques du haut ou du bas. La même observation a été faite jusqu’à k=12,
néanmoins un plus haut niveau d’admixture. Pour k=4, les groupes 1 et 2 ont été constitués presque
entièrement et respectivement des individus du bas et du haut. Pour k=8, les groupes 5 et 6 ont été
spécifiques du haut, alors que le groupe 3 a été formé d’individus majoritairement du bas (Figure
15).

Figure 15 Proportion d'individus par groupe pour un nombre de groupe k=8. Information
reportée par zone climatique (bas, haut Cayes-Jacmel)

4.2.4.1 Analyse approfondie de la variété Timina

La variété Timina a été soumise à une analyse plus approfondie. Notre intérêt pour cette analyse est
non seulement lié au fait qu’elle est bien représentée dans les 2 zones agro-climatiques, mais aussi
parce que nous souhaitions tester si elle présentait des groupes génétiques spécifiques de la zone où
elle a été échantillonnée. Le FST calculé pour cette variété a été de 0,02, suggérant une faible
différenciation de la variété entre les 2 zones. La DAPC réalisée a montré que k= 10 a été le
nombre de groupes qui structure bien cette variété sur les 2 zones climatiques (Figure 16). Ces
résultats confirment la caractéristique composite (composée de plusieurs groupes génétiques).

50
 Figure 16 Résultats de la DAPC réalisée sur la variété Timina

Pour k=10, il a été observé que les groupes 1,2 et 10 ont été constitués des individus spécifiques du
bas, alors qu’aucun groupe n’est spécifique du haut (Figure 17).

Figure 17 Proportion d'individus par zone climatique dans chaque groupe de la DAPC de la
variété Timina (k=10)

5 Discussions

5.1 Organisation sociale de la diversité

Notre étude a révélé que les catégories d’exploitation (Grandons et Moins pourvues) n’ont pas été
statistiquement différentes quel que soit les paramètres considérés. Cette affirmation est vraie tant

51
qu’avec les données d’enquête qu’avec les données génétiques. Ceci dit, la taille des exploitations
agricole ne conduirait pas à une gestion différente de la diversité du haricot à Cayes Jacmel.

Nous avons mis également en évidence une seule variété dominante dans la partie basse des Cayes
Jacmel, alors qu’en haut la situation est bien différente, quel que soit la section ou l’agriculteur
considéré. Cette situation pourrait être liée à la proximité à la ville ou à des conditions locales de
cultures différentes, ne favorisant pas l’adaptation de très grand nombre de variétés en bas. Les
variétés déclarées sont différenciées sur le plan phénotypiques (résultats d’enquêtes), mais aussi sur
le plan génétique (FST=0,21). Celles-ci présentent un niveau important de diversité intra-variétale et
une structuration composite. Ce qui est caractéristique des variétés locales (Thomas, 2012).

5.2 Organisation spatiale de la diversité

Nos résultats d’enquête ont mis en évidence 2 modes contrastés de gestion des semences du haricot
à Cayes Jacmel : l’achat et l’utilisation d’une partie des récoltes. Les facteurs pouvant expliquer
cette différence dans la gestion des semences de haricot dans la commune peuvent être
nombreuses. Les informations assorties de nos enquêtes de terrain ont mis en évidence le rôle
prépondérant du nombre de saisons et de leur répartition sur le mode de gestion des semences du
haricot. En effet, en basse altitude, les deux saisons de culture du haricot (hiver et printemps) se
répartissent d'une telle manière que la durée de conservation des semences est trop longue. Ce qui
conduirait à la détérioration des stocks. De plus, la présence de périmètres irrigués en bas ne
permettrait pas une saison en automne en raison de faible débit et de températures trop élevées pour
la culture du haricot. En haut, en plus des saisons d’hiver et de printemps, les agriculteurs font la
production du haricot en automne. Cette saison permettrait de se passer de la détérioration des
stocks due à la durée de conservation. Ainsi, tous les agriculteurs du haut ont l'habitude de
conserver des graines du haricot qu'ils utilisent comme semences lors de la prochaine campagne.
Toutefois, indépendamment de la volonté des agriculteurs en haute altitude, ils auraient recours à
l’achat des semences de haricot pour emblaver leurs parcelles. Cela se produit en cas de pertes de
récoltes à cause des périodes de sécheresse trop longue ou des cyclones. C’est ainsi que les 2
modes de gestion des semences du haricot coexistent dans la partie haute de la commune. Il faut
mentionner qu’à la différence du bas, en haut les achats sont effectués dans des marchés de quartier
ou de sections communales. On peut tout de même se demander si l’achat des semences au niveau
d’une section signifie automatiquement que la semence a été produite dans la section.

5.2.1 Diversité génétique du haricot

Sur le plan global, l’évaluation des 12 SSRs sur les 221 plantes de haricot a révélé un total de 107
allèles. Le nombre moyen d’allèles par marqueur microsatellite a été de 9 et a été cohérent avec les

52
résultats de Burle et al. (2010) sur des races locales de haricot au Brésil. Le marqueur BM200 été
au moins 2 fois plus polymorphe (26 allèles) que les 11 autres utilisés dans notre étude, mais ce
résultat a été cohérent avec celui de Blair et al. (2009) avec ce marqueur dans le pool génique andin
du haricot (41allèles). Nous avons trouvé un PIC moyen de 0,56. Cette valeur a été en accord avec
celle trouvée (PIC= 0,47) par Burle et al. (2010). La diversité génétique (Hs vaut 0.54 en bas et
0.56 en haut) a été elles aussi cohérentes avec les résultats de Sicard et al.(2005) sur des races
locales de haricot du centre de l’Italie (Hs=0,57) en utilisant 15 SSRs. Le FIS (0,97 en haut et 0,95
en bas) et le taux d’autofécondation (0,98 en bas et 0,97 en haut) obtenu dans chacune des zones
climatiques reflète ce qui se passe chez une plante autogame. L’hétérozygotie observée a été faible
dans les deux zones (Ho(haut)= Ho(bas) =0.03), mais cohérente en regard de celle obtenue par
Blair et al.(2009), Ho= 0.049 sur le set mondial du haricot

Malgré une gestion différente des semences du haricot entre le haut et le bas des Cayes Jacmel,
aucune différence génétique n’est mise en évidence entre les 2 zones agro-climatiques. En effet, la
richesse allélique, l’hétérozygotie observée et la diversité génétique n’ont pas été statiquement
différentes entre les 2 zones climatiques. Cependant, on s’attendait à avoir des valeurs
significativement plus importantes pour les indices de diversité génétique en haut. Les 2 principales
raisons à cette attente ont été : premièrement, un nombre plus important de variétés de haricot a été
déclaré en haut et deuxièmement, la récolte d’une même variété de haricot issue de parcelles
différentes est mélangée avant le choix des semences. Cette dernière pratique devrait augmenter la
taille efficace des lots de semences et réduire ainsi l’effet de la dérive génétique. En basse altitude,
bien qu’il y aurait qu’une seule variété dominante, mais sa provenance aurait été diversifiée
(Léogane, Ouest Haïti ; Anse à Pitre, frontière à la République Dominicaine). Cette diversification
de provenance pourrait être source de diversité supplémentaire, ce qui conduirait à l’équilibre en
termes de diversité génétique avec le haut.

Aucun niveau de différenciation net n’a été mis en évidence dans cette étude. Cette affirmation a
été vraie pour les différents niveaux hiérarchisés considérés dans cette étude: zones climatiques
(FST=0,03), section communales (0,07). Concernant la faible différenciation des 2 zones
climatiques, une des explications pourrait être la superficie restreinte de la zone étudiée (78 km2).
En effet, bien que les deux zones aient présenté des caractéristiques agro-environnementales
différentes, elles restent relativement proches. Il pourrait y avoir des échanges de semences ou
l’introduction continue de nouveaux lots, notamment suite à des pertes de récoltes. Certaines
variétés du haut portent le même nom que celles d’en bas. En outre, il est possible qu’il y ait une
circulation ponctuelle de semences de haricot qui permettrait d’homogénéiser la diversité intra
variétale avec des sources extérieures spécifiques entre le haut et le bas. D’un autre côté, les
informations d’enquête n’ont pas été suffisantes pour justifier de la différence entre les variétés qui
ont été déclarées. Aucun suivi phénotypique des variétés n’a pu être mené au moment de la

53
prospection. Ce qui fait qu’un même nom pourrait correspondre à plusieurs variétés, et des noms de
variétés différentes pourraient en être la même. Nos données d’enquête n’ont pas permis de savoir
la provenance des lots de semences notamment en haut quand celle-ci ont été achetées dans les
marchés de sections communales.

Un autre aspect pouvant conduire à ces résultats est d’ordre génétique. En effet, dans le cadre de
cette étude, des marqueurs microsatellites (SSRs) ont été utilisés. Ce sont des marqueurs neutres,
c’est-à-dire, non soumis à la sélection. Il se pourrait que les variétés de haricots soient bien
différenciées pour certains caractères, alors que nos marqueurs situés dans des régions non-
codantes ne révèlent pas cette différenciation en considérant une forte diversité génétique initiale.
Une étude portée sur le maïs à Oaxaca au Mexique avait montré des résultats similaires avec des
SSRs, alors que l’usage des caractères quantitatifs a montré que les populations de maïs ont été
bien différenciées pour ces caractères (Pressoir et Berthaud, 2004).

Malgré que nos résultats n’aient pas permis de mettre en évidence une structuration nette entre les 2
zones climatiques, la DAPC a montré que certains groupes génétiques sont spécifiques du haut et
d’autres du bas. Ceci pourrait être lié aux processus d’adaptation à des conditions agro-
environnementales et aux stratégies d’approvisionnement différentes entre les deux zones mise en
évidence par les enquêtes. De plus, les enquêtes témoignent des événements récents alors que la
structuration de la diversité génétique enregistre des processus au cours du temps. Conséquemment,
la faible différenciation pourrait être liée à des flux rares entre les deux zones, mais ayant des
conséquences fortement homogénéïsantes.

54
6 Conclusion et perspectives

En guise de conclusion, nous pouvons dire que la culture du haricot en Haïti et plus précisément à
Cayes Jacmel est caractérisée par une gestion de semences qui diffère avec les altitudes. L’achat
systématique des semences se fait en zone de plaine, alors que l’usage d’une partie de récolte
combiné à l’achat effectué localement est pratiqué en montagne. Elle montre aussi une diversité
variétale plus importante en haute altitude, laquelle présente un haut niveau d’hétérogénéité sur le
plan génétique. La différenciation génétique entre les strates altitudinales est faible, alors que
celles-ci présentent un niveau de diversité génétique proche. Malgré tout, certaines plantes ou
même certaines variétés (Sinistré et Beurre par exemples) forment des groupes distincts et
spécifiques à leur zone. Ces variétés méritent une attention particulière par rapport à l’expansion de
la distribution de semences dans le pays qui pourrait conduire à leur perte.

Etant donné qu’il n’y a aucune trace d’étude sur les pratiques de gestion des semences et leurs
impacts sur la diversité génétique du haricot en Haïti, ce travail a posé les bases pour de futures
études du même genre dans le pays. Dans cette optique, nous proposons les éléments de
perspectives suivantes :

 Au regard de l’importante diversité génétique que montrent les variétés locales de haricot à
Cayes Jacmel, il serait important de mettre en place un système de production locale de
semences pour ces variétés (notamment en haut) en utilisant les associations paysannes (la
plupart des agriculteurs étant membres). Dans ce cadre, il faut prévoir une contrepartie
(participation) des agriculteurs pour assurer la viabilité du système.
 Positionner la diversité du haricot haïtien par rapport aux 2 pools géniques du haricot
 Reproduire cette étude en considérant une plus grande zone géographique (au moins 3
communes dans le département du Sud-Est : Cayes Jacmel, Jacmel, Marigot)
 Echantillonner un plus grand nombre d’agriculteurs et de plantes par parcelle et augmenter
le nombre de marqueurs SSRs
 Procéder à des prospections, entretiens et collectes de graines aux points de ventes à
chaque niveau hiérarchique afin de remonter à l’origine des semences qui y sont vendues
 Travailler également sur des caractères quantitatifs en sélectionnant avant le début de la
saison les agriculteurs chez lesquels des parcelles seront suivies. Parallèlement, il faut
tester les graines récoltées aux points de vente et mesurer les mêmes paramètres que dans
les parcelles des agriculteurs sélectionnés

55
7 Références bibliographiques

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http://www.cnsa509.org/

60
 Liste des annexes

Annexe 1-Détails sur les exploitations agricoles échantillonnées.................................................... 62

Annexe 2- Questionnaire d'enquête.................................................................................................. 63
Annexe 3-Accord de consentement éclairé ...................................................................................... 67
Annexe 6-Résumé statistique de la diversité génétique globale ...................................................... 69
Annexe 7-Les différentes statistiques calculés avec les MLGs pour les zones climatiques ............ 70
Annexe 8_Les différentes statistiques calculés avec les MLGs pour les variétés déclarées ............ 71
Annexe 9-Minimum Spanning tree (MSN) avec les grandes catégories de couleurs des variétés de
haricots ............................................................................................................................................. 72
Annexe 10-FST calculé par paire de sections communales ............................................................... 73
Annexe 11-FST par pair de variété (incluant toutes les variétés) ...................................................... 74

61
8 Annexes

Annexe 1-Détails sur les exploitations agricoles échantillonnées

Section Localité/Habitation Date entretien Catégorie exploitation

communale
Barrière du Fortin 29/04/2017 Grandon
Benoit Coundé 27/04/2017 Moins pourvues
Bossier 30/042017 Moins pourvues
Corail Fable 22/04/2017 Moins pourvues
Kay Fab 26/04/2017 Moins pourvues
Ravine
Mardi 28/04/2017 Grandon
Normande
Raymond 22/03/2017 Grandon
Tavette 28/04/2017 Moins pourvues
Tavette 28/04/2017 Grandon
Brisette 27/04/2017 Moins pourvues
Jedo 20/04/2017 Moins pourvues
Lacrobate 29/04/2017 Moins pourvues
Gaillard Mahotière 27/04/2017 Moins pourvues
Platon 26/04/2017 Moins pourvues
Timouillage 19/04/2017 Grandon
Charrette 03/04/2017 Moins pourvues
Clemince 31/03/2017 Moins pourvues
Clemince 28/03/2017 Grandon
DELMAS_PIERRE 29/03/2017 Grandon
Cap RouGe
Grande Place 28/03/2017 Moins pourvues
SAVARIE 29/03/2017 Moins pourvues
Vergeon 30/03/2017 Moins pourvues
Vergeon 29/03/2017 Grandon
Beliotte 20/04/2017 Moins pourvues
Delande 17/04/2017 Grandon
Forgue 18/04/2017 Moins pourvues
Michinnau Georges1 19/04/2017 Moins pourvues
Laguerre 19/04/2017 Grandon
Malvoisin 17/04/2017 Moins pourvues
Marcelin 20/04/2017 Moins pourvues

62
Annexe 2- Questionnaire d'enquête

Section communale : Code section communale :

Localité : Code localité :

Date
Nom et Prénom agriculteur Activités principales
Sexe
Age
Code agriculteur Nombre de personnes du
Téléphone ménage
Position latitude (NS)
Position Longitude (EO) Depuis quand vous vivez dans
Taille de l’exploitation la localité
Nombre de parcelles 1-Faites vous partie d’une
association
1- Si oui, nom de l’association :
Objectif :
Est-ce que l’association fait des distributions de semences ? Oui non si oui, origine
Est-ce qu’il y a échange de semences entre les membres ?
Remarques générales :

Description de la diversité des espèces

Espèces cultivées Cultures en cours Usages

63
Description de la diversité à l’intérieur des deux espèces (haricot et maïs) : approvisionnement en semences
Provenances des semences
Espèces Variétés Origine Précision Distan Liens de Contexte d’acquisition
Marché/localité… ce à EA parenté
Maïs
Maïs
Maïs
Haricot
Haricot
Haricot

Quantité de semences utilisées en fonction des provenances/dérive génétique

Proportion/quantité de semence par provenance

No parcelle Taille Provenance 1/récolte Provenance 2/ achat au Provenance 3/ don
antérieure marché
1 : maïs
2 : maïs
3 : maïs
4 : maïs
5 : maïs
1 : haricot
2 : haricot
3 : haricot
4 : haricot
5 : haricot

64
 Association de cultures avec le maïs et le haricot

Variétés de maïs Quelle saison Avec quelles autres espèces Raison du choix
1_
2_
3_
Variétés de haricot
1_
2_
3_

Qui achète les semences Qui vend les récoltes Comment rendez-vous les récoltes

65
 Dérive-migration-sélection
Si autoproduction de la semence
Comment choisissez-vous les plantes (épis/gousses) dans les parcelles

a- Au champ b- Après récolte

Au champ, sur quelle base ?

Rép :

Après récolte, comment ?

Rép :

Mélangez les récoltes de toutes vos parcelles avant le choix des semences

Oui Non

Comment conservez-vous les semences ?

Rép :

Conservez-vous des semences sur plus de deux ans ?

Oui Non

Informations complémentaires

66
Annexe 3-Accord de consentement éclairé

Formulaire d’information et de consentement éclairé

Projet : Analyse de la diversité génétique du maïs et du haricot à Cayes-Jacmel, Haïti

Objectifs : Caractériser l’organisation de la diversité génétique du maïs et du haricot dans une

zone contrastée (Cayes-Jacmel) sur le plan agro-écologique et socio-économique.
Partenaires du projet : Service National Semencier haïtien (Jean Felix LACOUTURE, Pierre Marie
BASQUIAT), l’IRD (Jean-Louis PHAM), l’INRA (Sylvain SANTINI, Brigitte GOUESNARD), le CIRAD
(Mathieu THOMAS) et SUPAGRO (Jacques DAVID).
Les informations recueillies vous concernant font l’objet d’un traitement destiné à répondre aux
objectifs du projet susmentionnés.
Pour la finalité suivante : Ce travail s’inscrit dans le cadre d’un projet de fin d’études en génétique
et amélioration des plantes. Sa réalisation permettra aux étudiants qui le mènent de boucler leur
cycle d’études. Il pourra permettre de comprendre le mode de gestion de la semence du maïs et
du haricot dans la commune des Cayes-Jacmel ainsi que la diversité génétique de ces deux
cultures dans la commune. Parallèlement, il pourrait faciliter ou orienter les décisions du ministère
de l’agriculture haïtienne en matière de diffusion variétale, distribution de semences,
conservations des variétés locales et plus loin à des fins d’amélioration variétale.
Les destinataires de ces données sont : tous les partenaires du projet et qui sont mentionnés ci-
dessus
La durée de conservation des données est de 10 ans.
Vous bénéficiez d’un droit d’accès, de rectification, de portabilité, d’effacement de celles-ci ou une
limitation du traitement.
Vous pouvez vous opposer au traitement des données vous concernant et disposez du droit de
retirer votre consentement à tout moment en vous adressant à Jean Felix LACOUTURE directeur
du Centre de Recherche et de Développement à Savane Zombie, Haïti, +50936518851

Les informations recueillies au cours de cet entretien font l’objet de notation, de prises de photo /
d’un recueil par système embarqué (GPS/GSM) et d’un traitement informatique dont l’objectif est
de : «comprendre le mode de gestion de la semence du maïs et du haricot à Cayes-Jacmel et la
diversité génétique existante afin de mieux planifier les programmes de diffusion variétale, de
distribution de semences, mais aussi de mieux définir les stratégies de conservation et
d’amélioration des variétés locales». Ces informations seront utilisées par le Service National
Semencier du MARNDR, l’IRD, l’INRA, le CIRAD et SUPAGRO.
L’équipe de recherche du projet (Analyse de la diversité génétique du maïs et du haricot à Cayes-
Jacmel, Haïti) s’engage à assurer la confidentialité de cet entretien et des matériaux collectés.
Néanmoins, vous êtes libre de ne pas répondre à certaines questions. Vous pouvez également
vous opposer à tout enregistrement (voix, image, traces GPS) ou toute collecte d’échantillon. Dans
le cadre d’utilisation de GPS, vous avez le droit d’éteindre l’appareil à tout moment.
Pour l’analyse, vos propos seront retranscrits et rendus entièrement anonymes. Dans le cas où il
apparaîtrait pertinent de vous nommer ou de nommer votre organisme, le Service National
Semencier, l’IRD, l’INRA, le CIRAD et SUPAGRO s’engagent à vous faire valider par écrit l’extrait cité.
La conservation de l’entretien et des matériaux collectés sera réalisée dans le Service National
Semencier, l’IRD, l’INRA, le CIRAD et SUPAGRO, dans les meilleures conditions de sécurité, pendant
une durée de 10 ans avant d’être détruit. Durant cette période, vous bénéficiez d’un droit d’accès,
de modification, d’opposition sur les documents numériques vous concernant. Ces droits peuvent
être exercés auprès du responsable du stage: Jean Felix LACOUTURE directeur du Centre de
Recherche Savane Zombie, Haiti, +50936518851.

67
Pour garantir vos droits à la vie privée, nous vous demandons de bien vouloir donner votre
consentement explicite (cochez les cases correspondantes)
• Je déclare avoir pris connaissance des informations ci-dessus et avoir obtenu les réponses à mes
questions.
☐ OUI ☐ NON
• J’accepte que mes propos soient enregistrés et exploités par le Service National Semencier
haïtien, l’IRD, l’INRA, le CIRAD et SUPAGRO.
☐ OUI ☐ NON
• J’accepte que les photos prises sur ma ferme soient exploitées par le Service National Semencier
haïtien, l’IRD, l’INRA, le CIRAD et SUPAGRO
☐ OUI ☐ NON
• J’accepte l’utilisation d’un système embarqué pour collecter des données géo-localisées et que
ces données géo-localisées soient exploitées par le Service National Semencier haïtien, l’IRD,
l’INRA, le CIRAD et SUPAGRO
☐ OUI ☐ NON
• J’autorise le prélèvement de feuilles de haricot et de maïs cultivées sur mes parcelles en vue
d’une analyse moléculaire réalisées par le Service National Semencier haïtien, l’IRD, l’INRA, le
CIRAD et SUPAGRO
☐ OUI ☐ NON
• J’accepte que mes données soient conservées par le Service National Semencier haïtien, l’IRD,
l’INRA, le CIRAD et SUPAGRO
☐ OUI ☐ NON
• J’accepte que mes données anonymisées soient réutilisées pour tout projet ultérieur à finalité
de recherche (à l’exclusion de toute exploitation à des fins commerciales), dans le respect des
mêmes principes de confidentialité et de protection des informations personnelles que ce projet
initial
☐ OUI ☐ NON
• Je déclare avoir pris connaissance de l’organisation d’une réunion publique d’ici la fin de l’année
2017 au cours de laquelle seront présentés les résultats de cette étude réalisée par le Service
National Semencier haïtien, l’IRD, l’INRA, le CIRAD et SUPAGRO
☐ OUI ☐ NON

Nom : Prénom :
Adresse postale ou adresse mail :
Date :
Signature (répondant) :

68
Annexe 4-Résumé statistique de la diversité génétique globale

Ar Ho PIC
DBM143 17 0.082 0.819
BM141 3 0.005 0.241
BM201 7 0.014 0.783
BM205 4 0.018 0.122
BM137 13 0.005 0.872
BM183 4 0.039 0.665
BM160 2 0.009 0.269
BM156 9 0.019 0.817
AG01 4 0.014 0.473
BMd02 5 0.000 0.086
BM187 13 0.047 0.800
BM200 26 0.134 0.816

69
Annexe 5-Les différentes statistiques calculés avec les MLGs pour les zones climatiques

Pop N MLG eMLG SE H G lambda E.5 Hexp Ia rbarD

Bas 72 65 65.00 0.00 4.09 48.91 0.98 0.82 0.54 1.02 0.10

Haut 149 145 71.07 0.83 4.97 141.41 0.99 0.98 0.55 0.24 0.02

Total 221 208 70.11 1.30 5.30 182.93 0.99 0.91 0.56 0.24 0.02

70
Annexe 6_Les différentes statistiques calculés avec les MLGs pour les variétés déclarées

Pop N MLG eMLG SE H G lambda E.5 Hexp Ia rbarD

AL 19 19 10.00 0.00 2.94 19.00 0.95 1.00 0.56 -0.15 -0.01
BE 42 42 10.00 0.00 3.74 42.00 0.98 1.00 0.46 0.32 0.03
GP 4 4 4.00 0.00 1.39 4.00 0.75 1.00 0.32 1.58 0.27
Li 8 8 8.00 0.00 2.08 8.00 0.88 1.00 0.37 1.23 0.18
SI 31 30 9.90 0.30 3.39 29.12 0.97 0.98 0.36 1.10 0.15
TA 4 4 4.00 0.00 1.39 4.00 0.75 1.00 0.39 2.31 0.34
Ti 92 82 9.80 0.45 4.33 64.12 0.98 0.84 0.55 0.74 0.07
Wo 21 20 9.79 0.41 2.98 19.17 0.95 0.97 0.38 1.40 0.18
Total 221 208 9.96 0.21 5.30 182.93 0.99 0.91 0.56 0.24 0.02

71
Annexe 7-Minimum Spanning tree (MSN) avec les grandes catégories de couleurs des variétés
de haricot

72
Annexe 8-FST calculé par paire de sections communales

Gaillard Haut Cap Rouge Michinneau Ravine Normande

Gaillard 0.00
Haut Cap Rouge 0.04 0.00
Michinneau 0.04 0.05 0.00
Ravine Normande 0.02 0.06 0.06 0.00

73
Annexe 9-FST par pair de variété (incluant toutes les variétés)

AL BE GP Li SI TA Ti Wo
AL 0.00 0.04 0.13 0.14 0.08 0.10 0.02 0.17
BE 0.04 0.00 0.11 0.08 0.12 0.08 0.05 0.13
GP 0.13 0.11 0.00 0.37 0.14 0.24 0.03 0.24
Li 0.14 0.08 0.37 0.00 0.21 0.24 0.05 0.04
SI 0.08 0.12 0.14 0.21 0.00 0.15 0.09 0.28
TA 0.10 0.08 0.24 0.24 0.15 0.00 0.02 0.15
Ti 0.02 0.05 0.03 0.05 0.09 0.02 0.00 0.09
Wo 0.17 0.13 0.24 0.04 0.28 0.15 0.09 0.00

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