2ème partie: Comment analyser un article

scientifique

Présenté par Mr Dairi Sofiane

Email: [email protected]
 Analyse d’un article scientifique ?

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Besoin d’information bibliographique : bases Abondance d’articles
Réponse à une interrogation de données (Medline, scientifiques
scopus, web of
sciencepubmed, google
scholar)

Article d’interet à
Tri et sélection
lire et a analyser
Type d’article,
Le sujet traité
La renommé de la revue
 analyser un article scientifique ?

Analyser un article ?

- Permet de le synthétiser (son contenu)

- Permet de l’évaluer ou faire sa critique (points
forts et points faibles)
- Pouvoir le situer dans la littérature existante
pour déterminer son apport éventuel à l’état des
connaissances
- Définir son champ d’application potentiel

La base d’une analyse efficace est :

- une lecture efficace (une bonne approche de lecture)

- compréhension (surmonter la contrainte de la langue)

 Comment analyser un article scientifiques ?

 Pour comprendre un article, on doit comprendre et determiner les

points principaux de chaque section.

1. étapes préliminaires

Identification de l’article
Le type d’article : article de recherche, article de revue

Plan de l’article : IMReD ou autre

Les auteurs principaux

Lieu de réalisation de l’étude et l’année de parution

Le nom de la revue : renommée ou non?

Financements potentiels
 Comment analyser un article scientifiques ?

2. Lecture proprement dite

Titre

 permet d’avoir une idée générale sur l’étude réalisée : identifier

les mots clés et concepts abordés
 Questions à poser

- Est-il novateur ? Eveille t-il la curiosité ?

- reflète t-il le contenu de l’étude ?
- Est-il approprié au sujet de l’étude?
 Comment analyser un article scientifiques ?

Résumé

Chose à faire
En lisant le résumé, on doit pouvoir déterminer :

- différentes parties que composent le résumé : La structure générale adoptée?

- De quoi il s’agit ? Sujet de l’étude ?

- l’objectif de l’étude ?
 Comment analyser un article scientifiques ?

Questions à poser ?
- Les résultats pertinent sont ils bien mis en évidence ?

- Sont ils appuyés par des chiffres ?

- Les interprétations et perspectives sont elles logiques ?

- Pensez vous que ce résumé est compréhensible en soi ? Vous pousse t-il à lire

la suite de l’article ? Si oui, expliquez ?

 Comment analyser un article scientifiques ?

Introduction
Chose à faire
1- identifier la structure générale ou plan de l’introduction?
2- identifier la grande question posée (the BIG QUESTION) : Quel problème tente de
résoudre ce domaine d’étude ?
3- Résumer l’état de l’art en cinq phrases
 quelques questions pour vous guider:
Quel travail a été fait avant dans ce domaine pour répondre à la grande question? Quelles
sont les limites de ce travail ? Qu'est-ce que, selon les auteurs, doit être fait par la suite?
Ce résumé en cinq phrases vous oblige:
- à être concis
- et bien comprendre le contexte de la recherche envisagée: Vous devez être en
mesure d'expliquer pourquoi cette recherche a été effectuée ?.
 Comment analyser un article scientifiques ?

Introduction (suite)

4- Identifier les questions spécifiques: Qu’est ce que l’auteur essaie de résoudre à

travers cette recherche ?

5- Identifier l'approche : Qu’est que les auteurs ont fait pour répondre à la question
spécifique?

Questions à poser :

Les arguments justifiants la recherche faite par l’auteur, vous ont ils convaincu ? Y-a-t-il
des références récentes?
 Comment analyser un article scientifiques ?

Matériels et Méthodes

- Chose à faire : lire chaque expérience, l’analyser, comprendre le principe, définir son
objectif et par la suite la schématiser

 Questions à poser : Les critères de jugement sont-ils bien précisés ? Sont-ils

appropriés pour résoudre le problème principal posé?

- Les détails fournis, vous permettent-ils de reproduire les expériences

réalisés ?
- Le plan de recherche adopté, est –il logique ? expliquer ?

- L’analyse statistique est-elle bien précisée ? La taille de la population

est elle significative ?
 Comment analyser un article scientifiques ?
Résultats et Discussion
- Chose à faire :

1- Avant tout ( adopter le même raisonnement pour chaque partie):

aller explorer les figures et les tableaux (séparément) de chaque partie de la

section Résultats et Discussion :

- Lire la légende : comprendre de quoi il s’agit

- Identifier les axes de la figure ou les entêtes du tableau
- essayer de déterminer le résultat pertinent que vous pouvez tirer de la
figure ou du tableau (sans regarder le texte du l’auteur)
- Attention particulière quand à la présence de la barre d’erreur ( ça vous
permettra de dire s’il ya une différence significative ou non entre échantillons)

Avoir une description personnelle

préliminaire
 Résultats et Discussion : exemple d’une figure à exploiter

1. Cu++ induced LDL oxidation (c’est le titre d’une partie dans la section R&D)

Figure 1: Kinetic of conjugated dienes formation in the presence of myrtus communis phenolic compounds MAE.
LDL (1 µM) was oxidized in PBS at 37°C with 5 µM Cu+2, and absorbance conjugated dienes was continuously monitored at 234
nm.
Résultat majeur: Les CPs du myrte inhibent considérablement la
formation des diènes conjugués avec un effet dose dépendant
 Résultats et Discussion : exemple d’un tableau à exploiter

1. Cu++ induced LDL oxidation (c’est le titre d’une partie dans la section R&D)

Table 1 Effect of polyphenol extracts of Myrtus communis obtained by microwave-assisted (MAE) or

conventional (CE) methods on the kinetic parameters of LDL oxidation mediated by Cu2+ ions.

Tlag RP CD production
(CD-mol apoB-mol-1)
(min) (CD-mol apoB-mol-1 min-1)

concentration MAE CE MAE CE MAE CE

(µmol GAE L-1)

0 41.8 ± 1.7a 48.9 ± 1.8a 8.4 ± 0.2a 7.3 ± 0.3a 277.7 ± 7.5a 246.22 ± 9.4a

0.74 60.6 ± 1.1b 80.0 ± 3.6b 8.1 ± 0.2a 6.7 ±0.2ab 276.8 ± 9.0a 247.7 ± 19.5a

1.48 92.94 ± 14.3c 142.3 ± 2.8c 8.1 ±0.8a 6.7 ±0.4ab 276.4 ± 9.9a 240.4 ± 10.8a

2.21 130.6 ± 13.9d 182.2 ± 21.19d 8.0 ± 0.3a 5.9 ± 0.7ab 270.3 ± 13.6a 234.0 ± 5.1a

2.95 180.4 ± 4.5e 245.9 ± 12e 7.0 ± 0.3b 5.8 ± 0.3b 255.5 ± 7.0a 225.8.0 ±2.6a

Assays are performed in triplicate and data are expressed as mean ± standard deviation. Means followed by different letters in the same column are
significantly different (p < 0.05). . Kinetic parameters of LDL oxidation are: Tlag = lag time of oxidation curve; Rp = oxidation propagation rate; CD
production = maximal conjugated diene production. MAE : microwave assisted extraction, CE: conventional extraction

N.B. Il ne faut pas reprendre les valeurs qu’il y a déjà dans la tableau, mais il faut les
exploiter pour en tirer d’autres …..
 Résultats et Discussion : exemple d’un tableau à exploiter

Les résultats tirés à partir du tableau :

 Effet significatif des PC du myrte sur le Tlag avec un effet dose dépendant

 Effet significatif des PCs du myrte sur Rp uniquement observé à la forte concentration

 Pas d’effet siginificatif des PCs du myrte sur la production des DC

 Résultats et Discussion

2- Lecture proprement dite de chaque sous section (résultats et discussion)

 Noter brièvement les différents résultats énoncés par l’auteur pour chaque
expérience

 noter l’interprétation des résultats, leur signification, leur nouveauté et leur

conséquence (impact ?)

Questions à poser ?
 Les résultats rapportés par l’auteur correspondent ils à ceux observés dans les figues et tableaux ?
Correspondent ils à votre description personnelle ?
 Les résultats obtenus sont ils comparait à ceux de la littérature ? Convergent –ils ou divergent –ils de cette
dernière ( et a-t-il expliqué cette divergence ?
 les auteurs identifient ils des faiblesses dans leur propre étude? Y a-t-il quelque chose qui manque pour
compléter l’étude ? Qu'est-ce qu'ils proposent de faire comme prochaine étape? Êtes-vous d'accord avec cela
? Que proposez vous ?
 Les résultats fournis par l’auteur, répondent ils (en partie ou complétement ) à la question spécifique posée ?
 Résultats et Discussion

Conclusion

Chose à faire

1- Lire et commenter la structure de la conclusion

Questions à poser ?

 La conclusion est-elle complète ? Que manque t-il ?

 Fait-elle ressortir les points forts ou les résultats pertinents de l’étude ?

 Les résultats mentionnées correspondent –ils à ceux présentés dans la section R&D?

 Les conclusions répondent –ils aux problèmes posées ?

 Quelles sont leurs utilisations possibles? Sont-ils transposable dans la pratique ?

 Que propose-t-il comme étape à venir (recherche future) ou recommandation principale?
 Résultats et Discussion

Références

Chose à faire

Les sources de référence sont-elles précisées avec suffisamment d’information dans le texte ? donnez un
exemple.

 Référer cet article tel qu’il apparaîtrait dans une bibliographie en suivant le style de ce journal ?

Questions à poser

En regardant la liste de références, diriez-vous qu’elles sont adéquates ? justifiez votre réponse.
(Chaque référence doit apporter en principe un éclairage particulier )
 Résultats et Discussion

A la fin de l’analyse : L’appréciation personnelle

APPRÉCIATION GLOBALE (PETITE SYNTHÈSE GÉNÉRALE)

Portez une appréciation globale sur la recherche que vous avez analysée. Quels en sont les points forts ?
quels en sont les points faibles ? Est-ce que la contribution de l’étude et de ses retombées
éventuelles sont précisées? si vous aviez à refaire une telle recherche, que modifieriez-vous ?

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 Exemple d’analyse d’un Article scientifique

Titre de l’article

White tea (Camellia sinensis) inhibits proliferation of the colon cancer cell line,
HT-29, activates caspases and protects DNA of normal cells against oxidative
damage

Etapes suivre :

1- Identification de l’article

2-Lecture proprement dite (synthèse et critique)

 1- Identification de l’article

Survol initial (les quatre coins de l’article)

Type de document : □ revue de littérature □ article de vulgarisation

□ article de recherche Autre : ……………………………
□ note de recherche

Plan de l’article : IMReD

Les auteurs principaux : Fatemeh Hajiaghaalipour , Jayakumar Rajarajeswaran

lieu de travail : Malaysia

Nom de la Revue : Food chemistry date de parution : disponible en ligne le 8 juillet

2014

Organismes de financement : Bourses ou subventions de recherche de

Université de Malaya, PVO32/2011A and RG341/11HTM.
 2- Lecture proprement dite (synthèse et critique)

Analyse de Titre

White tea (Camellia sinensis) inhibits proliferation of the colon cancer cell line, HT-29, activates
caspases and protects DNA of normal cells against oxidative damage

 D’après le titre, quels sont les concepts probablement abordés par l’étude ?
 Activité antiproliférative
 Activité des caspases
 Protection de l’ADN contre les dommages oxydatifs

 Le titre, est-il novateur, éveille-t-il votre curiosité ? justifier

 Oui, le titre éveille la curiosité parce qu’il montre que l’étude réalisée porte sur un sujet d’actualité qui est la
recherche de nouveaux agents anticancéreux, et cela aura un impact direct sur la santé humaine.

 Le titre, reflète-t-il le contenu de l’étude ? Si non, proposer un autre ?

 Oui car Les points et résultats pertinents sont mentionnés dans le titre.
 2- Lecture proprement dite (synthèse et critique)

Analyse du résumé

Tea (Camellia sinensis) is one of the most consumed beverages in the world. White tea is made from the

buds and young leaves of the tea plant which are steamed and dried, whilst undergoing minimal oxidation.

The MTT assay was used to test the extract on the effect of the proliferation of the colorectal cancer

cell line, HT-29. The extract inhibited the proliferation of HT-29 cells with an IC50 of 87 lg/ml. The

extract increased the levels of caspase-3, -8, and -9 activity in the cells. DNA damage in 3T3-L1 normal

cells was detected by using the comet assay. The extract protected 3T3-L1 cells against H2O2-induced

DNA damage. The results from this study show that white tea has antioxidant and antiproliferative

effects against cancer cells, but protect normal cells against DNA damage. Regular intake of white tea can

help to maintain good health and protect the body against disease.
 2- Lecture proprement dite (synthèse et critique)

Analyse du résumé

Résumé

 Commenter la structure générale de l’étude ? Que manque-t-il à ce résumé ?

Le résumé est composé de 3 parties :

 Description du matériel végétal étudié qui est le Thé vert

 Méthodologie (test de MTT et le test des comètes)
 Conclusion

Ce résumé manque de la définition de la problématique, d’interprétation et de

perspectives
 2- Lecture proprement dite (synthèse et critique)

Analyse du résumé

 L’objectif de travail est-il bien présenté et bien clair ? lequel ?

Oui !

L’objectif consiste :

- A voir l’effet de l’extrait du thé sur la prolifération des cellules colorectales HT-29
- À évaluer l’activité des caspases
- A déterminer les dommages de l’ADN

 La méthodologie est-elle précise et claire ?

Oui
 2- Lecture proprement dite (synthèse et critique)

Analyse du résumé

 Les résultats pertinents sont- ils bien mis en évidence ? Sont-ils appuyés par des chiffres ?
présenter les brièvement ?

Oui, les résultats pertinents sont mis en évidence, mais ils ne sont pas complétement
appuyés par des chiffres.

Les résultats pertinents :

- L’extrait inhibe la prolifération des cellules HT-29 (IC50= 87 µg/ml)
- L’augmentation du niveau d’activité des caspases -3, -8 et -9
- L’extrait protège l’ADN contre le dommage induit par le H202
 2- Lecture proprement dite (synthèse et critique)

Analyse du résumé

 Les interprétations et perspectives sont-elles mentionnées ? NON

 Pensez-vous que ce résumé est compréhensible en soi ? Vous pousse-t-il à lire la suite de

l’article ? Si oui, expliquez ?

Pas tout à fait car il y a des parties manquantes (problématique, interprétation)

Oui, vu qu’il présente des résultats intéressants

 Analyse de l’introduction

Colorectal cancer is the third most common form of cancer and the second leading cause of cancer deaths in both men
and women around the world. Alarmingly, increasing numbers of reported cases of colon cancer in recent years has made
this form of cancer a major health concern (Levin et al., 2008). An estimated 96,830 cases of colon and 40,000 cases
of rectal cancer are expected to occur in 2014 (American Cancer Society, 2014). The current treatment for colorectal
cancer is generally surgical resection combined with chemotherapy by cytotoxic drugs and radiation. However, this
therapy is just moderately successful especially for late stage cancers; therefore new approaches to the treatment of
colorectal cancer are required. In recent years, interest has increased in using natural products for pharmacological
purposes, as a form of complementary or replacement therapy. It is known that the risk of colorectal cancer increases
with dietary habits like high animal fat intake (Reddy, 1986).
Epidemiological and prospective studies have reported several beneficial effects of bioactive compounds on human
health, particularly in protecting against chronic degenerative diseases, such as cardiovascular disease, diabetes
mellitus and cancer. Phenolic compounds, present in fruits and vegetables, show antioxidant and antiproliferative
properties. A number of studies have suggested that high consumption of fruit and vegetables decreases he risk of
colon cancer (Gallaher & Trudo, 2013).
 Analyse de l’introduction (suite)

The health benefits associated with tea (Camellia sinensis) consumption have been attributed in part to the
antioxidant and free radical scavenging activity of the relatively high levels of flavonoids, including catechins, and
other polyphenols present in tea (Serafini, Del Rio, Yao, Bettuzzi, & Peluso, 2011). Second only to water, tea is one
of the most consumed beverages in the world. Most of the commercial varieties of teas come from the dried leaves
of a shrub, C. sinensis L, belonging to the Theaceae family, native to south and southeastern Asia. The differences
amongst teas arise from processing, growth conditions, and geographical regions. Based on processing and
harvesting the leaves, tea types are black, green, oolong and white (Venditti et al., 2010). White tea is an
unfermented tea made from young tea leaves or unopened buds covered with tiny, silvery hairs, and the leaves are
harvested once a year in the early spring. The leaves are then steamed rapidly and dried, with a minimum amount
of processing to prevent oxidation (Hilal & Engelhardt, 2007). Green, oolong and black teas are processed to a
greater extent compared to white tea, though green tea is also unfermented. Tea contains a number of
polyphenolic compounds belonging to the flavan-3-ol (catechin) family, such as ()-epigallocatechin, ()-epicatechin,
()-epigallocatechin-3-o-gallate, ()-epicatechin- 3-o-gallate, (+)-catechins and (+)-gallocatechin (Leung & Foster,
1996). These compounds are known to have a wide spectrum of biological activities such as antioxidant, antiviral,
anticancer, antibacterial, antifungal, antitoxoplasmal, antitrypanosomal, anticoccidial, antinematodal and
antihelminthic (Almajano, Carbo, Jimenez, & Gordon, 2008; Fassina et al., 2002; Mckay & Blumberg, 2002;
Yang, Wang, Lu, & Picinich, 2009). Tea also contains volatile oils, vitamins, minerals and purines (McKay &
Blumberg, 2002).
 Analyse de l’introduction (suite)

The mechanisms that have been suggested for the health benefits of tea include scavenging of reactive
oxygen species (ROS), modification of signal transduction pathways, cell cycle checkpoints, and
apoptosis, and the induction of various enzyme activities involved with drug metabolism and carcinogen
activation/ detoxification (Yang et al., 2009).

The aim of this study was to evaluate the antioxidant activities of white tea and its role in protecting
against oxidative damage to DNA. The effect of the tea on the inhibition of proliferation of the colorectal
cancer cell line, HT-29, and on cellular caspase activities were also investigated.
 Analyse de l’introduction (suite)

 Déterminer la structure générale ou le plan de l’introduction ? Que pensez-

vous ?

La structure générale est la suivante :

- la définition de la problématique générale posée
- limitation des thérapies actuelles pour résoudre le problème posé
Etat de l’art
- la nouvelle tendance pour résoudre la problématique posée et sa justification
- Description de la matrice végétale à tester pour résoudre le problème
- Approche suivie pour résoudre le problème (hypothèse de travail)

 Je pense que l’introduction n’est pas tout à fait complète car l’auteur ne
mentionnent des travaux portant sur le même sujet pour mieux positionner
son propre travail et montrer sa nouveauté
 Analyse de l’introduction (suite)

 Identifier la ou les problématique (s) posée (s) dans le cadre de ce travail ?

 le cancer colorectal (3ème cause de mortalité)

 manque et limitation d’efficacité des thérapies actuelles : chimiothérapie et chirurgie

 Les auteurs, mentionnent –ils des travaux antérieurs traitant le même sujet ?
Les auteurs ne mentionnent pas des travaux ayant étudiés l’effet du thé sur le cancer du
côlon. Les auteurs auraient dû montrer le degré de nouveauté et d’originalité de leur
travail
 Analyse de l’introduction (suite)

 Quel est le matériel végétal à tester ? pourquoi ?

 Le matériel végétal à tester est le Thé blanc parce que :

- il possède bcp de bienfaits pour la santé (propriétés antioxydantes)

- il contient divers composés phénoliques appartenant à la famille des
Flavanols (catéchines) qui ont un spectre large d’activités biologiques.
- Ses molécules possèdent différents mécanisme d’action.
 Analyse de l’introduction (suite)

 Quel est l’originalité ou la nouveauté de ce travail ?

 Ce travail teste l’extrait du thé comme un nouvel agent contre le cancer
colorectal

 L’auteur explique pourquoi a-t-il utilisé la caspase cellulaire ? est-il un point

négatif dans cette introduction ?
 An niveau de l’introduction, l’auteur ne définit pas la caspase et n’indique pas
son importance
 Oui, c’est un point négatif car il n y’a que les gens vraiment du domaine qui
sauront de quoi il s’agit : l’auteur ne vise pas une large audience
 Analyse de l’introduction (suite)

 Quelle est l’approche de l’auteur pour résoudre le problème posé (l’hypothèse de travail) ?

 L’approche de l’auteur est :

- d’évaluer les activités antioxydantes du thé blanc et son rôle dans la

protection contre les dommages de l’ADN.

- d’étudier l’effet du thé blanc sur l’inhibition de la prolifération des lignées

cellulaires du cancer colorectal, HT-29, et sur les activités de la caspases cellulaires.
 Analyse de partie matériels et méthodes

 Quel est le plan général de recherche (sous forme de tirets?

Le plan de recherche adopté par l’auteur est le suivant :

 Préparation des échantillons du thé blanc

 Détermination ou dosage des polyphénols totaux et les flavonoïdes des extraits du thé
 Détermination des activités antioxydantes de l’extrait du thé blanc :
-Test de réduction du fer : test FRAP
-Piégeage du radical libre DPPH● (2,2-diphényl-1- picrylhydrazyl)
- Piégeage du radical hydroxyle
-Piégeage du radical d’oxyde nitrique (NO)
-Piégeage du radical superoxyde O-2
 Culture cellulaire
 Mesure de l’activité antiproliférative du thé blanc
 Mesure de l’activité des caspases cellulaires
 Examination à l’aide de la microscopie à fluorescence
 Analyse des dommages de l’ADN
 Analyse statistique
 Analyse de partie matériels et méthodes

 Quels sont les manipulations qui sont en lien direct avec le problème posé ? et
quels sont leurs critères de jugement respectifs ?

 Les manipulations en lien direct avec le problème posé :

 Mesure de l’activité antiproliférative du thé blanc :

 Mesure de l’activité des caspases cellulaires
 Examination à l’aide de la microscopie à fluorescence (micrographie)
 Analyse des dommages de l’ADN
 In vitro anti-proliferative effects of WTE: critère de jugement ?

MTT (3-(4,5-dimethyl thiazol-2-yl)-2,5-diphenyl tetrazolium bromide) assay (Mosmann, 1983). A

normal adult human fibroblast line, HDF-a, was used as a control to identify any cytotoxic effect of
the extracts. In brief, cells were seeded in 96-well plates at 5000 cells/well and allowed to attach
overnight. Media was changed and the cells were treated with various concentrations of the extract
(0–500 lg/ ml) incubated for an additional 48 h. After 48 h, 20 mM of MTT solution (5 mg/ml MTT
bromide in PBS) was added to each well and incubated for 4 h at 37 C. The supernatant was
aspirated and the MTT-formazan crystals formed by metabolically viable cells were dissolved in 100
ml of dimethyl sulphoxide (DMSO). Finally, the absorbance was monitored by a microplate reader at
a wavelength of 590 nm. Growth inhibition of cells was calculated according to the following formula;

Inhibition %= (OD blanc – OD sample)/OD blanc × 100

Le critére de jugement est la détermination de pourcentage

d’inhibition de la prolifération cellulaire
Cellular caspase activities (Caspase-3/7, -8 and -9): critère de jugement ?
HT-29 cells (25,000 cells/well), in RPMI-1640 and 10% FBS, were seeded in the white 96-well plate (SPL, Korea)
and incubated overnight at 37 C with 5% CO2 and 37 C. The medium was then replaced with fresh medium and the
cells treated with the IC50 concentration of WTE for different time periods, i.e., 2, 8, 16, 24 and 48 h. Cells without
any treatment and media alone without cells in triplicate for the different times incubated were used as the control
and blank. Caspases-3/7, -8 and -9 activities were carried out by using commercial kits purchased from Promega
Company (USA) according to the manufacturer’s protocol. In brief, after the treatment time, the reagents of
Caspase-Glo™ -3/7, -8 and -9 reagents were prepared and added directly to the cells in 96-well plates and
incubated for 30 min before recording luminescence. To reduce nonspecific background activity in cell-based
assays, MG-132 inhibitor was added to Caspase-Glo -8 and -9 reagent. The plates were read in a luminometer
(GloMax microplate luminescence reader, Promega Company, USA). The raw data were collected from the
luminometer and the average calculated from the replicates. Background readings were determined from wells
containing culture medium without cells. The ‘‘no cell media’’ blank control value was subtracted from each value.

Le critére de jugement est la luminescence

Analysis of DNA damage was carried out by using the comet assay in the murine embryonic fibroblast
line, 3T3-L1 (ATCC).The 3T3-L1 cells were cultured in 12-well tissue culture plates(1 105 cells/well) for 24 h at
37 C, in a humidified atmosphere containing 5% CO2. Then the cells were pre-treated for 24 h with WTE
at concentrations of 5–25 lg/ml. After 24 h of incubation, the cells were treated with 100 lM of H2O2 for 60
min in an ice bath to prevent the action of DNA repair mechanisms (Miller, Thomas, & Buschbom, 1995),
and then harvested using trypsin– EDTA, centrifuged for 5 min at 1500 rpm and resuspended in 1 ml of
PBS. A volume of 25 ll of cell suspension was mixed with 75 ll of 0.6% low melting agarose. The
suspension was spread on a frosted microscopic slide pre-coated with 250 ll of 0.8% normal melting
agarose, covered with a cover slip, and then allowed to solidify on ice for 10 min. The cover slips were
then removed and the slides were immersed in cold lysis solution containing 1% sodium dodecyl
sulphate, 2.5 M NaCl, 100 mM Na2EDTA, 1% Triton X-100, and 10% DMSO, with the DMSO for 1 h at 4
C in the dark. The slides were arranged in an electrophoresis tank filled with pre-chilled electrophoretic
buffer (1 mM Na2EDTA and 300 mM NaOH) and incubated for 20 min. Electrophoresis was conducted at
25 V (300 mA) for 20 min using a power supply. The slides were washed with 0.4 M Tris–HCl (pH 7.5)
and stained with 20 lg/ml ethidium bromide. An Olympus BX50 fluorescence microscope
was used for viewing the slides. A total of 50 cells in triplicate per group were used to calculate the DNA
damage induced by hydrogen peroxide. The comet tail length was measured using an ocular micrometer
and the DNA damage was calculated by the following formula:

Comet tail length = maximum total length - head diameter

Le critére de jugement est la détermination de la longueur
de la comete
 Analyse de la partie Matériels et Méthodes (suite)

 Quels sont les manipulations secondaires ?

 Détermination ou dosage des polyphénols totaux et les

flavonoïdes des extraits du thé
 Détermination des activités antioxydantes de l’extrait du thé
blanc :

 Quel est le critère de jugement utilisé par l’auteur dans la

manipulation notée 2.4.2 ?
 Pourcentage d’inhibition du radical DPPH (IC50 est ainsi
déterminé)
 Analyse de la partie Matériels et Méthodes (suite)

 Quels sont les manipulations secondaires ?

 Détermination ou dosage des polyphénols totaux et les

flavonoïdes des extraits du thé
 Détermination des activités antioxydantes de l’extrait du thé
blanc :

 Quel est le critère de jugement utilisé par l’auteur dans la

manipulation notée 2.4.2 ?
 Pourcentage d’inhibition du radical DPPH (IC50 est ainsi
déterminé)
 Analyse de la partie Matériels et Méthodes (suite)

 L’auteur a utilisé différents types de cellules, lesquelles ? Et pourquoi ?

Les cellules utilisées :

-lignée cellulaire du cancer colorectal (HT-29) : utilisée pour tester l’effet

antiprolifératif de l’extrait du thé

-Les cellules fibroblastes humaines saines d’un adulte (HDF-a): utilisées comme
contrôle afin de déterminer l’effet cytotoxique de l’extrait du thé dans le tes MTT.

-les cellules fibroblastes d’une souris (3T3-L1) : utilisée dans le

test des comètes pour voir l’effet protecteur de l’extrait du thé contre les lésions ou cassures
d’ADN
 Analyse de la partie Matériels et Méthodes (suite)

 Décrivez brièvement le protocole utilisé pour évaluer l’effet antiprolifératif de l’extrait du

thé blanc ?

L’effet antiprolifératif de l’extrait du thé est évalué en utilisant le test MTT. Les étapes
suivies sont les suivantes :

- les cellules ont été ensemencées dans des plaques à 96 puits à raison de 5000 cellules
/puits et laissées se fixer pendant une nuit.
- les cellules ont été traitées avec différentes concentrations de l'extrait (0-500 µg /mL
pendant 48 H
- Après 48 h, 20 mM de la solution MTT (5 mg / ml de bromure de MTT dans du PBS) ont
été ajoutés à chaque puits et incubées pendant 4 h à 37°C.
- Le surnageant a été aspiré et les cristaux de MTT-formazan formés
ont été dissous dans 100 ml de diméthylsulfoxyde (DMSO)
- Lecture à 590 nm et l’Inhibition de la croissance des cellules a été calculée
 Analyse de la partie Matériels et Méthodes (suite)

 Quel est le rôle de MTT ?

 Indicateur de la viabilité cellulaire car ce composé est réduit par une enzyme mitochondriale
(la reductase) en formant le composé MTT-formazan insoluble.
- Les détails fournis, vous permettent-ils de reproduire les expériences réalisés ? justifier ?
 Oui, car tous les détails sont mentionnés (la concentration cellulaire, la concentration de MTT,
temps et température d’incubation…etc)
 Analyse de la partie Matériels et Méthodes (suite)

 Décrivez le protocole utilisé dans la manipulation : 2.7. Cellular caspase activities

(Caspase-3/7, -8 and -9)

 Cellules HT-29 (25.000 cellules / puits), dans du RPMI-1640 et 10% de FBS, étaient
ensemencées dans la plaque à 96 puits) et incubés pendant une nuit à 37°C avec 5% de CO2
 les cellules sont traitées avec les concentrations (IC50) de l’extrait du thé pour différents
d’exposition
 Après traitement des cellules, les réactifs de Caspase-Glo ™ -3/7, -8 et -9 ont été préparés et
ajoutés directement aux cellules et incubées pendant 30 min
 Enregistrement de la luminescence.
 Analyse de la partie Matériels et Méthodes (suite)

- En quoi correspondent les termes « Control » et le « Blanc » dans ce protocole ?

 Control : cellules sans traitement avec l’extrait du thé

 Blanc : milieu de culture sans cellules

- Les détails fournis, vous permettent-ils de reproduire les expériences réalisés ? justifier ?

 Non, car ils manquent d’autres détails non mentionnés à savoir la concentration du réactif de
caspases utilisé

 Quel est le rôle de H2O2 dans le protocole « analysis of DNA damage » ?

 H2O2 est utilisé pour causer des lésions au niveau de l’ADN

 L’analyse statistique est-elle bien précisée ?

 Oui ! les tests utilisés : test d’ANOVA et test de student
 Analyse de la partie Résultats et discussion

 Commenter la structure de la sous-section : 3.7. In vitro antiproliferative effect

of white tea extracts on cancer cells ?
 Analyse de la partie Résultats et discussion
3.7. In vitro antiproliferative effect of white tea extracts on cancer cells

The 3-(4,5-dimethylthiazol-2-yl)-2,5-diphenyl tetrazolium bromide (MTT) assay is an indirect colorimetric

assay to assess the number of viable cells which has been adapted to measure the growth modulation of
cells in vitro. HT-29 cells were treated with different concentrations of extracts (10–100 lg/ml) for 48 h. The
hot water extract demonstrated strong antiproliferative activity against HT-29 cells (IC50 = 86.68 ±0.78
µg/ml).
Numerous studies have proposed the inhibitory effect of tea against carcinogenesis of lung, skin,
esophagus, liver and stomach cancers (Bushman, 1998; Yang, Maliakal, & Meng, 2002). Epidemiological
studies suggested that the antiproliferative effects against colonic tumorigenesis (Chen et al., 2003) is due
to the presence of tea polyphenols and that the protective activity is related to the strong radical
scavenging and antioxidative capacity of tea (Yang & Wang, 1993).

A fibroblast cell line, HDF-a, was used to measure the possible cytotoxicity of white tea extracts on normal
cells. The IC50 of the extracts on fibroblasts (IC50 > 160 lg/ml) was significantly higher than that of the
cancerous cell line. Thus, the white tea extract showed high anti-proliferative activities against
tumourigenic HT-29 cells, without being toxic to normal fibroblast cells.
 Analyse de la partie Résultats et discussion

 La structure de cette section est organisée comme suit :

-introduction sur la manip réalisée (définition)
-objectif de la manipulation
-résultat obtenu
-interprétation et discussion
-conclusion
 Analyse de la partie Résultats et discussion

- Quels sont les résultats pertinents énoncés par l’auteur ?

 L’extrait du thé présente une forte activité antiproliférative (IC50=86.68 µg/ml) des cellules
cancéreuses colorectales (HT-29).
 L’IC50 de l’extrait sur les cellules fibroblastes est supérieur à celui sur les cellules cancéreuses
- Quelle est l’interprétation donnée par l’auteur pour expliquer le résultat le plus pertinent ?
 L’auteur explique l’activité antiproliférative par la présence des polyphénols dans l’extrait du thé qui
sont doués d’activités antioxydantes et de piégeage de radicaux libres
- IC50 obtenu avec les cellules fibroblastes (HDF-a) est supérieur à celui des cellules colorectales
(HT-29) : Que signifie-t-il ?
 Cela signifie que l’extrait du thé peut exercer une activité antiproliférative sans être toxique pour
les cellules normales (fibroblastes)
 Analyse de la partie Résultats et discussion

- Le tableau 2, est –il complet ? justifier ?

 Oui ! le tableau contient tous les éléments nécessaires pour qu’il soit compréhensible en soi (titre
complet, légende, incertitude d’erreur)
- Les résultats obtenus sont-ils comparé à ceux de la littérature ? Convergent –ils ou divergent –ils de
cette dernière ?
 Oui ! les résultats obtenus vont dans la même tendance que ceux rencontrés dans la littérature

 Au niveau de la sous- section 3.8. Apoptosis and caspase-3/7, -8 and -9 activity

- Quels sont les différents types de caspases ?
 Analyse de la partie Résultats et discussion

- Le tableau 2, est –il complet ? justifier ?

 Oui ! le tableau contient tous les éléments nécessaires pour qu’il soit
compréhensible en soi (titre complet, légende, incertitude d’erreur)
- Les résultats obtenus sont-ils comparé à ceux de la littérature ? Convergent –ils ou
divergent –ils de cette dernière ?
 Oui ! les résultats obtenus vont dans la même tendance que ceux rencontrés dans
la littérature
 Analyse de la partie Résultats et discussion
 Au niveau de la sous- section 3.8. Apoptosis and caspase-3/7, -8 and -9 activity

3.8. Apoptosis and caspase-3/7, -8 and -9 activity

A family of cysteine proteases known as the caspases is believed to play a central role in
mediating various apoptotic responses. Activation of the caspase cascade is an integral
event in the apoptotic pathway. Apoptotic caspases can be divided into two classes:
initiator and executioner caspases. Initiator caspases (caspase-2, caspase-8 and caspase-
9) are the apical caspases in apoptosis signaling cascades and their activation is normally
required for executioner caspase (caspase-3, caspase-6 and caspase-7) activation
(Cohen, 1997; Lamkanfi, Festjens, Declercq, Vanden Berghe, & Vandenabeele, 2007).
 Analyse de la partie Résultats et discussion
 Au niveau de la sous- section 3.8. Apoptosis and caspase-3/7, -8 and -9 activity

- Quels sont les différents types de caspases ?

 Il y a deux types de caspases :
-caspases initiatrices (2,8 et 9)
-caspases effectrices (3, 6 et 7)
 Analyse de la partie Résultats et discussion
 Au niveau de la sous- section 3.8. Apoptosis and caspase-3/7, -8 and -9 activity

- Quels sont les résultats pertinents et leurs interprétations respectives telles

qu’énoncés par l’auteur ?
 L’extrait du thé a augmenté le niveau d’activité des caspases (3/7) et cela signifie que
l’extrait du myrte peut induire l’apoptose par activation des caspases effectrices 3/7
 L’extrait du thé a augmenté le niveau d’activité de la caspase 8 et 9cela signifie que
l’extrait du myrte peut induire l’apoptose par le recepteur de la mort par activation de la
caspase 8) et par des voies mitochondriales par activation des caspases effectrices 9.

- Quelle est la conclusion de l’auteur ?

 L’auteur conclue que l’activation des caspases est la cause de l’apoptose observé lors
du traitement des cellules HT-29 avec l’extrait du thé.
 Analyse de la partie Résultats et discussion

 Au niveau de la sous-section 3.10. Analysis of DNA damage by the comet assay

- Objectif de cette partie ?
 Evaluer l’effet protecteur du thé contre les lésions d’ADN induite par le H2O2
- Décrivez la figure 4A ?
 Selon la figure 4, on constate que l’ajout de l’extrait du thé réduit la taille des comètes d’une façon significative et
avec un effet dose dépendant par rapport au contrôle avec H202 .
- Les résultats sont-ils comparés à la littérature ?
 NON
- L’auteur mentionne-t-il la nouveauté du travail ?
 Non
- Quelle est la conclusion de l’auteur ?
 L’auteur conclue que le thé peut protéger l’ADN des lésions induites par les radicaux de H2O2
 Analyse de la partie Résultats et discussion

 les auteurs identifient ils des faiblesses dans leur propre étude ?
 NON
 Y a-t-il quelque chose qui manque pour compléter l’étude ? Que proposez-vous ?
 Oui !
 La proposition qu’on pourrait faire c’est de transposer cette recherche sur un plan
plus significatif : passer à l’expérimentation animale

 Les résultats fournis par l’auteur, répondent ils (en partie ou complétement) à la
question spécifique posée ?

 Les résultats fournis répondent partiellement au problème posé car d’autres études
supplémentaires sont nécessaires pour conforter ces résultats.
 Analyse de la partie conclusion

Conclusion
The present study demonstrates the antioxidant, anticancer and DNA protective effects of white tea (C.
sinensis). White tea extract exhibited a strong antioxidant activity in the five assays carried
out, i.e., the FRAP, DPPH, nitric oxide, superoxide anion and hydroxyl radical scavenging assays. The high
antioxidant activities correlated significantly to their phenolic content. Pre-treatment of 3T3-L1 cells
with the extract protected against H2O2-induced DNA damage. The tea extracts also showed high anti-
proliferative activity against HT-29 cells, without being toxic to normal fibroblasts.
The extract inhibited HT-29 colon cancer cells by the death receptor and mitochondrial apoptotic pathways
as demonstrated by increased expression levels of caspases-3/7, -8 and -9.
In conclusion, white tea extracts show potential as chemotherapeutic agents. Regular consumption of white
tea could maintain good health and protect the body against disease.
 Analyse de la partie conclusion
 Commenter la structure ?
 La structure de la conclusion est la suivante :

-résultats majeurs
-interprétation
-conséquences et bénéfices
 La conclusion est-elle complète ? Que manque-t-il ?

 La conclusion n’est complète car il lui manque les perspectives

 Fait-elle ressortir les points forts ou les résultats pertinents de l’étude ?

 Oui, les points forts sont bien mis en évidence

 Les conclusions répondent –ils aux problèmes posées ?

 Oui, en partie.
 Quelles sont leurs utilisations possibles ? Sont-ils transposable dans la pratique ?

 Selon l’auteur, une consommation régulière du thé pourrait améliorer la santé humaine
 Les perspectives sont –elles mentionnées ? Non
 Références

 Référer cet article tel qu’il apparaîtrait dans une bibliographie en suivant le style de ce journal ?

 Hajiaghaalipour, F., Kanthimathi, M. S., Sanusi, J., & Rajarajeswaran, J. (2015). White tea (Camellia
sinensis) inhibits proliferation of the colon cancer cell line, HT-29, activates caspases and protects DNA of
normal cells against oxidative damage. Food Chem, 169, 401-410.

 En regardant la liste de références, diriez-vous qu’elles sont adéquates ? justifiez votre réponse ?
 Oui, les références sont adéquates car chacune d’elle apporte un éclairage particulier.

Par exemple la référence ci-dessous apporte un éclairage sur les mechanisme de régulation des
caspases: Riedl, S. J., & Shi, Y. (2004). Molecular mechanisms of caspase regulation during
apoptosis. Nature Reviews Molecular Cell Biology, 5, 897–907
 Appréciation personnelle (une petite synthèse globale)

Portez une appréciation globale sur la recherche que vous avez analysée. Quels en sont les points forts ? quels
en sont les points faibles ? Est-ce que la contribution de l’étude et de ses retombées éventuelles sont
précisées ?

L’article analysé traite un sujet important et pertinent, et qui consiste à la recherche de nouveaux agents
thérapeutiques naturels contre le cancer colorectal qui est la 3ème forme du cancer la plus répandue. Les
résultats obtenus ont montré clairement in vitro des capacités antiprolifératives significatives de l’extrait du thé
sur les cellules HT-29 sans affecter les cellules saines. Le mécanisme impliqué est l’induction de l’apoptose par
activation de différentes caspases (initiatrices et effectrices). La capacité de protéger l’ADN contre les attaques
radicalaires induite par le H202 a été aussi observé. Néanmoins, l’auteur ne me montre pas clairement la
nouveauté de ce travail par rapport aux travaux antérieurs et ne mentionne pas un travail future comme suite
logique ce travail déjà rapporté. En effet, je pense que le passage à une évaluation in vivo, valorisera
d’avantage ce travail et permettra des retombées plus significatives.