Correction TD Bioénergétique - Equilibre des réactions biochimiques et variation d'énergie libre de Gibbs

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Voir les énoncés des exercices.

Voir un cours sur la variation d'énergie libre de Gibbs.

a. Rappel sur la variation d'énergie libre de Gibbs dans les conditions standard : ΔG0'

Pour déterminer la variation d'énergie libre de Gibbs d'une réaction dans les conditions standard :

On mélange tous les métabolites impliqués dans cette réaction dans un tube à essai, à des
concentrations initiales de 1 M (concentrations qui n'ont rien de comparable avec les concentrations
dans une cellule).
Le mélange équimolaire permet que la réaction évolue spontanément vers l'état d'équilibre sans
privilégier un sens ou l'autre de cette réaction.
Une fois l'état d'équilibre atteint, on mesure les concentrations des métabolites puis on calcule la valeur
de la constante d'équilibre et on calcule : ΔG0' = - R.T Ln K'eq

Le sigle 0 traduit que la réaction est effectuée dans des conditions standard et le sigle prime indique que la
réaction a lieu à pH 7 (considéré comme le pH physiologique).

b. Rappel sur la variation d'énergie libre de Gibbs dans les conditions cellulaires : ΔG'

On mesure les concentrations des métabolites dans la cellule puis on calcule ΔG' (voir ci-dessous). Les
conditions n'étant pas standard il n'y a pas le sigle 0 mais il y a le sigle prime car les mesures sont effectuées
dans la cellule (pH = 7).

/
Exercice N°1

1. Le clivage d'un composé A donne les produits B et C. La réaction est caractérisée par une variation
d'énergie libre standard de -1 kJ.mol-1.

Très important :

Ecrire une double flèche qui, en chimie, est le symbole d'une réaction à l'équilibre.
La constante d'équilibre K est une constante dite macroscopique : elle est en majuscule.
Les concentrations considérées sont celles que l'on mesure quand l'état d'équilibre est atteint (indice
"eq").

/
Il faut être très vigilant aux valeurs employées pour ce calcul :

Attention au signe "-" de la formule et, éventuellement, au signe "-" de ΔG0'.

1 kilo = 1000 => -1 kJ.mol-1. = - 1000 J.mol-1
T est la température absolue : T = 273,3°K + 10°C = 283,3°C
Unités cohérentes : puisque ΔG0' est J.mol-1 il faut employer R = 8,32 J.°K-1.mol-1

2. On couple la formation de A (à partir de B et C) à l'isomérisation d'un composé D en E. Cette isomérisation

est également caractérisée par une variation d'énergie libre standard de -1 kJ.mol-1.

=> ΔG0'(globale) = - R.T LnK'eq(globale) => K'eq(globale) = 1 (M-1)

Exercice N°2

1. La réaction de formation de l'ATP s'écrit : ADP + Pi <=> ATP + H2O

Cette réaction de la glycolyse est catalysée par la pyruvate kinase. Elle permet la synthèse nette d'ATP au
cours de cette voie métabolique.
[ATP]eq [H2O]
K'eq(1) = ---------- . ---------
[ADP]eq [Pi]eq

Remarque : La concentration de l'eau vaut [masse de 1 L d'eau / massse molaire de l'eau] = 1000/18 = 55,5
M.

/
 Une telle concentration est 5 ordres de grandeur plus élevée que la plus forte concentration de
métabolites dans la cellule.
La concentration de l'eau est donc considérée comme constante : son terme peut ou non être écrit dans
l'expression de la constante d'équilibre.

2. La réaction d'hydrolyse du PEP s'écrit : PEP + H2O <=> pyruvate + Pi

[pyruvate]eq [Pi]eq
K'eq(2) = -------------- . --------
[PEP]eq [H2O]

3. La réaction résultant du couplage s'écrit :

ADP + Pi + PEP + H2O <=> ATP + H2O + pyruvate + Pi => ADP + PEP <=>ATP + pyruvate

[ATP]eq [pyruvate]eq
K'eq(3) = ---------- . --------------
[ADP]eq [PEP]eq

=> K'eq(1) . K'eq(2) = 4,432 10-6 x 7,135 1010 = 3,16 105 => ΔG0'(3) = - RT Ln K'eq(3) = - 7,47 kcal.mol-1

Exercice N°3

glucose + ATP <=> glucose-6-phosphate (G6P) + ADP

[G6P]eq [ADP]eq
K'eq = ------------ . ---------
[glucose]eq [ATP]eq

- ΔG0'
K'eq = exp [---------]
R.T

4160
K'eq = exp [---------------] = 857
1,987 x 310

Dans les conditions physiologiques :

[G6P]φ [ADP]φ
K'φ = ------------- . ---------
[glucose]φ [ATP]φ

83 10-6 x 138 10-6

K'φ = ----------------------- = 1,24 10-3
5000 10-6 x 1850 10-6

K'eq et K'φ ont des valeurs différentes : le rapport des concentrations physiologiques est donc différent du
rapport des concentrations à l'équilibre

Pour connaître le sens spontané de la réaction in vivo il faut calculer : ΔG' = ΔG0' + R.T Ln K'φ.

/
ΔG' = - 4160 + [1,987 x 310 x Ln (1,24 10-3)] = - 8,28 kcal.mol-1

Conclusions

Dans la cellule, la réaction est deux fois plus exergonique : ΔG0' = - 4,16 kcal.mol-1 versus ΔG' = - 8,28
kcal.mol-1.

La cause en est les concentrations physiologiques qui sont très éloignées des concentrations qui
caractérisent l'équilibre.

La réaction in vivo est donc encore plus irréversible dans le sens de formation du glucose-6-phosphate
(c'est-à-dire dans le sens opposé à celui de la glycolyse).

Exercice N°4

1. La constante d'équilibre de la réaction (2) s'écrit :

[oxaloacétate]eq [H2O]
K'eq(2) = ------------------ . ----------
[malate]eq (pO2)1/2

La concentration de l'eau (55,5 M) est considérée comme constante.

La pression partielle de l'oxygène (pO2) est égale à 1.
Voir l'énoncé de l'exercice

[oxaloacétate]eq
Donc : K'eq(2) = ------------------
[malate]eq

Comme : ΔG0'(2) = - RT Ln K'eq(2) avec ΔG0'(2) = - 45300 cal.mol-1 => K'eq(2) = 1033

2. La réaction couplée (2+3) s'écrit : malate + NAD+ <=> oxaloacétate + NADH + H+

C'est une réaction du cycle de Krebs.

K'φ est la constante définie par le rapport des concentrations physiologiques des métabolites :

[oxaloacétate]φ [NADH]φ
K'φ = ----------------- . ------------ . [H+]
[malate]φ [NAD+]φ

Le rapport [NADH]φ / [NAD+]φ = 1.

On ne tient pas compte de la concentration en H+ (c'est-à-dire que l'on ne tient pas compte du pH).
Voir l'énoncé de l'exercice.

La constante K'φ s'écrit :

/
 [oxaloacétate]φ
K'φ = -----------------
[malate]φ

Par ailleurs : ΔG0'(2+3) = ΔG0'(2) + ΔG0'(3) = (- 45,3 + 52,4) = 7,1 kcal.mol-1

L'énoncé indique que a variation d'énergie libre de ce couplage est nulle => ΔG'(2+3) = 0
Attention : ne pas confondre avec la variation d'énergie libre standard ΔG0'

Puisque : ΔG'(2+3) = 0, alors ΔG0'(2+3) = - RT Ln K'φ

[oxaloacétate]φ
Soit : ΔG0'(2+3) = 7,1 kcal.mol-1 = - RT Ln ( -----------------)
[malate]φ

La valeur du rapport des concentrations [oxaloacétate]φ / [malate]φ pour que la variation d'énergie libre du
couplage soit nulle est donc :

[oxaloacétate]φ
----------------- = 7,8 10-6
[malate]φ

Exercice N°5

Comme dans l'exercice 4,ne pas confondre variation d'énergie libre standard (ΔG0') et variation d'énergie libre
(ΔG'). Ces 2 grandeurs sont liées par la relation :

[B]exp
ΔG' = ΔG0' + RT Ln( --------- )
[A]exp

[B]eq
Comme : ΔG0' = - RT Ln K'eq = - RT Ln( ------- )
[A]eq

[B]eq [B]exp
=> ΔG' = - RT Ln( ------- ) + RT Ln( -------- )
[A]eq [A]exp

Pour que la réaction soit spontanée, il faut que ΔG' < 0 :

[B]exp [B]eq
=> RT Ln ( -------- ) < RT Ln( -------- )
[A]exp [A]eq

/
 [B]exp [B]eq
=> --------- < --------
[A]exp [A]eq

[B]exp
=> -------- < Keq
[A]exp

Exercice N°6

1. La réaction catalysée par la pyruvate kinase s'écrit : PEP + ADP <=> pyruvate + ATP

Le PEP est hydrolysé en intermédiare énolate avec libération d'un Pi immédiatement transféré à l'ADP pour
former l'ATP.

2. La variation d'énergie libre de Gibbs dans les conditions standard et dans les conditions physiologiques sont
respectivement : ΔG0' = - 7500 cal.mol-1 et ΔG' = - 4000 cal.mol-1 (voir l'énoncé).

ΔG' = ΔG0' + RT Ln K'φ

[pyruvate]φ [ATP]φ
Avec : K'φ = -------------- . ---------
[PEP]φ [ADP]φ

Puisque [ADP]φ = [ATP]φ = 10 mM, le rapport des concentrations de ces 2 métabolites vaut 1, donc :

[pyruvate]φ
K'φ = -------------
[PEP]φ

(ΔG' - ΔG0') - 4000 - (- 7500)

K'φ = exp [--------------] = ------------------ = 299,5
R.T 1,98 . 310

3. Pour que la réaction dans la cellule soit endergonique, il faut que ΔG' > 0.

ΔG0' + RT Ln K'φ > 0 => RT Ln K'φ > - ΔG0'

- ΔG0' - (- 7500)
=> K'φ > exp [---------] = exp [--------------] = 202595
R.T 1,98 . 310

Exercice N°7
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La réaction de formation du G3P et de la DHAP s'écrit : fructose 1,6 diP <=> G3P + DHAP

1. Dans les conditions standard, cette réaction est caractérisée par ΔG0' = + 5,79 kcal.mol-1.

La constante d'équilibre de cette réaction s'écrit :

[G3P]eq . [DHAP]eq
K'eq = -------------------
[Fruc 1,6diP]eq

- ΔG0'
Elle vaut : K'eq = exp [ -------- ] = 8,29 10-5 M
R.T

Conclusion : dans les conditions standard, la réaction spontanée est la formation du fructose 1,6 diP et non
pas la formation des deux trioses - phosphate comme celà a lieu dans la cellule.

2. Dans les conditions physiologiques (φ), les concentrations des métabolites impliqués dans cette réaction
sont : [fructose 1,6 diP]φ = 31 µM ; [G3P]φ = 18,5 µM ; [DHAP]φ = 138 µM

[G3P]φ . [DHAP]φ
K'φ = ------------------ = 8,24 10-5 M
[Fruc 1,6diP]φ

Conclusion

Les constantes K'eq et K'φ ont quasiment les mêmes valeurs, ce qui signifie que, dans la cellule, les
concentrations des métabolites sont telles que la réaction se déroule au voisinage de l'équilibre.
En conséquence, in vivo, la réaction catalysée par l'aldolase s'effectue dans le sens qui lui est imposé
par le flux global de la glycolyse, c'est-à-dire dans le sens de la formation des deux trioses - phosphate,
donc du pyruvate.

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/