Chapitre 3 : microbiologie du sol

Introduction :

Le sol, loin d'être un substrat inerte, est un milieu dynamique et complexe grâce, en
particulier, aux microorganismes qui l'habitent. Ces derniers constituent un des maillons du
cycle biologique et l’étude de leur nature, de leur nombre, de leurs effets, est un élément
nécessaire à la connaissance des sols en ce qui concerne la formation, la conservation,
l'évolution et la fertilité.

1) La microbiologie du sol :

La microbiologie des sols a pour objet principal l'étude des interactions entre les
communautés microbiennes et les autres composants de l'écosystème tellurique ( le sol , la
végétation , la faune et la microflore vivante dans le sol) .

2) Les composants du sol

Le sol est constitué de particules minérales de taille, de forme et de composition

variables, d'organismes vivants, de matière organique à différents stades de
décomposition, de gaz, d'eau et d'éléments minéraux dissous.

A) particules minérales : des gravillons , sables grossiers, sable fins, limons grossiers,
limons fins et argile.
B) Matière organique : soit fraiche non décomposée, non humifiée , ou humifiée.
C) L’eau : soumise à des forces de rétention ( attraction et capilarité ) et des forces
osmotiques.
Attraction : La molécule d’eau est dipolaire, les particules du sol sont ioniques .
Force capillaire : dû aux pores présents dans le sol.
Osmotique : dans les sols salés ou agricoles après l’application d’engrais .
3) Caractéristiques de la microbiologie du sol

La microbiologie du sol est orientée vers l'étude du comportement de

micropopulations complexes et, en cela, elle se rapproche de la microbiologie des eaux, des
vases et boues, de la microbiologie alimentaire. Elle diffère cependant de ces différentes

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disciplines par les caractéristiques très particulières du sol en tant que milieu pour le
développement de microorganismes.

 Le sol est constitué par une juxtaposition de macro et de microhabitats dans

lesquels les conditions écologiques peuvent, à un moment donné, être très
différentes les unes des autres: il en résulte une hétérogénéité trés marquée
qui complique les études.
 Le sol est un support organique et minéral qui ne se comporte absolument
pas comme un substrat inerte. En particulier, les produits du métabolisme
microbien peuvent être stabilisés, c'est-à-dire soustraits provisoirement aux
processus de biodégradation par adsorption sur les colloïdes minéraux ou
organiques. Les lois chimiques et physiques établies dans les solutions ne
s'appliquent souvent que très imparfaitement aux divers processus
physiques, chimiques et biologiques qui se déroulent dans le sol. Ces
processus sont d'ailleurs souvent si intimement intriqués qu'il faut faire appel
à des artifices expérimentaux pour les dissocier.
 L'énergie nécessaire au développement des microorganismes hétérotrophes
qui constituent la plus grande partie des micropopulations telluriques,
provient presque exclusivement de la photosynthèse végétale. On conçoit,
dans ces conditions, toute l'importance que revêt, en microbiologie du sol,
l'étude du facteur végétation.
 La microfaune et la mésofaune du sol sont des composants qui sont parfois
très actifs. Leurs interactions avec la microflore ne sont encore que très
imparfaitement connues.

En effet la production végétale dans les écosystèmes naturels ou cultivés dépend

étroitement de l'activité de la microflore. Les microorganismes du sol, qui sont en grande
majorité des hétérotrophes, reçoivent l'énergie dont ils ont besoin des organismes
photosynthétiques (plantes chlorophylliennes essentiellement) qui mettent à leur
disposition leurs produits de photosynthèse sous forme de résidus (matière organique
fraîche). Une fois incorporée au sol, la matière organique fraîche est finalement oxydée par
les microorganismes du sol jusqu'au stade CO2 et H2O avec libération d'éléments minéraux

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Si les microorganismes n'intervenaient pas dans l'écosystème sol-végétation, les composés
carbonés photosynthétisés s'accumuleraient et on aboutirait à un blocage sous forme
organique de la réserve planétaire de CO2 et à un épuisement rapide des réserves
minérales, d'où arrêt de toute vie végétale à la surface du globe. Les microorganismes sont
responsables de 80 à 90 % de l'oxydation biologique totale.

4) Les grands groupes de microorganismes du sol et leur rôle

Dans le sol, les microorganismes sont représentés par quelques métazoaires, des
protozoaires, des algues microscopiques, des champignons, des bactéries, des
actinomycètes, des cyanobactéries et des virus.

La présentation de ces microorganismes est fondée sur des classifications

traditionnelles et qui privilégie (1) les caractéristiques trophiques des organismes et (2)
leurs activités. Les bactéries photosynthétiques productrices d'O2 (cyanobactéries) ou non,
les bactéries non photosynthétiques au sens traditionnel du terme et les actinomycètes sont
présentés sous trois titres séparés regroupés sous la rubrique des procaryotes

1) Virus:

Parasite obligatoire spécifique nécessite la présence d'une cellule hôte pour se

multiplier, dans le sol les virus sont des bactériophages, cyanophage, actinophage, et
parasitent les champignons aussi

Rôle:

L’importance écologique des virus et encore mal connus ils participent

principalement dans les échanges génétiques.

2) Procaryote photosynthétique:

a) Cyanobactéries :

Possède un système photosynthétique producteur d'oxygène. Ce sont des Gram

négatif uni ou pluricellulaire filamenteux présentent des ramifications elle varie du jaune
sale au noir passant par le bleu vert et le brun, elles sont formées par trois types de cellules:

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  cellule végétative: photosynthétique, cellule pigmentée
 cellule hétérocyste: Cellule à paroi épaisse translucide fixatrice d'azote se forme à
partir des cellules végétatives en condition limitante d'azote.
 les akinétes : Spores cellule de grande taille résistante produite chez les formes
hétérocyste leur rôle c'est la conservation et la dissémination de l'espèce.

Rôle:

-Photoautotrophe (producteur primaire)

- Hétérotrophe (décomposition de la matière organique)

- Fixatrice d'azote la fixation de N2 intervient seulement lorsqu'il y a une déficience d'azote

minéral par la formation des hétérocystes sinon la formation des hétérocystes est inhibée
par la présence des sources d'azote combiné nitrate ou ammonium.

- Filamenteuse action mécanique améliore la structure des soles pauvre et sableux et le

protège de l'érosion.

b) bactéries rouge et verte:

Phototrophes mais ne produisent pas l'oxygène

 Bactérie rouge:

Soit photosynthétique dans l'anaérobiose elle utilise le CO2 comme source de carbone et
H2S et H2 donneur d'électrons.

Soit l'obscurité dans l'aérobiose mais elle utilise le carbone combiné.

 Bactérie verte :

Elle est besoin de la lumière et le CO2 mais en anaérobiose leurs rôle est très rencontrer
dans le cycle de soufre.

2) Bactéries non photosynthétiques:

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 Les bactéries du sol ont une grande variété de formes. Elles peuvent être mobiles ou
immobiles, et posséder ou non des formes de résistance (spores, kystes).

Chez les bactéries sporulantes deux genres principaux, Bacillus et Clostridium sont
abondants dans le sol. Le genre Bacillus, très hétérogène, comprend des espèces anaérobies
facultatives ou aérobies, alors que les Clostridium sont tous des fermentaires anaérobies
stricts. Ces deux genres sont Gram positif ou variable.

Les bactéries Gram positives non sporulantes comprennent trois groupes

principaux:

• Les bactéries lactiques fermentaires, donc anaérobies facultatives.

• Les bactéries méthanogènes, anaérobies strictes, utilisent le CO2 comme accepteur final
d'électrons et produisent du méthane.

• Les corynébactéries de forme très variable, intermédiaires entre les bactéries et le grand
groupe des actinomycètes.

Parmi les bactéries Gram négatives hétérotrophes, de très nombreuses espèces

peuvent utiliser une grande variété de composés organiques comme source de carbone et
d'énergie. Ce groupe d'une grande importance agronomique, comprend les genres fixateurs
d'azote Pseudomonas, Azotobacter, Rhizobium, etc... Les Entérobactéries sont Gram
négatives et anaérobies facultatives. Elles se développent en aérobiose sur un très grand
nombre de substrats organiques, mais la fermentation anaérobie n'est possible qu'à partir
de quelques sucres simples. Le représentant le plus connu de ce groupe est Escherichia coli
qui a servi de matériel pour de nombreuses études de physiologie, biochimie et génétique.
Certaines espèces d'Enterobacter et de Klebsiella sont fixatrices d'azote.

Nous présentons ci-après une classification simplifiée des bactéries non

photosynthétiques du sol par Dommergues et Mangenot (1970) qui distinguent:

a) les Eubactéries subdivisées en deux ordres:

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• Les Pseudomonadales: bâtonnets droits, courbes ou à forme hélicoïdale, habituellement
avec des flagelles polaires à l'une ou aux deux extrémités, tous Gram négatifs. Elles sont
divisées en trois goupes:

- Les Pseudomonadales phototrophes (bactéries photosynthétiques) que nous traitons

séparément avec les cyanobactéries

- Les Pseudomonadales chimio-autotrophes (= chimio-lithotrophes)

- Les Pseudomonadales chimio-organotrophes (= chimio-hétérotrophes)

• Les Eubactériales: cellules sphériques ou en bâtonnets droits; lorsqu'elles sont mobiles,

elles sont dotées de flagelles péritriches; pas de pigments photosynthétiques; prennent
facilement les colorants d'aniline; ne sont pas acido-résistantes. Elles sont divisées en 9
familles.

b) Les protistes inférieurs subdivisés en:

• Chlamydobactériales ou bactéries ferrugineuses filamenteuses.

• Beggiatoales ou bactéries sulfureuses filamenteuses.

• Myxobactériales mobiles par une sorte de reptation au contact des surfaces solides.

3) Actinomycètes:

Souvent décrits comme un groupe distinct par les microbiologistes du sol, les
actinomycètes sont en fait des Eubactéries Gram positives à structure végétative de type
mycélien (Fig. 2.5). Les actinomycètes présentent des similitudes avec les Eubactéries et les
Champignons et il existe des formes de transition entre les formes mycéliennes typiques et
les formes unicellulaires présentant une aptitude peu marquée à former un mycélium
ramifié. Le diamètre des filaments des formes mycéliennes est toutefois environ deux fois
plus faible (0,5 à 1,2 μm) que celui des mycélia de champignons.

Rôle: Préfère les sols alcalins leur rôle c'est :

- Décomposition de substance non biodégradable par les champignons et les bactéries

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 - Production des substances probiotiques comme les vitamines (B1, B2, B6, B12), acide
folique.
- Production des antibiotiques streptomycines, chlorotétracycline, oxytetracycline,
cycloheximide.
- Production des substances toxiques
- Humification du sol à partir de l'amidon des substances complexe à noyau
aromatique comme l'acide humique et fluvique.
- Fixation D'azote par les nodules actinorhiziens pour les arbres exemple
casuarinacées.

5) champignon : Non photosynthétique eucaryote généralement filamenteux

Type:

- Moisissure à Plasmodium
- Champignon flagellés
- Champignon Supérieur
- Zygomycetes
- Champignon imparfait

Rôle :

Décomposition de la matière organique dans les sols exondés pauvres en azote. Soit
par les champignons libres dans le sol ou par les champignons des racines ( parasite ou
symbiose)

6) Algues:

Ce sont des producteurs primaires photosynthétique uni ou pluricellulaire, dans les milieux
fertile leur contribution faible par contre dans les milieux extrême sans principal

- Un rôle mécanique par les filaments important pour l'amélioration des sols et
protège d'érosion

- Aussi un rôle biologique des sols inondé comme les rizières.

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7) Protozoaire:

Ce sont des protistes eucaryote unicellulaire, photosynthétique ou non, mobile ou

non , libre ou parasite.

Rôle:

- Prédateur de bactéries (maintien d'équilibre biologique dans le sol)

- Stimulation de l'activité bactérienne car la prédation d'une partie du flore stimule
leur activité biochimique par la synthèse des protozoaires des substances favorable
à l'activité bactérienne.
- La synthèse des substances exerçant une action sur le développement des plantes
supérieur
- Photosynthétique souvent rattaché aux algues.

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 4) Conséquences des particularités nutritionnelles de certains microorganismes
du sol :

A) Auxotrophes :
Organisme à exigence nutritive complexe c'est-à-dire le besoin des facteurs de
croissance particuliers comme B12 , thiamine, acide nicotinique, biotine ; d'origine
soient des résidus des végétaux et des animaux soient des micro-organismes qui
synthétisent ces composés.
B) Micro-organisme une propriété de cométabolisme :
Le cométabolisme processus au cours duquel des micro-organismes assure leur
maintenance et leur multiplication aux dépens d'un substrat organique tout en dégradant
des pesticides sans que ceux-ci soient pour eux les sources d'énergie et d'éléments nutritifs
Le métabolisme direct : le pesticide et dégradé en divers métabolites jusqu'à la
production de molécule inorganique le cométabolisme ne conduit pas généralement à une
dégradation très poussée des pesticides.
5) Variation d'activité microbienne dans le sol: conséquences agronomique :
A) hyperactivité microbienne :
C’est la biodégradation excessive des résidus végétaux et de la matière organique
humidifiée.
 Relation micro-organisme matière organique et la fertilité du sol :
Taux matière Taux
Effets Constat visuel
organique microorganismes
Apport MO>perte
MO
Une bonne activité
microbienne
Elevé Elevé Plante forte
Participation de la
Matière organique
dans la nutrition
des plantes
Elevé Faible Apport MO>perte Plante faible

9
 MO
Activité
microbienne faible
donc la
participation de la
matière organique
à la nutrition est
faible.
Apport MO= perte
MO
Moyen Faible Activité Plante faible
microbienne faible
Nutrition faible
Apport MO<perte
MO
L’activité
Faible Elevé Plante faible
microbienne est
faible
Nutrition faible.

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