EMBOSS
European Molecular Biology Open Software Suite | |
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Desenvolvedor | Principais desenvolvedores:
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Versão estável | 6.4.0 (15 de julho de 2011 | )
Sistema operacional | Macintosh, Windows, Unix-like |
Gênero(s) | Bioinformática |
Licença | Licenças GPL e LGPL |
Página oficial | emboss |
EMBOSS é um acrônimo para European Molecular Biology Open Software Suite. EMBOSS é um pacote de análise de código aberto especialmente desenvolvido para as necessidades da comunidade de usuários da biologia molecular e da bioinformática.[1] O software automaticamente lida com dados em uma variedade de formatos e até mesmo permite a recuperação transparente de dados de seqüências a partir da web. Além disso, como bibliotecas extensas são fornecidas com o pacote, é uma plataforma que permite que outros cientistas desenvolvam e lançem softwares em um verdadeiro espírito de código aberto. EMBOSS também integra uma variedade de pacotes atualmente disponíveis e ferramentas para análise de seqüências em um conjunto harmonioso.
O EMBOSS permite a integração com uma ampla gama de pacotes e ferramentas existentes como o BLAST e o ClustalW.[2]
O pacote EMBOSS contém uma variedade de aplicações para alinhamento de sequências, busca rápida em banco de dados com padrões de seqüência, identificação de estruturas secundárias de proteínas (protein motif) (incluindo a análise de domínio), e muito mais.
Grupos de aplicação EMBOSS
[editar | editar código-fonte]![](http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/5/58/Helical_wheel.png/300px-Helical_wheel.png)
Grupo | Descrição |
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Acd | utilitário de arquivo Acd |
Alignment consensus | Funde seqüências para obter um consenso |
Alignment differences | Encontra diferenças entre as seqüências |
Alignment dot plots | Comparações de seqüências tipo dot plot |
Alignment global | Alinhamento global de seqüências |
Alignment local | Alinhamento local de seqüências |
Alignment multiple | Alinhamento múltiplo de seqüências |
Display | Mostra seqüências |
Edit | Edita seqüências |
Enzyme kinetics | Calcula parametros de cinética enzimática |
Feature tables | Ferramentas de anotacão |
HMM | Análise de modelo oculto de Markov |
Information | Ajuda geral e informacão |
Menus | Interfaces de Menus |
Nucleic 2d structure | Estrutura secundária de ácidos nucléicos |
Nucleic codon usage | Uso de códons |
Nucleic composition | Composição de nucleótidos de um ácido nucleico |
Nucleic CpG islands | Detecção de ilhas CpG e análise |
Nucleic gene finding | Predição de genes e outras características genômicas |
Nucleic motifs | Busca de motivos em ácidos nucleicos |
Nucleic mutation | Mutação de ácidos nucleicos |
Nucleic primers | Predição de iniciadores (primers) |
Nucleic profiles | Geração de perfis de ácidos nucleicos |
Nucleic repeats | Detecção de repeticões em ácidos nucleicos |
Nucleic restriction | Análise de restrição em seqüências de nucleótidos |
Nucleic RNA folding | Análise e métodos de dobramento de ARN |
Nucleic transcription | Fatores de transcrição, promotores e previsão de terminadores |
Nucleic translation | Tradução de seqüência de nucleotídeos para seqüências de proteínas |
Phylogeny consensus | Métodos de filogenia por consenso |
Phylogeny continuous characters | Métodos de filogenia por carácter continuo |
Phylogeny discrete characters | Métodos de filogenia por carácter discreto |
Phylogeny distance matrix | Métodos de filogenia por matriz de distâncias |
Phylogeny gene frequencies | Métodos de filogenia por freqüência genica |
Phylogeny molecular sequence | Análise de seqüências e filogenia |
Phylogeny tree drawing | Desenho de árvores filogenéticas |
Protein 2d structure | Estrutura secundária das proteínas |
Protein 3d structure | Estrutura terciária das proteínas |
Protein composition | Composição de seqüências proteicas |
Protein motifs | Búsca de motivos proteicos |
Protein mutation | Mutação de proteínas |
Protein profiles | Busca en perfis de proteínas |
Test | Ferramentas de teste, não para uso geral |
Utils database creation | Instalação de bases de dados |
Utils database indexing | Indexação de bases de dados |
Utils misc | Ferramentas utilitárias |
Ver também
[editar | editar código-fonte]Referências
- ↑ Rice P, Longden I, Bleasby A (2000). «EMBOSS: The European Molecular Biology Open Software Suite». Trends in Genetics. 16 (6). p. 276–277. PMID 10827456. doi:10.1016/S0168-9525(00)02024-2
- ↑ Markel, Scott; León, Darryl (2003). «12 - Emboss». Sequence Analysis. Beijing: O'Reilly. p. 73-241. 286 páginas. ISBN 0-596-00494-X
Ligações externas
[editar | editar código-fonte]- Homepage of EMBOSS
- Homepage of EMBnet
- EMBOSS explorer - web-based GUI for EMBOSS