Legión se centra en David Haller, un joven con problemas mentales a quien diagnostican esquizofrenia siendo niño. Trasladado de centro psiquiátrico en centro psiquiátrico, al llegar a la treintena, David conoce a Syd, una hermosa paciente del centro de la que se enamora. Tras un extraño encuentro con ella, se ve forzado a enfrentar la increíble posibilidad de que tanto las voces que oye como sus visiones sean auténticas. Con la ayuda de Syd y un equipo de especialistas que también poseen talentos extraordinarios, David descubre una verdad oculta: había convivido toda la vida con un parásito maligno que posee un poder inimaginable.