Fin janvier 2021, le spectre d’Ebola a resurgi dans le sud de la Guinée. Ce redoutable virus, responsable de fièvres hémorragiques qui tuent trois à neuf fois sur dix, avait déjà frappé ce pays et ses voisins entre 2013 et 2016. A l’époque, près de 29 000 cas avaient été diagnostiqués et 11 300 personnes avaient péri en Guinée, au Liberia et en Sierra Leone, pour l’essentiel.
Rapidement identifiée, l’épidémie de 2021 s’est éteinte en juin, après avoir touché vingt-trois personnes et provoqué douze décès dans la seule Guinée. Fait troublant, la région atteinte se trouvait à 200 kilomètres seulement de l’épicentre de la vaste épidémie de 2013-2016. D’où est venu ce nouveau foyer ? Le virus était-il passé d’un animal sauvage (un singe, par exemple) à l’espèce humaine, comme ce fut le cas lors de la précédente épidémie ? Les chasseurs, en contact étroit avec la faune de cette région forestière, sont souvent les premières cibles de ce virus.
La survenue du nouveau cluster guinéen, en réalité, résulte du réveil d’une souche virale qui sommeillait chez un survivant de la dernière épidémie. C’est ce que révèle une étude publiée, le 15 septembre, dans la revue Nature.
Un petit nombre de mutations observé
Les auteurs ont séquencé le génome du virus d’Ebola chez douze patients touchés au début de la chaîne de transmission, dès la fin janvier 2021. Résultat, la souche virale trouvée chez eux était la même que celle qui a provoqué l’épidémie de 2013-2016. Seul un très petit nombre de mutations apparues entre-temps ont été observées.
« Cela signifie que le virus à l’origine de ce nouveau foyer est resté tapi, sous une forme dormante, dans les fluides corporels (sperme, lait maternel, urine, humeur aqueuse de l’œil…) d’un survivant de l’épidémie précédente. Et qu’il s’est brusquement réveillé, cinq à sept ans plus tard, pour provoquer ce cluster », explique Martine Peeters, virologue à l’Institut de recherche pour le développement (IRD) et coautrice de l’étude. Ce survivant n’a pas été identifié, mais cette conclusion est solide. Les analyses génomiques, en effet, ont été confirmées par trois laboratoires : le Centre de recherche et de formation en infectiologie de Guinée (Cerfig), avec l’aide de l’IRD et de l’Institut Robert-Koch de Berlin, le laboratoire du Projet des fièvres hémorragiques de Guinée, avec l’Institut Bernhard-Nocht de médecine tropicale de Hambourg, et l’Institut Pasteur de Dakar.
Il s’agit d’une surprise. Jusqu’ici, on savait que le virus pouvait sommeiller dix-huit mois chez un survivant d’Ebola. Des résurgences d’Ebola à partir de rescapés ont déjà été notifiées en République démocratique du Congo (RDC). Pour autant, jamais une si longue période de dormance n’avait été observée. Ce réveil du virus, à partir d’anciennes personnes infectées, inquiète d’autant plus qu’il existe, en Afrique de l’Ouest, une dizaine de milliers de survivants d’Ebola. Autre défi : les sujets infectés sont parfois asymptomatiques.
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