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La Biología de La Cromatina Complejos de Remodelación: Further
La Biología de La Cromatina Complejos de Remodelación: Further
ANNUAL
REVIEWS Further La biologa de la cromatina
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Complejos de remodelacin
by Indiana University - Purdue University Indianapolis - IUPUI on 09/30/12. For personal use only.
Contents
INTRODUCTION . . . . . . . . . . . . . . . . . . 274 DNA Repair and Recombination . . . 286
THE LOGIC OF CHROMATIN Chromosome Segregation . . . . . . . . . . 287
REMODELING . . . . . . . . . . . . . . . . . . 275 GENE REGULATION . . . . . . . . . . . . . . 287
Why Do Cells Need Remodelers? . . 275 Gene Repression . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 288
REMODELER FAMILIES, DOMAIN Nucleosome Restructuring and
COMPOSITIONS, AND BASIC Targeting of SWR1 . . . . . . . . . . . . . 288
FUNCTIONS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 276 Recruitment and Transcription
Shared Remodeler Properties . . . . . . . 276 Initiation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 288
Transcription Elongation . . . . . . . . . . . 289
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D
B b
a Deposicion/DEclaracin
P Reposicionamiento
Binding site
D
B
Corredizo P Expulsin
exposicin en el sitio
Remodeler + deposicin adicional
=ensamblaje D
ATP ADP B
P
Desconexin
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D
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B
P Intercambio c
de dmeros
Histone variant
Composicin
alterada
Remodelador +
Figure 1
Los diferentes resultados de la remodelacin de la cromatina. Los remodeladores (verdes) pueden ayudar en el montaje de la cromatina
moviendo los octameros de histonas ya depositados, generando espacio para la deposicin adicional (a). La accin del remodelador en una
matriz de nucleosomas da lugar a varios productos que pueden clasificarse en dos categoras: (b) exposicin en el sitio, en la que un sitio
(rojo) para una protena de unin al ADN (DBP), inicialmente ocluido por el octamer de la histona, por desplazamiento nucleosmico
(reposicionamiento) o expulsin nucleosmica (eyeccin), o desenrollado localizado, y (c) composicin alterada, en la que el contenido de
nucleosomas se modifica mediante sustitucin de dmero [intercambio de dmero H2A-H2B con un dmero alternativo que contiene una
variante de histona (azul)] oa travs de la eyeccin del dmero.
FAMILIAS DE REMODELADOR, Propiedades remodeladas compartidas
COMPOSICIONES DE DOMINIO Y
Todos los remodeladores comparten cinco
FUNCIONES BSICAS propiedades bsicas: (a) una affinidad para el
Actualmente hay cuatro familias diferentes de nucleosoma, ms all del ADN mismo; (b)
complejos de remodelacin de la cromatina. Los dominios que reconocen modi fi caciones de
cuatro utilizan la hidrlisis de ATP para alterar histonas covalentes; (c) un dominio ATPasa
los contactos de histona-ADN y compartir un dependiente de ADN similar, requerido para
dominio ATPasa similar (Figura 2]. Sin embargo, volver a modelar y servir como un motor de
los cuatro tambin se especializan para translocacin de ADN para romper los contactos
propsitos particulares y contextos biolgicos, de histona-ADN; (d) do-mains y / o protenas
impartidos por dominios nicos que residen en que regulan el dominio ATPasa; y (e) dominios
sus ATPasas catalticas y tambin por sus nicas y / o protenas para la interaccin con otros
subunidades asociadas. factores de cromatina o transcripcin. Juntas,
estas propiedades compartidas permiten el
compromiso, la seleccin y la remodelacin de
los nucleosomas. Sin embargo, la focalizacin y
las tareas especficas requieren una
especializacin del remodelador.
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Unique b
Complex ISW1a ISW1b ISW2 NURF CHRAC ACF NURF CHRAC ACF
ISWI ATPase Isw1 Isw2 ISWI SNF2L SNF2Hc
Noncatalytic Itc1 NURF301 ACF1 BPTF hACF1/WCRF180
homologous CHRAC14 hCHRAC17
subunits
CHRAC16 hCHRAC15
NURF55/p55 RbAp46 or 48
Unique Ioc3 Ioc2, Ioc4 NURF38
Complex CHD1 CHD1 Mi-2/NuRD CHD1 NuRD
CHD ATPase Chd1 dCHD1 dMi-2 CHD1 Mi-2/CHD3,
Mi-2/CHD4
Noncatalytic dMBD2/3 M B D3
homologous dMT A MTA1,2,3
subunits
dRPD3 HDAC1,2
p55 RbAp46 or 48
p66/68 p66,
Unique DOC-1?
Complex INO80 SWR1 Pho-dINO80 Tip60 INO80 SRCAP TRRAP/Tip60
INO80 ATPase Ino80 Swr1 dIno80 Domino hIno80 SRCAP p400
Noncatalytic Rvb1,2 Reptin, Pontin RUVBL1,2/Tip49a,b
homologous Arp5,8 Arp6 dArp5,8 BAP55 BAF53a
subunits
Arp4, Actin1 dActin1 Actin87E Arp5,8 Arp6 Actin
Taf14 Yaf9 dGAS41 GAS41
Ies2,6 hIes2,6
Swc4/Eaf2 dDMAP1 DMAP1
Swc2/Vps72 dYL-1 YL-1
Bdf1 dBrd8 Brd8/TRC/p120
H2AZ,H2B H2Av,H2B H2AZ,H2B
Swc6/Vps71 ZnF-HIT1
dTra1 TRRAP
dTip60 Tip60
dMRG15 MRG15
MRGX
dEaf6 FLJ11730
dMRGBP MRGBP
E ( P c) EPC1,
EPC-like
dING3 ING3
Unique Ies1,Ies3-5,Nhp10 Swc3,5,7 Pho d
a
Swp82, Taf14, Snf6, Snf11.
b
Rsc1 or Rsc2, Rsc3-5, 7, 9, 10, 30, Htl1, Ldb7, Rtt102.
c
In addition, SNF2H associates respectively with Tip5, RSF1, and WSTF to form NoRC, RSF, and WICH remodelers.
d
Amida, NFRKB, MCRS1, UCH37, FLJ90652, FLJ20309.
RECONOCIMIENTO DE NUCLEOSOMAS POR Por lo tanto, la acetilacin de las histonas podra ayudar a
REMODELADORES guiar la localizacin o la eficiencia del proceso de
reemplazo. Hasta el momento, los bromodominios
HAT: histona Los modificadores y remodeladores de cromatina
acetiltransferasa presentes en los remodeladores ISWI no han sido
trabajan en conjunto para dirigir la dinmica de los
conectados a sustratos particulares. El dominio BAH
nucleosomas. Las preguntas clave son cmo los
(homologa bromo-adyacente) se encuentra a menudo
determinantes de nucleosomas y las modificaciones
junto a bromodomanos en ciertas protenas re-
covalentes son reconocidos por los remodeladores y
modeladoras (Rsc1 / 2, polibromo), pero re-side solo en
cmo se usan para guiar la funcin del re-modelador. En
otros reguladores de cromatina (por ejemplo, Sir3). La
la Figura 3, utilizamos la codificacin de color para
evidencia estructural y gentica reciente apoya un papel
indicar la funcin de las protenas, dominios y
para el dominio de BAH en el reconocimiento de histonas
modificaciones que ayudan a los re-modeladores
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HAND-SANT-SLIDE. Esta combinacin de tres Una posibilidad adicional es que las interacciones de modificacin
dominios se encuentra en el C ter-menos de de dominio ayuden a regular la actividad ATPasa del re-modelador u
ISWI. El dominio SANT se encuentra en muchas otras propiedades de remodelacin; por esta idea, las modi fi caciones
protenas de la cromatina y est estructuralmente de histonas proporcionan informacin al remodelador en lugar de
relacionado con los dominios de unin a ADN de nicamente influir en la focalizacin (Figura 3). Adems, para los
c-Myb (DBD). Sin embargo, el ADN es remodeladores multidominio, actan todos los actores en sinergia para
improbable debido a una distribucin "afinar" la actividad o son combinaciones de dominios utilizadas como
desfavorable de la carga proteica y la ausencia de mdulos separados dedicados a funciones o loci particulares? Adems,
residuos clave que contactan con el ADN en c- recientemente se ha demostrado que los dominios remodeladores
Myb (11, 28). En cambio, los dominios SANT se reconocen sustratos no histnicos ms adelante), un concepto que
unen a las colas de las histonas no modificadas puede estar ms extendido de lo que se aprecia actualmente.
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MECANISMOS DE REMODELADOR
ADN despus de Las preguntas centrales para los mecanismos de
a pasar la dada axis remodelacin son: (a) cmo la hidrlisis de ATP
interrumpe los contactos de histona-ADN y (b)
cmo se utiliza esa propiedad para diversos
Histona Dyad
Dyad
octamer axis resultados de remodelacin (Figura 1). Este tema
axis
90 ha sido revisado extensamente y slo se resume
aqu antes de publicar los ltimos avances.
DNA
Remodeler ATPases son muy similares a los
b conocidos translocases de ADN, y un gran
Cambio conformacional
nmero de experimentos apoyan su uso de la
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liberar y
State 1 DBD State 4 DBD volver a unir translocacin de ADN. De acuerdo con los
modelos de recentor, los anclajes del
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Histona chaperona:
protenas que
interactan con las
Los experimentos de una sola molcula han histonas y que
demostrado que la di reccin de la translocacin Otra cuestin mecanicista es cmo la ATPasa del funcionan como
donante y aceptor de
del ADN en el nucleo-uno puede cambiar; sin re-modelador est regulada por los determinantes de histonas durante el
embargo, no est claro cmo se consigue esto; si las histonas. Un importante elemento conceptual fue la montaje y
esto implica el flip-ping del nucleosoma dentro estimulacin de la ATPasa ISWI por una regin en la desensamblado de la
del remodelador, un cambio en la cola H4 (residuos 17-19) (51-53) (Figura 3), con cromatina
direccionalidad de translocacin, o (para ACF) estimulacin atenuada por la cola acetilada (H4K16ac).
alternando cul de las dos subunidades ATPasa Para yISW2 y yChd1, la acetilacin de H4 disminuye la
est activamente traslocando, tal vez a travs de la actividad ATPasa sin afectar su afi- nidad para el
comunicacin alostrica (39). nucleo-alguno, mientras que la acetilacin de H4
Una pregunta clave es cmo la translocacin aumenta el remodelado de yRSC (15). Adems, los
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del ADN y la formacin de bucle se regula y remodeladores ISWI estn regulados por la longitud
luego se aplica para derivar diferentes resultados del enlazador de ADN que emite desde el nucleosoma
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de remodelacin. Por ejemplo, un bucle de ADN (54), una propiedad crtica para establecer el
podra permitir que sus chaperones de tono espaciamiento de los nucleosomas durante el montaje
eliminen el octamer mientras que los contactos de la cromatina, como se discute a continuacin. La
de histona-ADN se interrumpen (44-46). Otra regulacin por la longitud del engarce para los
cuestin es si un pequeo lazo de ADN puede remodeladores de CHD queda por investigar. Es
estar restringido a una posicin en la superficie importante destacar que los remodeladores SWI / SNF
ncleo-en la que H2A-H2B residen, facilitando carecen de esta regulacin por la cola H4 o por el ADN
su sustitucin por un H2A.Z-H2B dmero por el del enlazador y no se uti- lizan en el conjunto de la
complejo SWR1 en concierto con un dedique cromatina. Por ltimo, investigar la remodelacin de la
histona chaperona, por ejemplo, Chz1. Estos fibra nucleosomal plegada es potencialmente de gran
posibles mecanismos, y sus implicaciones, son inters (aunque tcnicamente desafiante) debido a la
reas importantes de estudio futuro. La eyeccin dispersa "perlas en una cuerda" topografa no puede
de histonas ha surgido como un importante ser la forma inicial encontrada por remodeladores in
modo de exposicin al ADN y puede lograrse por vivo.
re-modeladores SWI / SNF en presencia de
chaperones de histonas (44-46). En este caso, la
vctima de la eyeccin es el nucleosoma unido al PROCESOS CROMOSMICOS QUE
remodelador o posiblemente el nucleosoma REQUIEREN REMODELADORES
adyacente. Para este ltimo, un mecanismo Una manera til de agrupar las funciones de los re-
especulativo es que la translocacin del ADN que modeladores es considerar sus principales funciones:
ocurre en el nucleosoma enlazado podra organizacin de la cromatina (el espaciamiento
eliminar el ADN del nucleosoma adyacente consistente de los nucleosomas), o acceso a la
mediante el desmoldeo (47, 48). Esto podra cromatina (movimiento nu-cleosoma o expulsin
resultar en la expulsin del dmero adyacente, o para el acceso al ADN) o reestructuracin de la
de todo el oc-tamer, dependiendo de la cantidad cromatina (la insercin de variantes de histona para
de ADN re-movido desde el nucleosoma especializar la regin de la cromatina). Primero
adyacente (42, 43, 49, 50). consideramos la organizacin de la cromatina por
remodeladores. Una descripcin general de las
funciones biolgicas de los remodeladores se
proporciona en la Tabla Suplementaria 1 con
Referencias Complementarias (siga el enlace
complementario de la pgina de comentarios
anuales en http://www.annualreviews.org).
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quinasas de control de extremos del ADN para las enzimas de adicional de control y especificidad. dTIP60
dao de ADN y en Y142 contiene histona acetiltransferasas que modifican
reparacin. Las rupturas bicatenarios (DSB) en el
por WSTF
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ADN se reparan por una de dos vas: la Drosophila H2A.Z (denominada H2Av) y
AAA ATPasa / helicasa:
ATPasas multimricas, recombinacin homloga (HR) o unin no dTIP60 intercambia fosfo-H2Av por la histona
que sufren homloga (NHEJ). HR requiere un alargamiento H2Av no modificada de una manera facilitada
ATP-dependientes de ADN accesible largo para el mecanismo de por la acetilacin de fosfo-H2Av (92). En
cambios particular, la levadura yNuA4 contiene varias
bsqueda y emparejamiento de homologa, que
conformacionales para
intuitivamente debe requerir una eliminacin protenas relacionadas con dTIP60 pero carece de
diversos fines,
incluyendo el despliegue ms agresiva de la cromatina, re-modelado y una ATPasa remodeladora, lo que sugiere que los
de macromolculas y restauracin. remodeladores superiores (hTIP60 y mam-
translocacin a lo largo Se ha realizado un extenso trabajo en los malian p400 / Domino) pueden ser complejos
de polmeros HAT remodeladores complejos, mientras que la
remodeladores INO80 y SWR1, los cuales son
reclutados para romper el ADN y ayudar al levadura separar estas actividades. Curiosamente,
proceso de re-par. Curiosamente, INO80 puede yNuA4 acepta la cromatina en el DSB antes de la
copu rifiarse con nucleosomas fosfo-H2A, que se asociacin yINO80 o ySWR1, revelando la
pierden en complejos INO80 carentes de Nhp10 relacin temporal que puede ayudar en el
e Ies3 (87). Un papel para Nhp10 o Ies3 en fosfo- reclutamiento o la funcin del remodelador. Para
H2A reconocimiento sigue siendo sorprendente, SWR1 e INO80, interesantes trabajos futuros
ya que carecen de un conocidos fosfo- incluyen el desconocimiento del papel de las
reconocimiento principal. En particular, el subunidades conservadas AAA ATPasa / helicasa
INO80 de tipo silvestre persiste en el DSB Rvb y la adaptacin del trabajo a los mamferos.
despus de que el fosfo-H2A disminuye, En la levadura, los re-modeladores ySWI /
sugiriendo que una modificacin alternativa de SNF y yRSC asisten a HR: se requiere ySWI / SNF
las histonas (o protena) confiere retencin de en los primeros pasos que preceden a la etapa de
INO80. La accin de INO80 puede ayudar a invasin de la hebra de HR, mientras que yRSC
exponer el ADN cerca del DSB a una reseccin de juega un papel tardo para completarse (93).
5-3,, ya que los mutantes ino80 no crean la Adems, yRSC facilita yKu70 vinculante, libre de
sobreexploracin de ADN de cadena sencilla 3,, errores NHEJ (94), y el desalojo de nucleosomas,
un paso crtico en la reparacin del ADN (88). dando a yRSC una amplia funcin en ambos HR
INO80 tambin facilita la fosforilacin de H2A.X y NHEJ reparacin de caminos. Dirigimos al
y permite que la levadura supere la detencin del lector al sndrome de Cockayne tipo B (CSB) en
ciclo celular despus del dao del ADN, tambin la seccin Remodelers and Disease Syndromes
contribuyendo a los puntos de control del dao para un rol de remodelador adicional. Un
del ADN (89). Por otra parte, en el ratn, YY1 problema no resuelto es cmo las regiones
(Yin Yang-1), un factor de transcripcin esencial reparadas se restauran a su estado original de la
para el desarrollo, interacta con mINO80 para cromatina (si es que lo son) despus de la
lograr con xito la reparacin del ADN por HR y, reparacin.
por tanto, preservar la integridad del genoma
(90).
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REGULACIN DE GENES
La cromatina en muchos (pero no en todos)
Recientemente, una discubrimiento los promotores RNAPII se ajusta a una lgica
espectacular e intrigante fue hecha dentro del general, que luego se adapta a la biologa del gen. Centrmero: regin
complejo de WICH, un remodelador de ISWI En primer lugar, las secuencias de ADN, como cromosmica que lleva
revelado ahora para tener un papel en la los tractos ricos en AT, doblan el ADN de una una variante H3
reparacin del ADN. WSTF, un componente del manera desfavorable a los nucleosomas (101) y especializada (CENP-
complejo WICH, tiene una actividad de tirosina crean una regin libre de nucleosomas (NFR) de A), que nuclea el
cinetocoro, para el
quinasa que implica el dominio WAC, que f ~100 pb localizada en el sitio de inicio de la apareamiento y la
osforiliza la tirosina 142 de H2A.X (95). Durante transcripcin (TSS), flanqueada por H2A.Z separacin apropiados
la respuesta al dao del ADN, existe una aparente variante nucleosomas (vase ms adelante) y de las cromtidas
coordinacin entre las dos fosforilaciones que seguido por arreglos de nucleosomas cannicos hermanas durante la
afectan al H2A.X; la tirosina 142 se desfosforila divisin celular
que se extienden en la regin de codificacin o
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gradualmente mientras que la fosforilacin de la en el distal pro-moter (102). Muchos NFR NFR: regin libre de
serina 139 aumenta (95). Los estudios futuros nucleosomas
tambin contienen sitios de unin para factores
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incluirn la identificacin del "lector" de esta de transcripcin, y un subconjunto signi fi cativo TSS: sitio de inicio de
modificacin y si esta fosforilacin afecta la la transcripcin
(en clulas superiores) tambin ha precargado
actividad o orientacin de WICH u otros RNAPII. Potenciadores distales adicionales
factores. pueden ser envueltos en nucleosomas y
requieren remodelacin para la exposicin. La
transicin al estado activo se acompaa de una
Segregacin cromosmica mayor acetilacin de las histonas, prdida
Remodeler enlaces a la segregacin de adicional de nucleosomas alrededor de los TSS y
cromosomas estn creciendo. Por ejemplo, el movimientos nucleosmicos significativos tanto
hATRX, una protena relacionada con el SNF2, se en el promotor como en las regiones
une a la heterocromatina centromrica en el codificantes. Las preguntas clave incluyen: cmo
conjunto meitico, promoviendo un huso los remodeladores son dirigidos a promotores
meitico bipolar y alineacin cromosmica particulares, cmo promueven transiciones hacia
adecuada (96). En hu-mans, un remodelador de y desde los estados activos y reprimidos, y cmo
la familia hSNF2H media la carga de cohesina se guan en estas tareas por factores de
(97). Adems, el remodelador familiar yRSC de transcripcin y modificaciones de histonas.
SWI / SNF est constitutivamente presente en los Un concepto importante es el aparente
centrmeros y promueve la funcin kineto-core y antagonismo entre remodeladores que organizan
la segregacin cromosmica (98). yRSC se asocia la cromatina y aquellos que desorganizan /
de una manera dependiente del ciclo celular con expulsan nu-cleosomas, estableciendo un flujo
brazos cromosmicos e interacta directamente dinmico de ensamblaje / desmontaje (44).
con la cohesina para preservar la cohesin yISW2 puede montar / organizar
cromosmica y promover la segregacin constitutivamente la cromatina y deslizar as los
cromosmica adecuada (99). Sin embargo, se nucleosomas sobre el TSS, lo que promueve la
desconoce el meca- nismo preciso para promover represin transcripcional (103). Sin embargo, la
la carga de cohesina. Finalmente, yINO80 secuencia desfavorable rica en AT, la presencia
interacta con componentes de telomerasa de otros remodeladores y la acetilacin de las
multi-tiple para ayudar a regular el histonas puede promover la eyeccin de
mantenimiento dependiente de la recombinacin nucleosomas, estableciendo una situacin
de las estructuras telomricas (100). antagonista y dinmica que se utiliza en la
regulacin gnica. Como se destac
anteriormente, no hay una familia de
remodeladores para el montaje / organizacin y
otra para la desorganizacin / expulsin, aunque
la mayora de los remodeladores SWI / SNF
carecen de roles de ensamblaje y la mayora de
remodeladores de la familia ISWI (pero no
todos)
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Iniciacin Represin gentica/ Represin del Gen Estructuracin de Nucleosomas y orientacin de SWR1
crtica:
En general, los remodeladores represivos ayudan
transcripcin Los remodeladores SWR1 intercambian dmeros H2A.Z-H2B
iniciada desde a las regiones a agruparse en arrays de
para los dmeros cannicos H2A-H2B de una manera
un lugar no nucleosomas, restringiendo el acceso, eliminando
planificado,
independiente de la replicacin, que sirve para especializar las
los factores de unin al ADN y atrayendo
oculto en la regiones de la cromatina. En la levadura, este proceso se
modificadores de cromatina que ayudan a
secuencia de produce en ciertos telmeros y puede asistir a antagonizar la
reforzar la represin. Por ejemplo, el yISW2
ADN diseminacin de heterochro-matin de telmero termina en
represivo es reclutado a una gran variedad de
regiones ricas en genes (112-114). Sin embargo, el reemplazo es
promotores por el represor yUme6 y tambin por
ms frecuente en los promotores, donde H2A.Z nucleo-somes
el organizador nucleo-alguno Ssn6-Tup1 (104).
tpicamente fl ank el NFR. Estos nucleo-somes pueden ser
Sorprendentemente, la organizacin de la
menos estables que los nucleosomas cannicos, lo que facilita la
cromatina por yISW2 ayuda a prevenir la
exposicin y activacin del ADN promotor (19, 115). Por lo
transcripcin antisentido de regiones
tanto, una pequea regin de la cromatina puede ser
intergnicas, as como la iniciacin de los sitios
construido en los promotores con alto volumen de
crpticos de iniciacin (105). Adems, yISW2 y
nucleosoma, facilitando el acceso a las secuencias de ADN. Para
dISWI tambin cooperan fsica y funcionalmente
remodeladores SWR1, poco se sabe sobre su reclutamiento. En
con una protena HDAC (RPD3) para la
este caso, la generalidad del reemplazo en los promotores
represin de la transcripcin (106). NuRD
sugiere fuertemente un atributo de la cromatina (por ejemplo,
contiene la histona deacetylases HDAC1 y
aceptacin) o la maquinaria de transcripcin basal en el
HDAC2, y un pro-tein (MBD3) para el
reclutamiento de SWR1, aunque los factores de transcripcin
reconocimiento de la metilacin del ADN,
especficos del sitio tambin pueden ayudar a garantizar un
apoyando fuertemente un papel en silenciar
reclutamiento robusto.
regiones metiladas. Otro ejemplo notable es el
complejo NoRC, que impone el silenciamiento
del ADNr. NoRC es reclutado a promotores
RNAPI por TTF-I (107); entonces NoRC desloca
Recruitment and Transcription Initiation
el nucleosoma unido al promotor a una po- La lgica general de los remodeladores en la activacin es el
sicin desfavorable para la transcripcin y atrae movimiento, la reestructuracin o la expulsin de los
la actividad HDAC y ADN metiltransferasa de nucleosomas para exponer el ADN, permitiendo as la unin de
una manera dependiente de H4K16ac (27, 108). activadores adicionales a potenciadores aguas arriba o
Finalmente, el complejo SHREC de S. pombe es facilitando la unin de la maquinaria de transcripcin basal a
importante para el ensamblaje de los promotores por expandiendo el NFR. Aqu, ad-vestir la
heterocromatina pericentromrica silenciosa y evidencia para los remodeladores en la promocin de la
contiene una protena relacionada con SNF2 iniciacin y los factores que los reclutan a los promotores.
(con un solo dedo PHD) as como protenas Para el SWI / SNF, la evidencia gentica apoya fuertemente
HDAC (109). Mediante un mecanismo separado, a la familia en la activacin, y su co-incidencia en Drosophila
el TBP (protena de unin a TATA) puede ser re- con RNAPII agrega ms apoyo. De hecho, dBrahma es
movido de una manera dependiente de ISWI necesaria para la iniciacin de la transcripcin de la mayora de
para prevenir la reiniciacin de la transcripcin los genes en politeno cromosomas (116). El promotor de tar-
(110). De forma similar, el complejo yISW1 es geting normalmente precede a la transcripcin y puede ser
reclutado por yCbf1p para desplazar TBP del independiente de las secuencias promotoras, TBP o RNAPII
promotor PHO8 (111). Otro atributo de los holoenzyme (117). Aqu, enfatizamos que no existe un
promotores reprimidos es la presencia de concepto unificador en cuanto al momento del reclutamiento
nucleosomas variantes H2A.Z, que se ensamblan de SWI / SNF: En el promotor de HO de levadura, es uno de los
antes de la activacin gnica. eventos ms frecuentes, mientras que en el promotor de IFN-
es uno de los ltimos factores reclutados (118). Esto ejemplifica
la medida en que el re-modelado de la cromatina se adapta a
genes particulares.
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disminuye la densidad de nucleosomas en los clulas superiores, los nucleosomas de la variante H3.3
genes RNAPIII, ayudando a promover su reemplazan los nucleosomas cannicos en la regin codificante
transcripcin, aunque el mecanismo de de una manera independiente de la replicacin (134). Aqu, es
orientacin es desconocida (125). importante determinar si el montaje H3.3 en las regiones de
Los remodeladores particulares de la familia codificacin se basa en remodeladores CHD.
ISWI activan activacin in vivo (62), tal como
dNURF, que utiliza dNURF301 para interactuar
yISW1 puede tener dos propsitos: el ensamblaje en yISW1a
con muchos reguladores transcripcionales
para reprimir la iniciacin mediante la posicin de un
especficos de secuencia, incluyendo dGAGA,
promotor proximal dinucleosome y as-sembling en yISW1b
dHSF (126), el receptor de ecdisona (70) y dKen
para ayudar en el promotor de liquidacin (135). Para SWI /
(127). Adems, los componentes de dNURF co-
SNF, hSWI / SNF claramente promueve la elongacin en
purifican con dTrf2, un homlogo de TBP, para
humanos hsp70 (136) y tambin tat-dependiente elongacin del
ayudar a dirigir la expresin gnica dependiente
promotor del VIH (137]. Las funciones en elongacin en la
de dTrf2 (128). Para la familia CHD, los enlaces
levadura son apoyadas por experimentos genticos con ySWI /
funcionales en S. cerevisiae son principalmente
SNF (138) y experimentos in vitro con yRSC (16). Sin embargo,
para promover el alargamiento; sin embargo, los
cuando se trat, estos remodeladores SWI / SNF promovieron
estudios en S. pombe muestran claramente un
la eyeccin de nucleosomas. Una pregunta clave es cmo la
papel de los remodeladores de CHD en la
acetilacin podra guiar esta eyeccin.
expulsin de nucleosomas en los promotores
para estimular la activacin (65). Los enlaces
adicionales a la activacin provienen del REGULACIN DE LA ACTIVIDAD DEL
remodelador relacionado con CHD8 dKismet, REMODELADOR
que probablemente acta justo antes de la Las subunidades no catalticas remodeladoras pueden regular la
transicin al alargamiento (129). Curiosamente, actividad ATPasa y / o influir en la reaccin y los productos de
la actividad de remodelacin de hINO80 puede remodelacin (Figura 3). Por ejemplo, dACF1 tiene dedos PHD
ser reclutada por YY1 para obtener acceso a sus que estabilizan las interacciones con la superficie del
sitios de unin para activar la transcripcin nucleosoma (26), potencian el deslizamiento de los
(130). Por ltimo, el trabajo sobre los genes nucleosomas y afectan la direccionalidad del movimiento de los
estimulados con lipopolisacridos en los nucleosomas (26, 56). De acuerdo, el dNURF301 tambin
macrfagos revel un ejemplo notable de co- facilita el deslizamiento de nucleosomas (126).
reclutamiento de remodeladores, con los
remodeladores SWI / SNF y Mi-2 actuando de
manera antagonista para atenuar la induccin del
gen (131).
Interesantemente, hACF1 promueve un espaciamiento nu- Un elegante estudio sobre yINO80 revel que las ARPs
cleosome ms eficiente al permitir que el deslizamiento ocurra promover la remodeladora ATPasa actividad, el ADN
dentro de un intervalo ms amplio de longitudes de vinculante, y la movilizacin de nucleosomas (149]. Adems,
enlazadores de ADN, mientras que ninguna subunidad tiene Arp5 parece ser contratado para ensamblar un complejo
esta funcin en hSWI / SNF (139). Un reciente estudio in vitro funcional INO80 por Rvb2 AAA-ATPases (147). Los frmacos
compar muchos com plexos humanos que contenan que afectan la funcin de la actina tambin disminuyen la
hSNF2H (hACF, hCHRAC, hWICH y hRSF) y demostr que actividad de ATPasa de hSWI / SNF, argumentando que la
las subunidades no catalticas regulan generalmente el actina tambin regula la ATPasa del remodelador. Los ARPs
hSNF2H a travs de su interaccin con el ADN del engarce en SWR1 y RSC regulan positivamente sus actividades de
que sale del nucleosoma, lo que es probable impacta sus remodelacin (148, 150), sugiriendo esto como una propiedad
funciones in vivo (140). CHRAC contiene dos protenas comn. Curiosamente, para RSC y SWI / SNF, el remodelador
adicionales de doble histona, que mejoran la actividad de cataltico ATPasa y las dos ARPs forman un mdulo estable
deslizamiento en relacin con ACF (141-143), probablemente capaz de moderado nucleosome remodelacin actividad (49].
por unin y doblado del ADN que emerge del nucleosoma. De Una funcin de ARPs en la interaccin de histonas tambin
hecho, yDpb4 de yISW2 ancla a extranucleosomal ADN (144]. tiene apoyo, ya que algunos ARPs se inform que tienen
Por lo tanto, los remodeladores de la familia ISWI a menudo actividad histona vinculante in vitro (151]. Sin embargo, an
contienen una subunidad que regula la actividad de la ATPasa no est claro cmo se vinculan los ARPs a sus tonos
al interactuar con el ADN del enlazador, potenciando y particulares, pero es digno de estudio adicional.
extendiendo una propiedad intrnseca de la propia ISWI, para
afectar el espaciamiento de los nucleosomas y afectar la Sigue siendo curioso por qu los remodeladores usan
estructura de la cromatina de orden superior. Con un protenas relacionadas con la actina para regular la
mecanismo similar a las subunidades del doblez de histonas, remodelacin de la cromatina. Una posibilidad es que los
las protenas HMG (grupo de movilidad alta), o dominios ARPs en los remodeladores interactan con ARPs en otros
presentes en las subunidades del remodelador, tambin remodeladores (o en complejos HAT) para unir complejos y
pueden aumentar la capacidad de los remodeladores para coordinar sus funciones (150). Otra es una funcin en el chro-
unirse al ADN nucleosmico y mejorar sus actividades de matin de orden superior basado en la observacin de que el
deslizamiento. fosfatitidinosino estimula la unin del complejo de hBAF a los
extremos de filamentos de actina y puntos de ramificacin
(152). An as, identificar los lig-ands precisos para ARPs-
Actina y Protenas Relacionadas con Actina actina es crtico para entender por qu se usan ARPs para
La actina es una protena abundante que trabaja con el regular la actividad de la ATPasa del remodelador.
complejo Arp2 / 3 para filiar los filamentos de actina en el
Modificaciones postraduccionales de remodeladores
citoplasma. Sin embargo, la actina y ciertas ARP tambin son
nucleares. Sorprendentemente, todos los ARPs nucleares son Un tema familiar para los remodeladores es su reconocimiento
componentes de los complejos SWI / SNF e INO80 de de las histonas modificadas. Sin embargo, un tema emergente
remodelacin de la cromatina familiar (Tabla 1) (8, 112, 145, es la modificacin postraduccional de los remodeladores
146). En contraste con la actina, los ARP remodeladores mismos, que sirven para regular las actividades y la funcin del
tpicamente no se unen o hidrolizan ATP. Actina y ARPs se remodelador.
unen directamente a uno de los dos dominios en el
remodelador ATPasa: la HSA o la insercin larga (Figura 3].
Los dominios HSA son necesarios y sufi- cientes para la unin
selectiva de la mayora de las ARP y actina al remodelador. Sin
embargo, para los remodeladores de la familia INO80, se
requiere el largo dominio de insercin (dentro de la ATPasa)
para la asociacin de una ARP adicional. La unin de ARPs
directamente a la subunidad AT-Pase plante la posibilidad de
que los ARPs podra regular la actividad ATPasa (147-149).
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CARGAR/ aDDM1 es una familia notable SNF2 ATPasa; mutaciones dNURF, miembro del grupo trithrox, se basa en la
CARGA:
en aDDM1 causa la hipometilacin de ADN de muchas trimetilacin de H3K4 para mantener los patrones de
coloboma,
defecto regiones repetidas y la hiperetilacin de ciertas regiones de baja expresin gnica de Hox durante el desarrollo (25), y
cardaco, atresia copia, propiedades dignas de intensa investigacin adicional. dNURF301 ayuda a los genes selectores hometicos
coana, Hasta el momento, aDDM1 es la nica planta ATPasa activos (70). Por el contrario, dMi-2 tambin es
crecimiento y demostrado remodelar la cromatina in vitro (162). aBSH, necesario para la represin de los genes Hox y puede
desarrollo
implicado en el control de los genes que responden a la auxina, ayudar a transmitir la represin de la brecha inicial
retardado,
hipolosia es la nica protena similar a hSNF5 y, por tanto, puede protenas a las protenas polycomb (164).
genital, significar aSWI / SNF. Ms all de la regulacin global del plan del cuerpo, las
anomalas en actividades de remodelacin de la cromatina
los odos / contribuyen a la diferenciacin apropiada de los tejidos
sordera Fuera de la familia SWI / SNF, PICKLE, un remodelador y al desarrollo de los rganos. En Xenopus laevis, el
CHD3, reprime la expresin de los genes asociados a las equilibrio y el lmite a lo largo del eje animal-vegetal en
semillas durante la germinacin, regulando la transicin del la gastrulacin entre el mesodermo y la formacin del
desarrollo embrionario al desarrollo vegetativo. PICKLE neuroectodermo son controlados por Chd4 / Mi-2
parece actuar independientemente del regulador del abun-dance (165). Por lo tanto, los genes que responden
crecimiento de las plantas giberelina y promueve la deposicin a (o crear) seales morfognicas en territorios espaciales
de la marca H3K27me3 en plntulas germinantes y plantas durante la embriognesis requieren remodeladores para
adultas (163). Esto muestra una interesante contribucin de un su correcta regulacin.
remodelador a la regulacin del desarrollo mediante la CONSTRUCCIN DE REMODELADORES
represin con una marca de silenciamiento depositada de una ESPECFICOS PARA LA DIFERENCIACIN
manera dependiente del remodelador. Otros enlaces a los CELULAR Y
remodeladores que promueven el desarrollo de las plantas
AUTO-RENOVACIN
residen en la Tabla 1 suplementaria. Es evidente que es
necesario purificar y caracterizar bioqumicamente a los Los remodeladores y la composicin de la cromatina
remodeladores de plantas. contribuyen claramente a la regulacin de la
pluripotencia, la autorrenovacin y el compromiso de
linaje. Un importante tema emergente es la construccin
Desarrollo de Animales de remodeladores especficos de tejidos: Remodeladores
Knockout estudios en ratones de apoyo a los papeles en una subunidad de paraloga particular de una familia
importantes para los remodeladores. Para SWI / SNF, Brg1 es de subunidades relacionadas, que luego especializa el
esencial, mientras que los ratones que carecen de Brm mostrar complejo para tareas especficas de tejido. Este tema
el crecimiento y la proliferacin celular anormalidades (7). aparece particularmente importante en las transiciones
Para ISWI, Snf2h es esencial. Para CHD, knockouts Chd4 / entre los estados de desarrollo, ya que las alteraciones en
Mi-2 son viables, pero muestran defectos hematopoyticos e la composicin de la subunidad ayudan a diferenciar. La
inmunes. Chd7 knockouts causa sndrome de CHARGE (ver lgica de esta transicin es similar a la lgica de las
be-low), y Chd8 es esencial. Muchas subunidades catalticas cascadas transcripcionales, mediante la cual la expresin
siguen siendo probadas, al igual que muchas combinaciones de y la utilizacin de nuevos factores de transcripcin
mutantes dobles para evaluar la redundancia. promueven el establecimiento y mantenimiento del
Los genes Hox controlan y regulan el patrn segmentario nuevo estado.
durante el desarrollo. La expresin del gen Hox es mantenida Los complejos hSWI / SNF proporcionan varios
por dos grupos de protenas reguladoras presionadas de forma ejemplos interesantes de este principio. Un switch spec-
ubicua: el grupo poli-peine de represores y el grupo de tacular en la composicin de la subunidad se produce
activadores trithorax. En particular, la mayora de las protenas durante la transicin de progenitores neurales a las
del grupo trithorax estn involucradas en el remodelado chro- neuronas postmitotic: BAF45a y BAF53a estn presentes
matin o la modificacin covalente de los nucleosomas. slo en progenitores e intercambiados por BAF45b y
BAF53b en las neuronas postmitotic (9) (Figura 5].
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melanticos. Aqu, el representante de ySnf5 en el ensamble complejo ySWI / SNF y el control del ciclo
transcripcin dKen recluta dNURF para reprimir celular. Sin embargo, precisamente cmo SNF5 regula SWI /
Annu. Rev. Biochem. 2009.78:273-304. Downloaded from www.annualreviews.org
un subconjunto de STAT-genes de respuesta SNF remodelacin sigue siendo poco clara y es de gran
(127), la prevencin de la activacin hasta que los importancia. Adems, el hSWI / SNF interacta fsicamente con
umbrales de seal se alcanzan. Claramente, la supresores de tumores conocidos y oncoprotenas (RB, BRCA1,
NURF humana debe ser investigada para una c-MYC, MLL), que pueden estar alterados en los mutantes Brg1
funcin similar. o Snf5. En conjunto, se ha logrado mucho progreso en la
Se han descrito mutaciones especficas en vinculacin de las mutaciones del remodelador al cncer. Sin
Brg1 en las clulas de cncer de mama, pulmn, embargo, en la mayora de los casos, un desafo futuro es
pncreas y prstata, con esfuerzos ahora identificar los genes diana directos que estn mal regulados
centrados en genes implacables y sus debido a mutaciones del remodelador, y otro desafo es mostrar
contribuciones a los cnceres. cmo contribuyen al desarrollo del cncer, que es crtico para
disear terapias para compensar estas mutaciones .
PUNTOS RESUMEN
1. Los remodeladores empaquetan el genoma, especializan las regiones de la cromatina, y proporcionan la
accesibilidad regulada del ADN en regiones empaquetadas.
2. Los modificadores y remodeladores de cromatina trabajan en conjunto para dirigir la dinmica de los
nucleosomas. Los determinantes de los nucleosomas y las modificaciones covalentes son reconocidos por los
remodeladores y pueden usarse tanto para dirigir como para regular la reaccin de remodelacin.
3. Los remodeladores son translocases de ADN dependientes de ATP, anclndose en una posicin fija en el
octamer de histonas y bombeando bucles de ADN alrededor del nucleosoma, lo que permite mltiples resultados
de remodelado.
4. Los procesos cromosmicos complejos requieren mltiples remodeladores. Varios remodeladores son
reclutados a sitios de dao del ADN, donde tienen papeles nicos y solapados en ayudar a los muchos pasos de la
reparacin del ADN. Los remodeladores tambin se utilizan para mltiples etapas en la replicacin del ADN,
incluyendo la iniciacin de la replicacin en la heterocromatina, la progresin normal de la horquilla y para
superar los bloques de replicacin.
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CUESTIONES FUTURAS
1. Se necesita una comprensin ms precisa de las subunidades del remodelador. Especficamente, si
las subunidades remodeladoras contribuyen a la orientacin, la regulacin de la remodelacin o las
interacciones con otras protenas de la cromatina. Adems, si las modificaciones de histonas son
reconocidas e interpretadas por el remodelador en combinaciones sigue siendo poco clara.
2. Necesitamos una mejor comprensin de la formacin y propagacin del bucle de ADN durante el
remodelado, lo que puede lograrse mediante el anlisis de una sola molcula y estudios estructurales
de alta resolucin de los complejos remodelador-nucleosoma.
3. El campo debe explorar cmo los remodeladores trabajan sinrgicamente o antagnicamente,
especialmente en la transcripcin y la reparacin del ADN, ya que la cromatina pasa a travs de
diferentes estados de cromatina durante estos procesos.
4. Nuestra comprensin del desarrollo ser mejorada por saber cmo los cambios de composicin
en los remodeladores adaptan sus roles en la diferenciacin tisular especfica.
5. Investigacin adicional en la conexin entre remodeladores y chaperones de histonas mejorar
nuestro conocimiento del montaje y desensamblaje de la cromatina.
6. Debemos determinar las funciones nicas de los remodeladores en la cromatina de orden
superior, para descubrir nuevas funciones para los remodeladores que no son evidentes en los
estudios sobre mononucleosomas. Adems, debemos identificar los remodeladores que ayudan a
construir regiones cromosmicas especficas, como la cromatina centromrica.
7. El aislamiento de los intermedios de la reaccin ayudar al campo a entender mejor el mecanismo
del intercambio de variantes de histonas por SWR1 e INO80.
8. Dada su clara conexin con el cncer, es crtico determinar las funciones mecanicistas de hSNF5.
Adems, para todas las enfermedades y las conexiones de cncer, la definicin de los objetivos de
genes afectados arrojarn luz sobre la patologa.
DECLARACIN DE DIVULGACIN
Los autores no tienen conocimiento de afiliaciones, afiliaciones, financiamiento o tenencias
financieras que puedan percibirse como afectando la objetividad de esta revisin.