Rudhy Gustiano, Tia Oktaviani, Dinar Tri Soelistyowati, Irin Iriana Kusmini, Wahyutomo Dan Gleni Hasan Huwoyon
Rudhy Gustiano, Tia Oktaviani, Dinar Tri Soelistyowati, Irin Iriana Kusmini, Wahyutomo Dan Gleni Hasan Huwoyon
Rudhy Gustiano1, Tia Oktaviani2, Dinar Tri Soelistyowati3, Irin Iriana Kusmini4,Wahyutomo4
dan Gleni Hasan Huwoyon4
1
Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Budidaya Laut, Gondol, Bali;
2
Departemen Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan-IPB, Bogor;
3
Balai Penelitian dan Pengembangan Budidaya Air Tawar, Bogor;
4
Balai Budidaya Air Tawar Mandi Angin, Kalimantan Selatan
E-mail: [email protected]
ABSTRACT
In order to manage genetic resources for aquaculture development of snakehead fishChannastriata(Bloch, 1793), genetic variability of three
populations from different geographical areas is needed to be understood. The purpose of this study was to identify the genotype and feno-
type of snakehead fish from Jawa, Sumatera and Kalimantan using RAPD and “Truss” morphometric. RAPD method used OPA-02, OPA-
04 and OPA-07 primers. While twenty one measurement of truss morphometric was done on the body of fish observed. The results showed
that population from Java had higher percentage of polymorphism and heterozygosity than those of Sumatera and Kalimantan, accounted for
83.33% and 0.3655 respectively. Population from Kalimantan and Sumatera had the lowest genetic distance of 0.1170. Meanwhile, the
highest genetic distance (0.1908) was observed between population from Kalimantan and Java. Interpopulation relation based on the similar-
ity of truss morphometric population from Sumatera and Kalimantan was 50%. However, those populations had similarity of 24.96% with
population from Java. Coefficient variation of morphometric data showed that variation of population from Kalimantan was higher than
those of Jawa and Sumatera.
ABSTRAK
Dalam rangka pengelolaan sumber genetik jangka panjang dan pengembangan budidaya untuk kelestarian ikan gabus{Channastriata
(Bloch, 1793)} maka evaluasi sumber daya genetik populasi berdasarkan lokasi geografis perlu dilakukan. Tujuan penelitian ini adalah
untuk mengidentifikasi keragaman genotip dan fenotip ikan gabus yang berasal dari Pulau Jawa, Sumatera dan Kalimantan menggunakan
metode RAPD dan “truss” morfometrik. Metode dilakukan dengan mengukur 21 karakter pada tubuh ikan yang diamati. Hasil yang
diperoleh memperlihatkan bahwa ikan gabus Jawa memiliki persentase polimorfisme dan heterozigositas yang lebih tinggi dibandingkan
populasi dari Sumatera dan Kalimantan, yaitu sebesar 83,33% dan 0,3655. Populasi Kalimantan dengan Sumatera memiliki nilai jarak ge-
netik paling rendah yaitu sebesar 0,1170. Sedangkan nilai jarak tertinggi adalah antara populasi Kalimantan dan Jawa yaitu sebesar 0,1908.
Hubungan interpopulasi berdasarkan kemiripan pengukuran truss morfometrik dari populasi Sumatera dan Kalimantan mencapai 50%.
Tingkat kemiripan populasi Jawa dengan Sumatera dan Kalimantan adalah sebesar 24,96%. Koefisien keragaman fenotip morfometrik
populasi Kalimantan memiliki nilai yang lebih tinggi dibandingkan dengan populasi dari Jawa dan Sumatera.
325
Gustiano et al. -Analisis Ragam Genotip RAPD dan Fenotip Truss Morfometrik Tiga Populasi Ikan Gabus Channa striata
budidaya untuk kelestarian ikan gabus maka evaluasi populasi gabus Jawa, 14 ekor untuk Sumatera, dan
sumber daya genetik populasi ikan gabus 30 ekor untuk Kalimantan.
berdasarkan lokasi geografis perlu dilakukan. Ekstraksi DNA menggunakan sirip ikan
K er a ga m a n g en et i k m em p en ga r uh i sebanyak 5-10 mg dibilas dengan akuades sebanyak
kemampuan adaptasi suatu populasi dalam merespon dua kali dan dikeringkan dengan kertas pengering.
perubahan lingkungan untukdapat hidup, baik Sirip dimasukkan ke dalam tabung eppendorf 1,5 ml,
dihabitat asli maupun di luar lingkungan alaminya. dilisis dengan menambahkan larutan urea sebanyak
Populasi dengan keragaman genetik yang tinggi 500 μl dan protein kinase (K) 10 μl, kemudian
memiliki peluang hidup yang lebih tinggi, karena divortex hingga homogen dan diinkubasi pada suhu
banyak alternatif gen atau kombinasi gen yang 37°C selama 24 jam atau sampai sirip hancur.
tersedia untuk merespon perubahan kondisi Setelah diinkubasi, ditambahkan larutan phenol:
lingkungan yang dihadapi (Dunham, 2011). chloroform: isoamilalkohol (PCL) dengan
Informasi keragaman sumber daya genetik perbandingan 25:24:1 sebanyak 1000 μl, divortex
suatu populasi merupakan titik tolak dalam dan disentrifugasi dengan kecepatan 10.000 rpm
melakukan program budidaya yang lestari melalui selama 10 menit. Supernatan yang terbentuk
program pemuliaan. Random Amplified Polymhorpic dipindahkan ke dalam tabung baru dan ditambahkan
DNA (RAPD) melalui teknik PCR (Polymerase etanol 90% sebanyak 1000 μl dan Na-asetat
Chain Reaction) adalah salah satu carauntuk sebanyak 10 μl yang kemudian divortex dan
mengetahui ragam genotip (Dunham, 2011). Metode disentrifugasi dengan kecepatan 10.000 rpm selama
RAPD memiliki beberapa keunggulan diantaranya 10 menit. Setelah disentrifugasi, supernatan dibuang
mampu mendeteksi sekuen nukleotida hanya dengan dan pellet DNA dikering anginkan hingga etanol
menggunakan satu primer, polimorfismenya tinggi, menguap. Terakhir pellet DNA dilarutkan dengan
dan dapat digunakan tanpa mengetahui latar be- menambahkan rehydration solution atau TE-EDTA
lakang genom sebelumnya. buffersebanyak 100 μl. Selanjutnya, DNA disimpan
Keragaman genetik dapat pula diidentifikasi pada suhu 2-8°C. Proses amplifikasi DNA dengan
berdasarkan variasi fenotip morfologi diantaranya teknik PCR (Polymerase Chain Reaction) diawali
dengan metode truss morfometrik (Booksteinet al., dengan seleksi primer. Pengujian primer OPA-02,
1985). Informasi dan data morfologi tetap OPA-03, OPA-04, OPA-07, OPA-11, OPA-20, dan
dibutuhkan karena dapat dijadikan marka yang dapat OPC-05 dengan PCR melalui pre denaturasi 94ºC
dilihat secara langsung dan mudah dilakukan. selama 5 menit, denaturasi suhu 94ºC selama 40 detik,
Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi annealing 35ºC selama 1 menit, elongasi 72ºC selama
keragaman genotip dan fenotip ikan gabus yang 2 menit, elongasi akhir 72 ºC selama 7 menit, dan
berasal dari Pulau Jawa, Sumatera, dan Kalimantan proses penstabilan 4ºC selama 3 menit. Proses PCR
menggunakan metode RAPD dan truss morfometrik. berlangsung sebanyak 40 siklus (Hassanien et al.,
2004). Hasil PCR memperlihatkan bahwa OPA-02,
BAHAN DAN CARA KERJA OPA-04, dan OPA-07 menghasilkan amplifikasi DNA
Ikan gabus yang digunakan pada penelitian ini lebih banyak dibandingkan primer-primer yang lain.
berasal dari Pulau Jawa (Parung), Sumatera (Jambi),
Tabel 1. Deskripsi sekuen primer RAPD pada
dan Kalimantan Selatan (Banjar). Jumlah sampel amplifikasi DNA ikan gabus.
yang digunakan untuk analisis RAPD adalah Primer Urutan Basa (5’-3’)
sebanyak 10 ekor setiap populasi. Sedangkan untuk OPA-02 GAAACGGGTG
pengukuran karakteristik morfometrik, jumlah OPA-04 AATCGGGCTG
sampel yang digunakan sebanyak 22 ekor untuk OPA-07 TGCCGAGCTG
326
Berita Biologi 12(3) - Desember 2013
Amplifikasi DNA dilakukan menggunakan Setelah itu semua bahan divortex dan disentrifus lalu
metode PCR dengan komposisi bahan 1 μl DNA dimasukkan ke dalam mesin TAKARA PCR Ther-
template, 1 μl primer, 10,5 μl akuades,dan 12,5 μl mal Cycler TP650.
taq polymerase dengan volume total sebanyak 25 μl.
327
Gustiano et al. -Analisis Ragam Genotip RAPD dan Fenotip Truss Morfometrik Tiga Populasi Ikan Gabus Channa striata
Keragaman genetik dianalisis menggunakan man (CV) (Falconer dan MacKay, 1996; Tave, 1993;
program TFPGA (Tools for Population Genetic Gjedrem, 2005).
Analysis) (Miler, 1997). Sedangkan hubungan
kedekatan interpopulasi dianalisis berdasarkan jarak HASIL
genetik dengan program UPGMA (Unweight Pair Amplifikasi DNA menggunakan tiga primer,
Methods Arithmetic) dan disajikan dalam bentuk yaitu OPA-02, OPA-04, dan OPA-07 pada ketiga
dendrogram. Data pengukuran morfometrik populasi ikan gabus (Gambar 2, 3 dan 4)
dikonversi ke dalam rasio, setiap pengukuran dan memperlihatkan bahwa DNA teramplifikasi pada
dibagi dengan panjang standar. Data rasio ukuran setiap lokus populasi dan bervariasi dalam jumlah
dianalisis menggunakan analisa pengelompokkan situs. Keragaman profil RAPD yang meliputi jumlah
(cluster analysis) untuk mengevaluasi keragaman dan ukuran fragmen DNA pada 3 populasi ikan
intrapopulasi dan interpopulasi ikan gabus. Analisis gabus (Tabel 3) menunjukkan jumlah fragmen dari
keragaman morfologis antar lokasi dilakukan secara tigalokus RAPD pada ketiga populasi berkisar 13
deskriptif dengan membandingkan koefisien keraga- sampai 27 fragmen dengan kisaran ukuran 120
hingga 3000 bp.
328
Berita Biologi 12(3) - Desember 2013
Persentase polimorfisme dan heterozigositas 0,05). Namun tidak terdapat perbedaan yang nyata
pada ketiga populasi ikan gabus (Tabel 4) antara populasi gabus Kalimantan dengan Sumatera
memperlihatkan bahwa populasi Jawa memiliki (P>0,05).
persentase polimorfisme dan heterozigositas yang Untuk jarak genetik masing masing populasi
lebih tinggi dibandingkan populasi lainnya. Diikuti ikan gabus (Tabel 6), populasi Kalimantan dan
oleh ikan gabus Kalimantan dan Sumatera. Uji Sumatera memiliki nilai terdekat. Sedangkan nilai
perbandingan berpasangan Fst pada tiga lokus dari terjauh adalah antara populasi Kalimantan dan Jawa
ketiga populasi ikan gabus (Tabel 5) menunjukkan (Gambar 5). Populasi Sumatera dengan gabus
perbedaan keragaman genetik yang nyata antara Kalimantan membentuk 1 cluster, sedangkan
populasi Jawa dengan Sumatera dan Kalimantan (P≤ populasi gabus Jawa terpisah.
Tabel 3. Jumlah dan ukuran fragmen DNA (OPA-02, OPA-04, OPA-07) 3 populasi ikan gabus.
Populasi Ikan Gabus Jumlah Fragmen Kisaran Ukuran Fragmen (bp)
Jawa 13 – 25 120 - 3000
Sumatera 17 – 25 120 - 2000
Kalimantan 19 – 27 120 - 3000
329
Gustiano et al. -Analisis Ragam Genotip RAPD dan Fenotip Truss Morfometrik Tiga Populasi Ikan Gabus Channa striata
Gambar 5. Dendrogram hubungan kekerabatan tiga populasi ikan gabus berdasarkan keragaman
OPA-02,OPA-04, OPA-07.1= Gabus Jawa; 2= Gabus Sumatera; 3= Gabus Kalimantan
Hubungan karakter morfometrik tiga populasi Kalimantan mencapai 50%, dan tingkat kemiripan
ikan gabus (Gambar 6) menunjukkan kemiripan populasi Jawa dengan dua populasi lainnya
yang besar antara populasi Sumatera dan mencapai 24,96%.
Kalimantan. Sedangkan populasi Jawa memiliki Koefisien keragaman karakter (CV, Gambar
kemiripan yang lebih kecil dengan populasi 7) ikan gabus jawa berkisar antara 0,031-0,315,
Sumatera dan Kalimantan. populasi gabus sumatera berkisar 0,024-0,163, dan
Hubungan interpopulasi berdasarkan populasi gabus kalimantan berkisar 0,157-0,329.
kemiripan morfometrik dari populasi Sumatera dan
330
Berita Biologi 12(3) - Desember 2013
331
Gustiano et al. -Analisis Ragam Genotip RAPD dan Fenotip Truss Morfometrik Tiga Populasi Ikan Gabus Channa striata
genetik antar populasi tersebut, serta adanya interaksi mozigot dan heterozigot. Semakin banyak proporsi
genetik dari reproduksi. Sedangkan kemiripan gen yang homozigot maka variabilitas genetiknya
fenotip dapat memberikan arti bahwa kondisi semakin rendah. Sebaliknya, semakin banyak
lingkungan Kalimantan dan Sumatera lebih serupa proporsi gen yang heterozigot maka variabilitas ge-
dan tidak memberikan kontribusi terhadap perbedaan netiknya semakin tinggi.
sebagaimana dikemukakan oleh Gustiano dan
Pouyaud (2005). KESIMPULAN
Untuk analisa RAPD, pada populasi gabus Ikan gabus Jawa memiliki persentase
Sumatera diduga telah terjadi penghanyutan polimorfisme dan heterozigositas yang lebih tinggi
genkarena ukuran populasinya yang kecil akibat dibandingkan populasi gabus Kalimantan dan gabus
tingkat eksploitasi berlebih, dan sudah mulai banyak Sumatera, yaitu masing-masing sebesar 83,33% dan
yang dibudidayakan sehingga menyebabkan 0,3655. Populasi ikan gabus Kalimantan dan gabus
terjadinya penurunan ragam genetik.Penghanyutan Sumatera memiliki nilai jarak genetik paling rendah
gen adalah pencuplikan materi genetik yang yaitu sebesar 0,1170. Sedangkan nilai jarak tertinggi
berlangsung tidak biasa pada saat pembentukan tedapat pada populasi ikan gabus Kalimantan dan
gamet dan fertilisasi sehingga menyebabkan gabus Jawa yaitu sebesar 0,1908. Hubungan inter-
menurunnya keragaman genetik suatu populasi. populasi berdasarkan kemiripan karakter truss dari
Penghanyutan gen terjadi jika sebagian kecil dari gabus Sumatera dan gabus Kalimantan mencapai
populasi terpisah dari populasi asal yang besar. 50%, dan tingkat kemiripan gabus Jawa dengan dua
Populasi kecil yang terpisah ini akan membawa populasi lainnya mencapai 24,96%. Koefisien
sebagian kecil keragaman genetik dari populasi keragaman fenotif morfometrik ikan gabus Kaliman-
asalnya sehingga kedua populasi itu akan memiliki tan memiliki koefisien keragaman yang lebih tinggi
gene pool yang berbeda (Allendorf dan Utter, 1979). dibanding dua populasi lainnya.
Penghanyutan gen dapat pula terjadi karena sebagian
besar populasi mati sehingga populasi yang tersisa DAFTAR PUSTAKA
akan membentuk populasi baru. Akibatnya populasi Allendorf FW and FM Utter. 1979. Population Genetics. In:
Fish Physiology 8: Bioenergetics and Growth.WS
baru akan memiliki gene pool yang lebih terbatas Hoar, DJ Randall and JR Brett (Eds),407–454. Aca-
dibanding dengan populasi asal. demic Press, NY.
Ambak MA, MAB Abol, I Patimah and MT Bui. 2006. Genetic
Populasi gabus Kalimantan memiliki koefisien variation of snakehead fish (Channa striata) population
using random amplified polymorphic DNA. Biotechnol.
keragaman lebih tinggi dibanding dua populasi 5, 104-110.
lainnya. Fenomena ini dapat terjadi karena adanya Bijaksana U. 2010. Kajian fisiologi reproduksi ikan gabus,
Channa striata Blkr di dalam wadah dan perairan rawa
ekspresi fenotip pada populasi gabus Kalimantan sebagai upaya domestikasi. Disertasi. Sekolah Pas-
yang dipengaruhi oleh lingkungannya. Menurut Tave casarjana-Institut Pertanian Bogor.
Bookstein FL, B Chernoff, R Elder, J Humphries, G Smith
(1993), koefisien keragaman fenotip dipengaruhi and R. Strauss. 1985. Morphometric in Evolutiany
oleh faktor genetik, lingkungan, dan interaksi genetis Biology. Academy of Natural Sciences of Philadelphia
15, 1-277.
dengan lingkungan. Dunham RA. 2011. Aquaculture and Fisheries Biotechnology:
Genetic Approach. CAB International, 456.
Nilai koefisien variasi suatu karakter Wellingford, UK.
mengindikasikan tingkat variabilitas karakter yang Falconer FS and TFC MacKay. 1996. Introduction to Quantita-
tive Genetics, 464. Longman, England.
bersangkutan pada suatu populasi. Tingkat Gjedrem T. 2005. Selection and Breeding Program in
variabilitas suatu karakter fenotip mencerminkan Aquaculture, 364. Akvaforsk, As, Norway.
Gustiano R and L Pouyaud. 2005. Phenetic analysis of 28
variabilitas genotip populasi tersebut dan sekaligus species pangasiid catfishes from Asia. Zuriat 16, 66-72.
menggambarkan variabilitas genetiknya (Falconer Hallerman EM. 2003. Population Genetics: Principles and
Applications for Fisheries Scientist, 458. American
and MacKay, 1996; Gjedrem, 2005). Nilai variabiltas Fisheries Society.University of California, USA
genetik berhubungan dengan proporsi gen-gen ho-
332
Berita Biologi 12(3) - Desember 2013
Hassanien HA, E Mohumad, O Ali and I Hania. 2004. Genetic molecular population genetic data, 30. Northern
diversity of Nile tilapia population revealed by ran- California University. USA.
domly amplified polymorphic DNA (RAPD). Aquacult. Shafri MA and M Abdul. 2012. Therapeutic potential of
Res. 35, 587-593. haruan (Channa striata): from food to medicinal uses.
Kapuscinski AR and LD Jacobson. 1987. Genetic guide lines for Mal. J. Nutr. 18, 125-136.
fisheries management. University of Minnesota, Minne- Strauss RE and FL Bookstein. 1982. The truss: body form
sota Sea Grant College Program, Sea Grant Research reconstructions in morphometrics. Syst. Zool. 31, 113-
Report 17, 1- 66. 135.
Kirpichnikov VS. 1981. Genetic Bases of Fish Selection, 410. Tave D. 1993. Genetics for Fish Hatchery Managers, 415.
Springer Verlag, Berlin. Kluwer Acad. Publ. Netherland.
Miler P. 1997. Tools for population genetic analyses (TFPGA): A
window program for the analysis of allozymes and
333