Eurojust spolupracuje s vnitrostátními orgány v boji proti celé škále závažných a složitých přeshraničních trestných činů týkajících se dvou či více zemí. Agentura řídí reakci justičních orgánů na rostoucí hrozby v Evropě a umožňuje členským státům být o krok napřed před pachateli trestné činnosti, přičemž se zaměřuje především na organizované zločinecké skupiny. Případy, které jsou postoupeny Eurojustu, se často týkají více než jedné formy trestné činnosti.
K prioritním formám trestné činnosti patří:
- terorismus,
- kyberkriminalita,
- obchodování s lidmi,
- obchod s drogami,
- trestné činy proti finančním zájmům EU,
- převaděčství migrantů,
- trestné činy proti životnímu prostředí,
- praní peněz a
- podvody
Eurojust poskytuje cílenou operativní podporu v různých fázích přeshraničního trestního vyšetřování a zajišťuje:
- okamžitou reakci,
- pohotovostní koordinační-službu, která funguje 24 hodin denně sedm dnů v týdnu,
- kontakty na klíčové protějšky a
- pomoc při přípravě žádostí o justiční spolupráci, včetně ověřených překladů.
Eurojust může navíc zajistit složité formy mechanismů pomoci a koordinace, které mohou být podle požadavků kombinovány v rámci podpory rozsáhlých operací. Agentura může například:
- koordinovat souběžná vyšetřování,
- organizovat koordinační schůzky za účasti dotčených justičních a policejních orgánů,
- zřizovat a/nebo financovat společné vyšetřovací týmy, v jejichž rámci justiční a policejní orgány spolupracují při mezinárodním trestním vyšetřování, a to na základě právní dohody mezi dvěma či více zeměmi, a
- plánovat společné realizace, které jsou řízeny v reálném čase prostřednictvím koordinačních center v Eurojustu a během nichž mohou vnitrostátní orgány zatknout pachatele, rozbít organizované zločinecké skupiny a zabavit majetek.